R: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer: memberi link ada judul menjalankan R)
(overhaul page R)
Baris 20: Baris 20:
multi-node
multi-node
|-
|-
|4.1.0 "Camp Pontanezen"
|4.3.0 "Already Tomorrow"
|R/4.1.0-GCC10-MKL
|R/4.3.0-GCC11.3-MKL
| -
|V
| -
| -
| rowspan="2" |V melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI''']
|-
|4.1.2 "Bird Hippie"
|R/4.1.2-GCC10-MKL
|V
|V
|V
|V
| -
| -
| -
| -
|V melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI''']''<sup>1</sup>''
|}
|}
'''''Keterangan:'''''
# RMPI dapat dicapai dengan pemrograman R dari pihak user menggunakan wrapper Rmpi.


== '''Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer''' ==
== '''Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer''' ==
ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan R dengan skema '''job submission''' melalui scheduler atau '''''interaktif''''' melalui sesi Jupyter Notebook / Lab dengan detail penjelasan berikut:  
ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan R dengan pilihan skema:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|-
|-
|'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/R#Menjalankan_R_Melalui_Job_Submission Menjalankan R melalui Job Submission]'''  
|'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/R#Menjalankan_R_Melalui_Job_Submission Menjalankan R melalui Job Submission]'''  
* Menjalankan file R siap jalan melalui scheduler dan script dengan skema [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO#3A%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20Job%20Composer|'''EFIRO Job Composer''']] (tampilan GUI via EFIRO) atau [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal#3%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20SLURM|'''SLURM sbatch via Terminal''']].
* Menjalankan file R siap jalan melalui scheduler SLURM.
* Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Compute_Node_CPU_(Partisi_epyc) '''Compute Node CPU Partisi epyc'''].
* Berjalan di Compute Node CPU epyc dengan spesifikasi hingga CPU 128 core dan RAM 500GB
** R versi MPI (RMPI) dapat berjalan paralel hingga CPU 384 core.  
|-
|-
|'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/R#Menjalankan_R_dengan_Sesi_Interaktif_Jupyter Menjalankan R dengan sesi interaktif Jupyter]'''
|'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/R#Menjalankan_R_dengan_Sesi_Interaktif_Jupyter Menjalankan R dengan sesi interaktif Jupyter]'''
* Menjalankan R melalui sesi interaktif via Jupyter Notebook atau Lab.
* Menjalankan R melalui sesi interaktif via Jupyter Notebook atau Lab.
* Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Interactive_Node_CPU_(Partisi_torti) '''Interactive Node Partisi Torti'''].
* Berjalan di Interactive Node Torti dengan spesifikasi CPU 32 core dan RAM 64GB.  
|}
|}
=='''Instalasi Library Package R'''==
=='''Instalasi Library Package R'''==
Baris 52: Baris 49:


# Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email '''support@efisonlt.com;''' atau
# Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email '''support@efisonlt.com;''' atau
# Melakukan instalasi mandiri dengan langkah berikut:  
# Melakukan instalasi mandiri pada HOME user dengan langkah berikut:


{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Panduan instalasi mandiri Package R
! colspan="2" |Panduan instalasi modul R di HOME user
|-
|'''0A'''
|'''0A'''
|Instalasi package dilakukan melalui '''terminal'''.  
|Instalasi package dilakukan melalui '''terminal'''.  
|-
|-
|'''0B'''
|'''0B'''
|Bagi user EFIRO, buka terminal melalui dashboard EFIRO menu '''Clusters > Aleleon Shell Access'''.
|Bagi user EFIRO, buka terminal melalui menu '''Clusters > Aleleon Shell Access'''.
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]]
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]]
|-
|-
Baris 69: Baris 67:
!Perintah Terminal
!Perintah Terminal
|-
|-
|4.1.0
|4.3.0
|<code>$ module load R/4.1.0-GCC10-MKL</code>
|<code>$ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL</code>
|-
|4.1.2
|<code>$ module load R/4.1.2-GCC10-MKL</code>
|}
|}
'''''Perlu diperhatikan bahwa package R yang diinstal di versi 4.1.2 misalnya tidak dapat digunakan oleh R versi lainnya dan sebaliknya'''.''
 
