PHASE/0: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(nambah logo PHASE)
(tes format penulisan tabel)
Baris 17: Baris 17:


[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
 
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
---
!1. Memilih template PHASE/0 di Job Composer
===1. Memilih template PHASE/0===
|-
|
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
*Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan.
*Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan.
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]


---
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|'''Menu New Jobs > From Template''']][[Berkas:Jcselecttemplate3.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|'''Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan''']]
|-
|Template PHASE/0 yang tersedia:


[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
* '''PHASE/0 2020.01'''
{| class="wikitable"
** Template standar PHASE/0 versi 2020.01
|+Template PHASE/0 yang tersedia
|}
!Nama Template
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Penjelasan
!2. Mempersiapkan file input PHASE/0 yang akan dijalankan
|-
|-
|PHASE/0 2020.01
|[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
|Template standar PHASE/0 versi 2020.01
 
|}---
===2. Mempersiapkan file input PHASE/0===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input''' melalui menu '''Edit Files.'''
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input''' melalui menu '''Edit Files.'''
*Fitur upload di halaman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
*Fitur upload di halaman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
*Taruh file input pada direktori yang sama dengan file '''slurm-phase.sh.'''
*Taruh file input pada direktori yang sama dengan file '''slurm-phase.sh.'''
---
|}
===3. Melengkapi Submit Script Template===
===3. Melengkapi Submit Script Template===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]

Revisi per 24 Februari 2022 06.03

Phase-logo4.png

PHASE/0 adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
2020.01 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan PHASE/0

User menjalankan PHASE/0 pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

1. Memilih template PHASE/0 di Job Composer
  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.
Menu New Jobs > From Template
Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan
Template PHASE/0 yang tersedia:
  • PHASE/0 2020.01
    • Template standar PHASE/0 versi 2020.01
2. Mempersiapkan file input PHASE/0 yang akan dijalankan
Jcjoboption3.png
  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input melalui menu Edit Files.
  • Fitur upload di halaman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
  • Taruh file input pada direktori yang sama dengan file slurm-phase.sh.

3. Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program PHASE/0 dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH.
  • Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

4. MPI pada PHASE/0

PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.

---

5. Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

Perhatikan kolom Status pada job tersebut. User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. Berikut adalah daftar Status yang terjadi:

Status jalannya Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan
Running Job berjalan
Queue Job mengantri dan belum berjalan
Completed Job selesai berjalan
Failed Job berhenti di tengah berjalan.

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

6. Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

---

7. Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang job pada ruang job yang sama (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=PHASE/0&oldid=653"