R: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (paraphrasing) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (formatting and fix typo) |
||
Baris 244: | Baris 244: | ||
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk R''<sup>1</sup>'' | ! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk R''<sup>1</sup>'' | ||
|- | |- | ||
! rowspan="2" | Skenario Menjalankan | ! rowspan="2" | Skenario Menjalankan R | ||
! rowspan="2" |Berjalan di | ! rowspan="2" |Berjalan di | ||
Compute Node | Compute Node | ||
Baris 383: | Baris 383: | ||
|- | |- | ||
|'''3''' | |'''3''' | ||
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template R yang diinginkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|400x400px]] | |[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|''Pilih template R yang diinginkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.''|400x400px]] | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="2" |Template R yang tersedia | ! colspan="2" |Template R yang tersedia | ||
Baris 418: | Baris 418: | ||
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk R''<sup>1</sup>'' | ! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk R''<sup>1</sup>'' | ||
|- | |- | ||
! rowspan="2" | Skenario Menjalankan | ! rowspan="2" | Skenario Menjalankan R | ||
! rowspan="2" |Berjalan di | ! rowspan="2" |Berjalan di | ||
Compute Node | Compute Node | ||
Baris 510: | Baris 510: | ||
|- | |- | ||
|'''7A''' | |'''7A''' | ||
|Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Files</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]] | |Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Files</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|''atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.'']] | ||
|- | |- | ||
|'''7B''' | |'''7B''' | ||
Baris 636: | Baris 636: | ||
* Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses. | * Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses. | ||
[[Berkas:JNqueue.png|nir|jmpl|Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware]] | [[Berkas:JNqueue.png|nir|jmpl|''Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware'']] | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
| | |'''Perhatian:''' Sesi akan tertahan di antrian apabila: | ||
Sesi akan tertahan di antrian apabila: | |||
* Number of CPU cores * Number of Hour yang dialokasikan lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. | * Number of CPU cores * Number of Hour yang dialokasikan lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
|'''5''' | |'''5''' | ||
|Apabila status menunjukkan '''Running''' atau kolom berwarna hijau, klik <code>'''Connect to Jupyter'''</code>.[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|Sesi Jupyter siap diakses. ]] | |Apabila status menunjukkan '''Running''' atau kolom berwarna hijau, klik <code>'''Connect to Jupyter'''</code>.[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|''Sesi Jupyter siap diakses.'' ]] | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|'''''Perhatian:''''' | |'''''Perhatian:''''' | ||
Baris 652: | Baris 650: | ||
|- | |- | ||
|'''6''' | |'''6''' | ||
|Pilih Notebook R untuk memulai sesi notebook R baik di Jupyter Notebook dan Lab.[[Berkas:JNkernel.png|nir|jmpl|Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Notebook|al=|281x281px]][[Berkas:Rjupyterlab.png|nir|jmpl|225x225px|Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Lab]] | |Pilih Notebook R untuk memulai sesi notebook R baik di Jupyter Notebook dan Lab.[[Berkas:JNkernel.png|nir|jmpl|''Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Notebook''|al=|281x281px]][[Berkas:Rjupyterlab.png|nir|jmpl|225x225px|''Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Lab'']] | ||
|- | |- | ||
|'''7A''' | |'''7A''' | ||
|User dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombol '''<code>Delete</code>'''[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|Klik tombol '''<code>Delete</code>''' untuk menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan]] | |User dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombol '''<code>Delete</code>'''[[Berkas:JNrun.png|nir|jmpl|''Klik tombol '''<code>Delete</code>''' untuk menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan'']] | ||
|- | |- | ||
|'''7B''' | |'''7B''' |
Revisi per 23 Oktober 2023 09.44
R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.
Modul R
Berikut adalah detail versi R yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | ||
4.3.0 "Already Tomorrow" | R/4.3.0-GCC11.3-MKL | V | - | - | V melalui RMPI1 |
Keterangan:
- RMPI dapat dicapai dengan pemrograman R dari pihak user menggunakan wrapper Rmpi.
Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer
ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan R dengan pilihan skema:
--- |
---|
|
--- |
|
Instalasi Library Package R
Instalasi library R pada ALELEON Supercomputer dapat dilakukan dengan dua alternatif cara:
- Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email support@efisonlt.com; atau
- Melakukan instalasi mandiri di Login Node dengan langkah berikut:
Panduan instalasi mandiri Library Package R di Login Node
*Instalasi package R di Login Node tidak mengurangi Kredit Core Hour user. | |||||
---|---|---|---|---|---|
0 | Instalasi package dilakukan melalui terminal.
| ||||
1 | Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
| ||||
2 | Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
$ R > install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal') Package akan terinstal di direktori HOME user. | ||||
Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:
Akan terdapat prompt untuk mengarahkan instalasi ke personal library, jawab yes. Warning in install.packages("benchmarkme") : 'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes Kemudian R akan meminta izin untuk membuat personal library di HOME user. Jawab yes. Would you like to create a personal library ‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’ to install packages into? (yes/No/cancel) yes |
Menjalankan R Melalui Job Submission
User dapat menjalankan R melalui job submission dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.
---
Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan
User dengan akun perseorangan disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan job submission dengan menjalankan perintah pada terminal:
$ sausage
Bagi yang login ke web EFIRO, buka terminal pada menu Clusters
> Aleleon Shell Access
---
Opsi menggunakan terminal - SLURM sbatch
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch (klik expand atau kembangkan).
Langkah Menjalankan R via SLURM sbatch | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Login dengan SSH:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 | Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Buat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi dengan panduan berikut:
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Keterangan:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3A | Sebelum menjalankan job, user dapat melakukan instalasi package R yang dibutuhkan oleh script R user.
Apabila program R gagal berjalan karena ada package R yang belum terinstal:
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3B | Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script $ sbatch my_job_submission.sh | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
$ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
Keterangan:
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4B | Apabila user ingin membatalkan job yang sedang berjalan, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
---
Opsi menggunakan GUI Web - EFIRO Job Composer
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer (klik expand atau kembangkan).
Langkah Menjalankan R via EFIRO Job Composer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]() Gunakan menu
Gunakan menu
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | ![]() Melalui
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Keterangan:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6A | Jalankan job dengan klik tombol Submit .
Berikut penjelasan kolom
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6B | Apabila ingin menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop .
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7A | Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Files .
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7B | User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit .
|
---
Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
- BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
- END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
- FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
- TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
- TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
Menjalankan R dengan Sesi Interaktif Jupyter
Terdapat 2 langkah untuk menjalankan R melalui sesi interaktif Jupyter yaitu:
- Melakukan instalasi package IRKernel ketika pertama kali menggunakan Jupyter untuk R.
- Memulai sesi interaktif Jupyter Notebook atau Lab pada EFIRO web.
---
Instalasi Package IRkernel pertama kali
Berikut adalah langkah untuk instalasi package IRKernel (klik expand atau kembangkan):
Langkah instalasi package IRkernel R untuk masing-masing user | |||||
---|---|---|---|---|---|
0 | Instalasi package dilakukan melalui terminal.
| ||||
1 | Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
| ||||
2 | Aktifkan modul Anaconda terbaru:
$ module load Anaconda3 | ||||
2 | Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
$ R > install.packages('IRkernel') > IRkernel::installspec() > q() | ||||
3 | Buat file R profile di direktori HOME user:
$ cd $ touch ~/.Rprofile $ echo "options(bitmapType='cairo')" >> ~/.Rprofile |
---
Memulai Sesi Jupyter
Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dengan kernel R:
Memulai sesi Jupyter untuk R | |||||
---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. | ||||
Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
| |||||
1 | Bagi akun perseorangan, disarankan untuk mengecek sisa CPU Core Hour sebelum memulai sesi Jupyter ini.
$ sausage | ||||
2 | Buka menu Interactive Apps kemudian untuk memilih menggunakan Jupyter Notebook atau Lab.
| ||||
3 | Isi formulir sesi Jupyter dengan panduan berikut:
| ||||
4 | Apabila formulir sudah terisi, klik tombol Launch untuk memulai sesi Jupyter.
| ||||
5 | Apabila status menunjukkan Running atau kolom berwarna hijau, klik Connect to Jupyter .
| ||||
6 | Pilih Notebook R untuk memulai sesi notebook R baik di Jupyter Notebook dan Lab. | ||||
7A | User dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombol Delete
| ||||
7B | User dapat kembali mengunjungi halaman My Interactive Sessions melalui dasboard EFIRO.
|
Pelaporan Kendala dan Support
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi R, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
---
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com
Kontributor
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:
- Tim Sadasa Academy.