|-
|-
|'''2'''
|'''2A'''
|Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
|Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
  $ R  
  $ R  
Baris 83: Baris 78:
Package akan terinstal di direktori '''HOME user'''.  
Package akan terinstal di direktori '''HOME user'''.  
|-
|-
|'''X'''
|'''2B'''
|'''''Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:'''''  
|'''''Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:'''''  
Akan terdapat peringatan bahwa user tidak dapat melakukan instalasi package R di direktori global /work (di mana benar karena hanya user root yang dapat melakukannya), jawab '''yes'''.
Akan terdapat prompt untuk instalasi package di personal library, jawab '''yes'''.
  Warning in install.packages("benchmarkme") :
  Warning in install.packages("benchmarkme") :
   'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
   'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
  Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) '''yes'''
  Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) '''yes'''
R akan meminta izin untuk menginstal package R di direktori HOME user dan membuat folder bernama R. Jawab '''yes'''.
R akan meminta izin untuk menginstal package R di direktori HOME user. Jawab '''yes'''.
  Would you like to create a personal library
  Would you like to create a personal library
  ‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
  ‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
Baris 96: Baris 91:


== '''Menjalankan R Melalui Job Submission''' ==
== '''Menjalankan R Melalui Job Submission''' ==
User dapat menjalankan R melalui job submission dengan pilihan cara menjalankan komputasi:
User dapat menjalankan R melalui job submission dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.
===Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan===
User dengan akun perseorangan disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan job submission dengan menjalankan perintah pada terminal:
$ '''sausage'''
Bagi yang login ke web EFIRO, buka terminal pada menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''
===Terminal - SLURM sbatch===
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
 
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan R via SLURM sbatch
|-
| rowspan="2" |'''0'''
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|-
|Login dengan SSH:
*User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code>
*User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code>
|-
|'''1'''
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
*[[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']]
|-
|'''2'''
| Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job dengan panduan berikut:
*Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
*Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan.
*Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk R
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash


=== [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO#3A%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20Job%20Composer|EFIRO Job Composer]] ===
# -------------------------------------------------------------
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template R yang tersedia:
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : R
# | Update script  : 06/10/2023
# |
# | NOTES:
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini bersifat referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat:
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
# -------------------------------------------------------------
 
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job.
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file R dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.R'
 
# Memuat modul software R yang akan digunakan user
# Daftar modul R lihat subbab "Modul R" pada
# https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
module load R////
 
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
 
# Perintah menjakankan R
Rscript ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk R versi MPI (RMPI)
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# -------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : R versi MPI (RMPI)
# | Update script  : 06/10/2023
# |
# | NOTES:
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini bersifat referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat:
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
# -------------------------------------------------------------
 
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job.
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file R dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.R'
 
# Memuat modul software R yang akan digunakan user
# Daftar modul R lihat subbab "Modul R" pada
# https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
module load R////
 
# Memuat modul software Open MPI untuk menjalankan RMPI
module load openmpi
 
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
 
# Perintah menjakankan R
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx Rscript ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
{| class="wikitable"
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk R''<sup>1</sup>''
|-
! rowspan="2" | Skenario Menjalankan CP2K
! rowspan="2" |Berjalan di
Compute Node
! colspan="4" |Nilai maksimal SBATCH
|-
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
| colspan="2" |''Acuan fair policy usage<sup>2</sup>''
|''128''
|''128GB''
|''2''
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau 72:00:00
|-
| R biasa''<sup>3</sup>''
|epyc (CPU)
|128
|240GB
|0
|-
|R versi MPI (RMPI)''<sup>4</sup>''
|epyc (CPU)
|384
|240GB
|0
|-
|R biasa dan RMPI di high-mem node''<sup>5</sup>''
| epyc (CPU)
| 128
|500GB
|0
|}'''''Keterangan:'''''#Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
#Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#R biasa tidak mendukung komputasi paralel MPI hingga maksimum berjalan 1 node atau 128 core.
#R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' :
#*Satu node epyc mempunyai CPU 128 core.
#*Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#**Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB.
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|-
|'''3'''
|Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template Job Composer QUANTUM ESPRESSO
|+Daftar STATE squeue SLURM
!Nama Template
! STATE
! Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|R 4.1.0 "Camp Pontanezen"
|R
|Menjalankan R versi 4.1.0
|RUN
|Job berjalan
|-
|-
|R 4.1.2 "Bird Hippie"
|PD
|Menjalankan R versi 4.1.2
|PENDING
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|RMPI 4.1.0 "Camp Pontanezen"
|CG
|Menjalankan R versi 4.1.0 dengan RMPI
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|RMPI 4.1.2 "Bird Hippie"
|CA
|Menjalankan R versi 4.1.2 dengan RMPI
|CANCELED
|Job dibatalkan oleh user
|-
|PR
|PREEMPETED
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
| S
|SUSPENDED
| Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
|-
|'''4B'''
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
* Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
$ scancel 231
|}
===GUI Web - EFIRO Job Composer===
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]


