PHASE/0: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Menjalankan PHASE/0: tes menghapus kalimat header tabel)
Baris 26: Baris 26:
*Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan.
*Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan.
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px]][[Berkas:Jcselecttemplate3.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|'''Menu New Jobs > From Template''']][[Berkas:Jcselecttemplate3.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|'''Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan''']]
|}
'''Template PHASE/0 yang tersedia:'''  
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Template PHASE/0
|-
|-
|Template PHASE/0 yang tersedia:
|'''PHASE/0 2020.01'''
 
* Template standar PHASE/0 versi 2020.01
*'''PHASE/0 2020.01'''
** Template standar PHASE/0 versi 2020.01
|}
|}


Baris 45: Baris 46:
*Taruh file input pada direktori yang sama dengan file '''slurm-phase.sh.'''
*Taruh file input pada direktori yang sama dengan file '''slurm-phase.sh.'''
|}
|}
===3. Melengkapi Submit Script Template===
===Melengkapi Submit Script Template===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program PHASE/0 dapat berjalan:
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program PHASE/0 dapat berjalan:
Baris 53: Baris 54:


[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
 
===MPI pada PHASE/0===
---
===4. MPI pada PHASE/0===
PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
Baris 64: Baris 63:
**User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
**User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|}---
|}
===5. Menjalankan Job===
===Menjalankan Job===
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
{| class="wikitable sortable mw-collapsible mw-collapsed"
!
|-
|Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
* Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''


Perhatikan kolom '''Status''' pada job tersebut. User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. Berikut adalah daftar Status yang terjadi:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Status jalannya Job
|+Status jalannya Job
Baris 91: Baris 93:
|Job berhenti di tengah berjalan.
|Job berhenti di tengah berjalan.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
|}
 
* User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
* Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
|}


---
===Melihat hasil job yang selesai===
===6. Melihat hasil job yang selesai===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible mw-collapsed"
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
!
|-
|
* Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''


[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nirbing|399x399px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png]]
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|'''Kolom Folder Contents memperlihatkan isi dari direktori ruang job tersebut.''']]
|-
|Tips:


---
* Apabila job tidak berjalan dengan semestinya (contoh tidak ada output atau menghasilkan output error), lakukan troubleshooting dengan membaca output yang didefinisikan pada SBATCH error.
===7. Submit ulang job===
|}
User dapat '''menjalankan ulang job pada ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.
 
===Submit ulang job===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible mw-collapsed"
!
|-
|
* User dapat '''menjalankan ulang job pada ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.
* Job akan mencetak output di folder yang sama.
|}

Revisi per 24 Februari 2022 06.22

Phase-logo4.png

PHASE/0 adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
2020.01 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan PHASE/0

User menjalankan PHASE/0 pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

Memilih Template PHASE/0

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

Template PHASE/0 yang tersedia:

Template PHASE/0
PHASE/0 2020.01
  • Template standar PHASE/0 versi 2020.01

Mempersiapkan File Input PHASE/0

Jcjoboption3.png
  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input melalui menu Edit Files.
  • Fitur upload di halaman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
  • Taruh file input pada direktori yang sama dengan file slurm-phase.sh.

Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program PHASE/0 dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH.
  • Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

MPI pada PHASE/0

PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.

Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status jalannya Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan
Running Job berjalan
Queue Job mengantri dan belum berjalan
Completed Job selesai berjalan
Failed Job berhenti di tengah berjalan.

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

  • User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
  • Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

Melihat hasil job yang selesai

  • Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
Kolom Folder Contents memperlihatkan isi dari direktori ruang job tersebut.
Tips:
  • Apabila job tidak berjalan dengan semestinya (contoh tidak ada output atau menghasilkan output error), lakukan troubleshooting dengan membaca output yang didefinisikan pada SBATCH error.

Submit ulang job

  • User dapat menjalankan ulang job pada ruang job yang sama (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.
  • Job akan mencetak output di folder yang sama.
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=PHASE/0&oldid=655"