CP2K: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(test format)
Baris 54: Baris 54:
== '''Menjalankan CP2K di Compute Node''' ==
== '''Menjalankan CP2K di Compute Node''' ==
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.
===Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan===
User dengan akun perseorangan disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan job submission dengan menjalankan perintah pada terminal:
$ '''sausage'''
Bagi yang login ke web EFIRO, buka terminal pada menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''
===Menggunakan terminal - SLURM sbatch===
===Menggunakan terminal - SLURM sbatch===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K di Terminal melalui SLURM sbatch
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K via SLURM sbatch
|-
|-
| rowspan="2" |'''0'''
| rowspan="2" |'''0'''
Baris 77: Baris 71:
|-
|-
|'''2'''
|'''2'''
|Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job dengan panduan berikut:
|Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
*Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
*Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
*Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan.
*Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan.
*Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya.
*Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable"
! colspan="5" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk CP2K''<sup>1</sup>''
|-
! rowspan="2" |Skenario Menjalankan CP2K
! colspan="4" |Nilai maksimal SBATCH
|-
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
| ''Acuan fair policy usage<sup>2</sup>''
|''128''
|''128GB''
|''2''
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau 72:00:00
|-
|CP2K versi CPU''<sup>3</sup>''
|384
|240GB
|0
|-
|CP2K versi CPU di high-mem node''<sup>4</sup>''
|128
|500GB
|0
|-
|CP2K versi GPU''<sup>5</sup>''
|9
|64GB
|1
|}
'''''Keterangan:'''''
#Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
# Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#* User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#* Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# CP2K mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' : 
#* Satu node epyc mempunyai CPU 128 core.
#* Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#** Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#* Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB. 
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
#Nilai maks versi GPU berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
|-
|'''2B'''
|
===== Template SLURM Script CP2K =====
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi CPU
!Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi CPU
Baris 198: Baris 247:
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
|-
|'''2C'''
|
===== Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk CP2K =====
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk CP2K''<sup>1</sup>''
! colspan="5" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk CP2K''<sup>1</sup>''
|-
|-
! rowspan="2" |Skenario Menjalankan CP2K
! rowspan="2" |Skenario Menjalankan CP2K
! rowspan="2" |Berjalan di
Compute Node
! colspan="4" |Nilai maksimal SBATCH
! colspan="4" |Nilai maksimal SBATCH
|-
|-
Baris 215: Baris 266:
(time limit)
(time limit)
|-
|-
| colspan="2" | ''Acuan fair policy usage<sup>2</sup>''
| ''Acuan fair policy usage<sup>2</sup>''
|''128''
|''128''
|''128GB''
|''128GB''
Baris 223: Baris 274:
|-
|-
|CP2K versi CPU''<sup>3</sup>''
|CP2K versi CPU''<sup>3</sup>''
|epyc (CPU)
|384
|384
|240GB
|240GB
Baris 229: Baris 279:
|-
|-
|CP2K versi CPU di high-mem node''<sup>4</sup>''
|CP2K versi CPU di high-mem node''<sup>4</sup>''
|epyc (CPU)
|128
|128
|500GB
|500GB
Baris 235: Baris 284:
|-
|-
|CP2K versi GPU''<sup>5</sup>''
|CP2K versi GPU''<sup>5</sup>''
|ampere (GPU)
|9
|9
|64GB  
|64GB  
|1
|1
|}
|}
'''''Keterangan:'''''
|-
#Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|'''2D'''
# Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
|
#* User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
===== Daftar Modul Software CP2K =====
#* Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# CP2K mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' : 
#* Satu node epyc mempunyai CPU 128 core.
#* Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#** Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#* Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB. 
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
#Nilai maks versi GPU berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
|-
|-
| '''3'''
| '''3'''
|Jalankan job dengan perintah sbatch.
|
===== Menjalankan Job Komputasi =====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
Baris 297: Baris 338:
|-
|-
|'''4B'''
|'''4B'''
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
|
===== Membatalkan Job Komputasi =====
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.

Revisi per 21 Desember 2023 08.34

CP2K.png

CP2K adalah package untuk quantum chemistry dan solid state physics yang dapat melakukan simulasi liquid, molekolar, periodik, material, kristal, dan sistem biologis. CP2K menggunakan pemodelan DFT dengan pendekatan Gaussian and plane waves GPW dan GAPW.

Modul CP2K

Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul CP2K versi CPU
Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

9.1 cp2k/9.1-GCC10-MKL V V - - V
Modul CP2K dengan akselerasi GPU (Modul ini sedang dalam tahap pengujian)
Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

9.1 cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA V V V - V

Menjalankan CP2K di Compute Node

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.