=== [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal#3%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20SLURM|SLURM sbatch via Terminal]] ===
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan R baik yang versi biasa dan RMPI. Perhatikan nama modul mengacu versi R yang akan digunakan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan R via EFIRO Job Composer
|-
| rowspan="2" |'''0'''
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|-
|Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user.
*Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|'''1'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]]
|-
|'''2'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]]
|-
|'''3'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template R yang diinginkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|400x400px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Contoh SLURM Submit Script R
! colspan="2" |Template R yang tersedia
|-
|-
|
!Nama Template
#!/bin/bash
!Penjelasan
|-
# ------------------------------------------------------------------------
|R 4.3.0 "Already Tomorrow"
# | Template SLURM Submit Script
|Menjalankan R versi 4.3.0
# | Software       : R
|-
# | Versi           : tergantung input user
|RMPI 4.3.0 "Already Tomorrow"
# | Update script  r: 12/05/2023
|Menjalankan R versi 4.3.0 dengan MPI
# |
# | NOTES:
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang
# |    sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi
# |    ALELEON Supercomputer lihat:
# |   <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki>
# ------------------------------------------------------------------------
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
# Alokasi jumlah 1 compute node (R biasa hanya dapat jalan di 1 node)
#SBATCH --nodes=1
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job, format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Nama input file R dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.R'
# Memuat modul software R, pilih nama modul pada tabel dibawah ini
module load R////
# DAFTAR MODUL R:
# ----------------------------------------
# | Nama modul                | Versi R  |
# ----------------------------------------
# | R/4.1.0-GCC10-MKL        | 4.1.0    |
# | R/4.1.2-GCC10-MKL        | 4.1.2    |
# ----------------------------------------
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
# Perintah menjakankan R
Rscript ${INPUT_FILE}
|}
|}
|-
|'''4'''
|[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
*Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
*''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''.''
**''Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|'''5'''
|[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
*''Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.''
*Template ini bersifat referensi, user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Contoh SLURM Submit Script R dengan RMPI
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk R''<sup>1</sup>''
|-
! rowspan="2" | Skenario Menjalankan CP2K
! rowspan="2" |Berjalan di
Compute Node
! colspan="4" |Nilai maksimal SBATCH
|-
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
|
| colspan="2" |''Acuan fair policy usage<sup>2</sup>''
#!/bin/bash
|''128''
|''128GB''
# ------------------------------------------------------------------------
|''2''
# | Template SLURM Submit Script
| rowspan="4" |3-00:00:00
# | Software       : R dengan RMPI
atau 72:00:00
# | Versi           : tergantung input user
|-
# | Update script  r: 12/05/2023
| R biasa''<sup>3</sup>''
# |
|epyc (CPU)
# | NOTES:
|128
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
|240GB
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang
|0
# |   sekiranya perlu diubah.
|-
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi
|R versi MPI (RMPI)''<sup>4</sup>''
# |   ALELEON Supercomputer lihat:
|epyc (CPU)
# |   <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki>
|384
# ------------------------------------------------------------------------
|240GB
|0
# --------------------------------------------------
|-
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
|R biasa dan RMPI di high-mem node''<sup>5</sup>''
# --------------------------------------------------
| epyc (CPU)
| 128
# Alokasi jumlah compute node
|500GB
#SBATCH --nodes=////
|0
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job, format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Nama input file R dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.R'
# Memuat modul software R, pilih nama modul pada tabel dibawah ini
module load R////
# DAFTAR MODUL R:
# ----------------------------------------
# | Nama modul                | Versi R  |
# ----------------------------------------
# | R/4.1.0-GCC10-MKL        | 4.1.0   |
# | R/4.1.2-GCC10-MKL        | 4.1.2    |
# ----------------------------------------
# Memuat modul software Open MPI untuk menjalankan RMPI
module load openmpi
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
# Perintah menjakankan R
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx Rscript ${INPUT_FILE}
|}
|}
'''''Keterangan:'''''#Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
#Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#R biasa tidak mendukung komputasi paralel MPI hingga maksimum berjalan 1 node atau 128 core.
#R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' :
#*Satu node epyc mempunyai CPU 128 core.
#*Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#**Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB.
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|-
|'''6A'''
| Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]


Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
! Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
| Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|-
|'''6B'''
|Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|'''7A'''
|Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Files</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
|-
|'''7B'''
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|}
== '''Menjalankan R dengan Sesi Interaktif Jupyter''' ==
== '''Menjalankan R dengan Sesi Interaktif Jupyter''' ==
Terdapat 2 langkah besar untuk menjalankan R melalui sesi interaktif Jupyter yaitu:  
Terdapat 2 langkah untuk menjalankan R melalui sesi interaktif Jupyter yaitu:  


# [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#1_-_Login_Web_EFIRO '''Login ke EFIRO'''] karena fitur ini hanya bisa diakses melalui EFIRO.
# Melakukan '''instalasi package IRKernel''' ketika pertama kali menggunakan Jupyter untuk R.
# Melakukan '''instalasi package IRKernel''' pada direktori HOME masing-masing user.
# Memulai sesi interaktif Jupyter Notebook atau Lab pada EFIRO web.
# Mengisi formulir sesi interaktif Jupyter Notebook atau Lab.


=== Instalasi Package IRKernel ===
=== Instalasi Package IRkernel ===
Berikut adalah langkah untuk instalasi package IRKernel pada masing-masing user:  
Berikut adalah langkah untuk instalasi package IRKernel pada masing-masing user:  
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Instalasi Package IRKernel
! colspan="2" |Instalasi package IRkernel R
|-
|'''0A'''
|'''0A'''
|Instalasi package dilakukan melalui '''terminal'''.  
|Instalasi package dilakukan melalui '''terminal'''.  
|-
|-
|'''0B'''
|'''0B'''
|Bagi user EFIRO, buka terminal melalui dashboard EFIRO menu '''Clusters > Aleleon Shell Access'''.
|Bagi user EFIRO, buka terminal melalui menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''.
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]]
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]]
|-
|-
Baris 276: Baris 498:
!Perintah Terminal
!Perintah Terminal
|-
|-
|4.1.0
|4.3.0
|<code>$ module load R/4.1.0-GCC10-MKL</code>
|<code>$ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL</code>
|-
|4.1.2
|<code>$ module load R/4.1.2-GCC10-MKL</code>
|}
|}
'''''Perlu diperhatikan bahwa package R yang diinstal di versi 4.1.2 misalnya tidak dapat digunakan oleh R versi lainnya dan sebaliknya'''.''
 
