ATEST

Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi Python dengan environment Anaconda di ALELEON Supercomputer.

Langkah Menjalankan Komputasi

Terdapat dua langkah utama:

1. Membuat dan menyiapkan conda environment untuk komputasi user.
2. Memilih metode menjalankan komputasi.

Membuat Conda Environment

Kegiatan ini dilakukan pada terminal:

• Diakses melalui login SSH.
• Bagi yang login ke web EFIRO, buka menu Clusters -> Aleleon Shell Access

Membuat Conda Environment
1	Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan. $ module load <nama-modul-anaconda>
	Daftar nama modul Anaconda Nama Modul Versi Anaconda3/2023.07-2 Anaconda 3 2023.07-2 Anaconda3/2022.05 Anaconda 3 2022.05 Anaconda3/2021.05 Anaconda 3 2021.05 Anaconda3/2020.11 Anaconda 3 2020.11
2	Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah: $ conda create --name <nama-conda-env> pip Contoh dengan nama 'skripsi' $ conda create --name skripsi pip

Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package
0	Aktifkan modul Anaconda yang digunakan untuk membuat conda env user.
1	Aktifkan conda env dengan perintah: $ source activate <nama-conda-env> Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi' $ source activate skripsi
	User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan: $ conda env list
2	Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan dengan pip Contoh instalasi PyTorch dengan pip. Contoh instalasi TensorFlow dengan pip.
3	Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah: $ conda deactivate

Manajemen Conda Environment
1	Deactivate conda env untuk melakukan manajemen dibawah ini.
2	Untuk mengubah nama conda env: $ conda rename -n <nama-saat-ini> <nama-baru> Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis $ conda rename -n skripsi tesis
	Untuk menghapus conda env: $ conda remove -n <nama-conda-env> --all

Metode Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

• Job submission di terminal
• Job submission di web EFIRO
• Interactive job Jupyter Lab / Notebook

Job Submission Terminal

Ketentuan:

1. Menjalankan file Python di terminal dengan scheduler SLURM.
   • File ipynb harus dikonversi ke file Python.
2. Berjalan di Compute Node.
3. Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.

Langkah Job Submission Terminal
1	_Login_SSH login SSH] ke ALELEON Supercomputer.
2	Siapkan conda env dan file komputasi yang dibutuhkan. User dapat upload / download file dengan software FTP.
3	Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
	Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya. Anaconda Python di CPU Anaconda Python di GPU

Job Submission Web EFIRO

Ketentuan:

1. Menjalankan file Python di web EFIRO Job Composer dengan scheduler SLURM.
   • File ipynb harus dikonversi ke file Python.
2. Berjalan di Compute Node.

Langkah Job Submission Web EFIRO

Interactive Job Jupyter

Ketentuan:

1. Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook.
2. Berjalan di Interactive Node.

Langkah Interactive Job Sesi Jupyter