Menggunakan terminal - SLURM sbatch

Langkah Menjalankan CP2K di Terminal melalui SLURM sbatch

Sbatch Terminal.png

0 Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Login dengan SSH:
  • User OS Windows dan MacOS -> $ ssh <username>@aleleon.hpc
  • User OS Linux -> $ ssh <username>@10.192.50.10
1 Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
2 Buat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
  • Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh
  • Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan.
  • Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya.
Panduan nilai maksimal SBATCH untuk CP2K1
Skenario Menjalankan CP2K Nilai maksimal SBATCH
ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Acuan fair policy usage2 128 128GB 2 3-00:00:00

atau 72:00:00

CP2K versi CPU3 384 240GB 0
CP2K versi CPU di high-mem node4 128 500GB 0
CP2K versi GPU5 9 64GB 1

Keterangan:

  1. Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
  2. Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  3. CP2K mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan multi-node :
    • Satu node epyc mempunyai CPU 128 core.
    • Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
      • Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer.
  4. High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB.
    • Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
  5. Nilai maks versi GPU berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
2B
Template SLURM Script CP2K

Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.

Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi CPU 
#!/bin/bash

# -------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : CP2K (CPU)
# | Update script  r: 06/10/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini bersifat referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/CP2K
# -------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job. 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'

# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul CP2K lihat subbab "Modul CP2K" pada
# https://wiki.efisonlt.com/wiki/CP2K 
module load cp2k////

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Perintah menjalankan CP2K
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 $INPUT_FILE
Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi GPU 
#!/bin/bash

# -------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : CP2K (GPU) - EKSPERIMENTAL
# | Update script   : 06/10/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini bersifat referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/CP2K
# -------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU 9 menurut dokumentasi CP2K
#SBATCH --ntasks=9 

# Alokasi jumlah GPU 1 menurut dokumentasi CP2K 
#SBATCH --gpus=1

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=64GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job. 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'

# Memuat modul software CP2K versi GPU
module load cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES

# Perintah menjalankan CP2K
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 $INPUT_FILE
2C
Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk CP2K
Panduan nilai maksimal SBATCH untuk CP2K1
Skenario Menjalankan CP2K Nilai maksimal SBATCH
ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Acuan fair policy usage2 128 128GB 2 3-00:00:00

atau 72:00:00

CP2K versi CPU3 384 240GB 0
CP2K versi CPU di high-mem node4 128 500GB 0
CP2K versi GPU5 9 64GB 1
2D
Daftar Modul Software CP2K
3
Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan perintah sbatch. 

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh. 

$ sbatch my_job_submission.sh
4A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE Kepanjangan Penjelasan
R RUN Job berjalan
PD PENDING Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG COMPLETING Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA CANCELED Job dibatalkan oleh user
PR PREEMPETED Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S SUSPENDED Job ditahan oleh admin EFISON
4B
Membatalkan Job Komputasi

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.

  • Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. 

$ scancel 231

Menggunakan GUI Web - EFIRO Job Composer

Efirojobcomposer3.png

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.

Langkah Menjalankan CP2K via EFIRO Job Composer
0 Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
  • Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11
1 Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3
Pilih template CP2K yang diinginkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.
Template CP2K yang tersedia
Nama Template Penjelasan
CP2K 9.1 (CPU) Menjalankan CP2K versi 9.1 di CPU
CP2K 9.1 (GPU) Eksperimental Menjalankan CP2K versi 9.1 di GPU. Dalam fase pengujian
4 Jcjoboption3.png

Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.

  • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file.
    • Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5

Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).

  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.
  • Template ini bersifat referensi, user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
Panduan nilai maksimal SBATCH untuk CP2K1
Skenario Menjalankan CP2K Berjalan di

Compute Node

Nilai maksimal SBATCH
ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Acuan fair policy usage2 128 128GB 2 3-00:00:00

atau 72:00:00

CP2K versi CPU3 epyc (CPU) 384 240GB 0
CP2K versi CPU di high-mem node4 epyc (CPU) 128 500GB 0
CP2K versi GPU5 ampere (GPU) 9 64GB 1
Keterangan:
  1. Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
  2. Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  3. CP2K mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan multi-node :
    • Satu node epyc mempunyai CPU 128 core.
    • Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
      • Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer.
  4. High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB.
    • Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
  5. Nilai maks versi GPU berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
6A Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:

Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
6B Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

7A Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Files.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.
7B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

  • BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
  • END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
  • FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
  • TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
  • TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi CP2K, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=CP2K&oldid=1260"