|-
|-
|'''2'''
|'''2'''
|Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
|Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
  $ R  
  $ R  
  > install.packages('IRKernel')
  > install.packages('IRkernel')
  > q()  
  > q()  
|-
|-
|'''3'''
|'''3'''
|Buat file R profile di direktori HOME user:
|Buat file R profile di direktori HOME user:
$ cd
  $ nano ~/.Rprofile
  $ nano ~/.Rprofile
Masukkan script berikut, kemudian save and exit dengan '''ctrl+x''' diikuti input '''y''' dan enter.
Masukkan script berikut, kemudian save and exit dengan '''ctrl+x''' diikuti input '''y''' dan enter.
Baris 300: Baris 520:
Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dan menggunakan kernel R didalamnya:  
Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dan menggunakan kernel R didalamnya:  
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Memulai sesi Jupyter
! colspan="2" |Memulai sesi Jupyter untuk R
|-
| rowspan="2" |'''0'''
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|-
|Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user.
*Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|'''1'''
|'''1'''
|Buka menu '''Interactive Apps''' kemudian user bebas memilih menggunakan Jupyter Notebook atau Lab.
|Buka menu '''<code>Interactive Apps</code>''' kemudian untuk memilih menggunakan Jupyter Notebook atau Lab.
[[Berkas:Efirojupyternotebooklab.png|nirbing|238x238px]]
[[Berkas:Efirojupyternotebooklab.png|nirbing|238x238px]]
|-
|-
Baris 309: Baris 536:
* '''Partition'''
* '''Partition'''
** Pilih '''torti'''
** Pilih '''torti'''
*'''Number of CPU Cores'''** Alokasi jumlah core CPU yang akan digunakan, isi sesuai keinginan user
*'''Number of CPU Cores'''
** Minimal: '''1'''
** Alokasi CPU core yang akan digunakan
**Maksimal: '''32'''
**Minimal: '''1''', maksimal: '''32'''
*'''Number of GPUs'''**''kosongkan''
*'''Number of GPU'''
**''kosongkan''
* '''Number of hours'''
* '''Number of hours'''
**Durasi sesi Jupyter Notebook dalam satuan jam, isi sesuai keinginan user
**Durasi sesi Jupyter Notebook dalam satuan jam, isi sesuai keinginan user
** Minimal: '''1'''
** Minimal: '''1,''' maksimal: '''72'''
**Maksimal: '''336'''  
*'''Anaconda Selection'''
*'''Anaconda Selection'''
**''Pilih versi terbaru''
**''Pilih versi terbaru''
Baris 327: Baris 554:
!Nama software modules
!Nama software modules
|-
|-
|4.1.0
|4.3.0
|<code>R/4.1.0-GCC10-MKL</code>
|<code>R/4.3.0-GCC11.3-MKL</code>  
|-
|4.1.2
| <code>R/4.1.2-GCC10-MKL</code>
|}
|}
*'''Environment Setup'''
*'''Environment Setup'''
Baris 340: Baris 564:
|-
|-
|'''3'''
|'''3'''
|Apabila formulir sudah terisi, klik tombol '''<code>Launch</code>''' untuk memulai sesi Jupyter Notebook. User akan diarahkan ke halaman ''My Interactive Sessions''. Tunggu hingga sesi Jupyter Notebook user siap diakses.[[Berkas:JNqueue.png|nir|jmpl|Status sesi Jupyter Notebook mengantri menunggu alokasi hardware]]
|Apabila formulir sudah terisi, klik tombol '''<code>Launch</code>''' untuk memulai sesi Jupyter.  
 
* User akan diarahkan ke halaman ''My Interactive Sessions''. Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses.
 
[[Berkas:JNqueue.png|nir|jmpl|Status sesi Jupyter Notebook mengantri menunggu alokasi hardware]]
|-
|-
|'''4'''
|'''4'''
|Apabila status menunjukkan Running atau kolom berwarna hijau, klik <code>'''Connect to Jupyter'''</code>. Perlu diperhatikan bahwa sistem mulai menghitung Kredit Core Hour saat status Jupyter menunjukkan running.[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|Sesi Jupyter Notebook siap diakses. ]]
|Apabila status menunjukkan Running atau kolom berwarna hijau, klik <code>'''Connect to Jupyter'''</code>.  
 
* Perlu diperhatikan bahwa sistem mulai menghitung Core Hour saat status Jupyter menunjukkan running.
 
[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|Sesi Jupyter Notebook siap diakses. ]]
|-
|-
|'''5'''
|'''5'''

Revisi per 17 Oktober 2023 05.06

R.png

R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.

Modul R

Berikut adalah detail versi R yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul R
Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

4.3.0 "Already Tomorrow" R/4.3.0-GCC11.3-MKL V V - - V melalui RMPI1

Keterangan:

  1. RMPI dapat dicapai dengan pemrograman R dari pihak user menggunakan wrapper Rmpi.

Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer

ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan R dengan pilihan skema:

Menjalankan R melalui Job Submission
  • Menjalankan file R siap jalan melalui scheduler SLURM.
  • Berjalan di Compute Node CPU epyc dengan spesifikasi hingga CPU 128 core dan RAM 500GB
    • R versi MPI (RMPI) dapat berjalan paralel hingga CPU 384 core.
Menjalankan R dengan sesi interaktif Jupyter
  • Menjalankan R melalui sesi interaktif via Jupyter Notebook atau Lab.
  • Berjalan di Interactive Node Torti dengan spesifikasi CPU 32 core dan RAM 64GB.

Instalasi Library Package R

Instalasi library R pada ALELEON Supercomputer dapat dilakukan dengan alternatif cara:

  1. Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email support@efisonlt.com; atau
  2. Melakukan instalasi mandiri pada HOME user dengan langkah berikut:
Panduan instalasi modul R di HOME user
0A Instalasi package dilakukan melalui terminal.
0B Bagi user EFIRO, buka terminal melalui menu Clusters > Aleleon Shell Access.

Shellaccess.png

1 Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
Versi Perintah Terminal
4.3.0 $ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL
2A Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar: 
$ R 
> install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal')

Package akan terinstal di direktori HOME user.

2B Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:

Akan terdapat prompt untuk instalasi package di personal library, jawab yes. 

Warning in install.packages("benchmarkme") :
  'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes

R akan meminta izin untuk menginstal package R di direktori HOME user. Jawab yes. 

Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
to install packages into? (yes/No/cancel) yes

Menjalankan R Melalui Job Submission

User dapat menjalankan R melalui job submission dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.

Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan

User dengan akun perseorangan disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan job submission dengan menjalankan perintah pada terminal: 

$ sausage

Bagi yang login ke web EFIRO, buka terminal pada menu Clusters > Aleleon Shell Access

Terminal - SLURM sbatch

Sbatch Terminal.png

Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch.

Langkah Menjalankan R via SLURM sbatch
0 Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Login dengan SSH:
  • User OS Windows dan MacOS -> $ ssh <username>@aleleon.hpc
  • User OS Linux -> $ ssh <username>@10.192.50.10
1 Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
2 Buat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job dengan panduan berikut:
  • Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh
  • Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan.
  • Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya.
Template SLURM Submit Script untuk R 
#!/bin/bash

# -------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : R
# | Update script   : 06/10/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini bersifat referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
# -------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job. 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file R dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.R'

# Memuat modul software R yang akan digunakan user
# Daftar modul R lihat subbab "Modul R" pada
# https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
module load R////

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Perintah menjakankan R
Rscript ${INPUT_FILE}
Template SLURM Submit Script untuk R versi MPI (RMPI) 
#!/bin/bash

# -------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : R versi MPI (RMPI)
# | Update script   : 06/10/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini bersifat referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
# -------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job. 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file R dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.R'

# Memuat modul software R yang akan digunakan user
# Daftar modul R lihat subbab "Modul R" pada
# https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
module load R////

# Memuat modul software Open MPI untuk menjalankan RMPI
module load openmpi

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Perintah menjakankan R
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx Rscript ${INPUT_FILE}
Panduan nilai maksimal SBATCH untuk R1
Skenario Menjalankan CP2K Berjalan di

Compute Node

Nilai maksimal SBATCH
ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Acuan fair policy usage2 128 128GB 2 3-00:00:00

atau 72:00:00

R biasa3 epyc (CPU) 128 240GB 0
R versi MPI (RMPI)4 epyc (CPU) 384 240GB 0
R biasa dan RMPI di high-mem node5 epyc (CPU) 128 500GB 0
Keterangan:#Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
  1. Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. R biasa tidak mendukung komputasi paralel MPI hingga maksimum berjalan 1 node atau 128 core.
  3. R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan multi-node :
    • Satu node epyc mempunyai CPU 128 core.
    • Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
      • Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer.
  4. High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB.
    • Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
3 Jalankan job dengan perintah sbatch. 
$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh. 

$ sbatch my_job_submission.sh
4A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE Kepanjangan Penjelasan
R RUN Job berjalan
PD PENDING Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG COMPLETING Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA CANCELED Job dibatalkan oleh user
PR PREEMPETED Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S SUSPENDED Job ditahan oleh admin EFISON
4B Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  • Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. 

$ scancel 231

GUI Web - EFIRO Job Composer

Efirojobcomposer3.png

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.

Langkah Menjalankan R via EFIRO Job Composer
0 Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
  • Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11
1 Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3
Pilih template R yang diinginkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.
Template R yang tersedia
Nama Template Penjelasan
R 4.3.0 "Already Tomorrow" Menjalankan R versi 4.3.0
RMPI 4.3.0 "Already Tomorrow" Menjalankan R versi 4.3.0 dengan MPI
4 Jcjoboption3.png

Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.

  • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file.
    • Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5

Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).

  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.
  • Template ini bersifat referensi, user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
Panduan nilai maksimal SBATCH untuk R1
Skenario Menjalankan CP2K Berjalan di

Compute Node

Nilai maksimal SBATCH
ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Acuan fair policy usage2 128 128GB 2 3-00:00:00

atau 72:00:00

R biasa3 epyc (CPU) 128 240GB 0
R versi MPI (RMPI)4 epyc (CPU) 384 240GB 0
R biasa dan RMPI di high-mem node5 epyc (CPU) 128 500GB 0

Keterangan:#Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

  1. Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  2. R biasa tidak mendukung komputasi paralel MPI hingga maksimum berjalan 1 node atau 128 core.
  3. R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan multi-node :
    • Satu node epyc mempunyai CPU 128 core.
    • Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
      • Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer.
  4. High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB.
    • Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
6A Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:

Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
6B Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

7A Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Files.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.
7B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Menjalankan R dengan Sesi Interaktif Jupyter

Terdapat 2 langkah untuk menjalankan R melalui sesi interaktif Jupyter yaitu:

  1. Melakukan instalasi package IRKernel ketika pertama kali menggunakan Jupyter untuk R.
  2. Memulai sesi interaktif Jupyter Notebook atau Lab pada EFIRO web.

Instalasi Package IRkernel

Berikut adalah langkah untuk instalasi package IRKernel pada masing-masing user:

Instalasi package IRkernel R
0A Instalasi package dilakukan melalui terminal.
0B Bagi user EFIRO, buka terminal melalui menu Clusters > Aleleon Shell Access.

Shellaccess.png

1 Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
Versi Perintah Terminal
4.3.0 $ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL
2 Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar: 
$ R 
> install.packages('IRkernel')
> q()
3 Buat file R profile di direktori HOME user: 
$ cd
$ nano ~/.Rprofile

Masukkan script berikut, kemudian save and exit dengan ctrl+x diikuti input y dan enter. 

options(bitmapType='cairo')

Memulai Sesi Jupyter

Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dan menggunakan kernel R didalamnya:

Memulai sesi Jupyter untuk R
0 Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
  • Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11
1 Buka menu Interactive Apps kemudian untuk memilih menggunakan Jupyter Notebook atau Lab.

Efirojupyternotebooklab.png

2 Isi formulir sesi Jupyter dengan panduan berikut:
  • Partition
    • Pilih torti
  • Number of CPU Cores
    • Alokasi CPU core yang akan digunakan
    • Minimal: 1, maksimal: 32
  • Number of GPU
    • kosongkan
  • Number of hours
    • Durasi sesi Jupyter Notebook dalam satuan jam, isi sesuai keinginan user
    • Minimal: 1, maksimal: 72
  • Anaconda Selection
    • Pilih versi terbaru
  • Conda Environment Directory
    • kosongkan
  • Software Modules
    • Isi dengan versi R yang akan digunakan
Versi Nama software modules
4.3.0 R/4.3.0-GCC11.3-MKL
  • Environment Setup
    • kosongkan
  • Email Address
    • Sistem akan mengirim notifikasi ke email user saat sesi Jupyter Notebook sudah siap diakses.
    • Apabila membutuhkan, isi dengan email user
3 Apabila formulir sudah terisi, klik tombol Launch untuk memulai sesi Jupyter.
  • User akan diarahkan ke halaman My Interactive Sessions. Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses.
Status sesi Jupyter Notebook mengantri menunggu alokasi hardware
4 Apabila status menunjukkan Running atau kolom berwarna hijau, klik Connect to Jupyter.
  • Perlu diperhatikan bahwa sistem mulai menghitung Core Hour saat status Jupyter menunjukkan running.
Sesi Jupyter Notebook siap diakses.
5 Pilih kernel R untuk memulai sesi notebook R.
Gunakan Notebook R untuk menjalankan R di Jupyter.

Kontributor

EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=R&oldid=1183"