COMCOT: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (reformat) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (test format) |
||
Baris 1: | Baris 1: | ||
[https://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.512.84&rep=rep1&type=pdf '''COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid)'''] adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode ''Shallow Water Equations''. | [https://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.512.84&rep=rep1&type=pdf '''COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid)'''] adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode ''Shallow Water Equations''. | ||
== ''' | == '''Modul COMCOT''' == | ||
Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer: | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! Versi | ! rowspan="2" |Versi | ||
!Dukungan MPI | ! rowspan="2" |Nama modul | ||
! rowspan="2" |Modul | |||
DEFAULT | |||
! colspan="4" |Dukungan hardware | |||
|- | |||
!CPU | |||
!GPU | |||
!OMP | |||
Threading | |||
!MPI | |||
multi-node | |||
|- | |- | ||
|1.7 | |1.7 | ||
|comcot/1.7cpu | |||
|V | |||
|V | |||
| - | |||
| - | |||
| - | | - | ||
| | |} | ||
== '''Menjalankan COMCOT''' == | |||
User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi: | |||
=== Terminal - SLURM sbatch === | |||
Menjalankan job di terminal. | |||
{| class="wikitable" | |||
! colspan="2" |Langkah Menjalankan Job via SLURM sbatch | |||
|- | |||
|'''1''' | |||
|Login ke terminal dengan SSH: | |||
* User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code> | |||
* User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code> | |||
|- | |- | ||
|1.7 | |'''2''' | ||
| - | |Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user. | ||
| | |||
* [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']] seperti FileZilla, WinSCP, dan lainnya. | |||
* Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri. | |||
|- | |||
|'''3''' | |||
|Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut: | |||
* Nama script dibebaskan, contoh <code>'''slurmcomcot.sh'''</code> | |||
* Ikuti petunjuk dari NOTES. | |||
#!/bin/bash | |||
# ------------------------------------------------------------------------ | |||
# | Template SLURM Submit Script | |||
# | Software : COMCOT (CPU) | |||
# | Versi : 1.7 | |||
# | Update script : 06/10/2023 | |||
# | | |||
# | NOTES: | |||
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). | |||
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang | |||
# | sekiranya perlu diubah. | |||
# | | |||
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) lihat: | |||
# | <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki> | |||
# ------------------------------------------------------------------------ | |||
# -------------------------------------------------- | |||
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input | |||
# -------------------------------------------------- | |||
# Alokasi jumlah core thread CPU | |||
#SBATCH --ntasks=//// | |||
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) | |||
#SBATCH --mem=////GB | |||
# Alokasi limit waktu menjalankan job. Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS | |||
#SBATCH --time=//// | |||
# Definisi file untuk menampung output terminal | |||
#SBATCH --output=result-%j.txt | |||
# Definisi file untuk menampung output error log | |||
#SBATCH --error=error-%j.txt | |||
# Memuat modul COMCOT CPU versi 1.7 | |||
module load comcot/1.7cpu | |||
# ------------------------------------------------- | |||
# RUN SCRIPT | |||
# ------------------------------------------------- | |||
# Perintah menjakankan COMCOT | |||
comcot | |||
{| class="wikitable" | |||
|+Panduan singkat mengisi SBATCH | |||
Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]] | |||
!Parameter | |||
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup> | |||
!Nilai maksimal untuk COMCOT | |||
|- | |||
|ntasks | |||
|128 | |||
|128 | |||
|- | |||
|mem | |||
|128GB | |||
|500GB<sup>''2''</sup> | |||
|- | |||
|time | |||
| colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00 | |||
|- | |||
| colspan="3" |Note: | |||
# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | |||
# User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | |||
|} | |||
|- | |||
|'''4''' | |||
|Jalankan job dengan perintah sbatch. | |||
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-script>''''' | |||
Contoh menjalankan nama script slurmcomcot.sh. Perhatikan user mendapatkan nomor Job ID | |||
$ sbatch slurmcomcot.sh | |||
Submitted batch job 231 | |||
|- | |||
|'''5A''' | |||
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER. | |||
* Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu. | |||
$ '''squeue -ul $USER''' | |||
|- | |||
|'''5B''' | |||
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID. | |||
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri. | |||
$ '''scancel <''job-ID-submission-user''>''' | |||
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. | |||
$ scancel 231 | |||
|} | |} | ||
== | |||
=== GUI Web - EFIRO Job Composer === | |||
Menjalankan job dengan tampilan GUI via web EFIRO. | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|'''1''' | |'''1''' | ||
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | |Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al= | [[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]] | ||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>''' | |Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>''' | ||
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px | [[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]] | ||
|- | |- | ||
|'''3''' | |'''3''' | ||
| | | | ||
==='''Memilih Template COMCOT'''=== | ==='''Memilih Template COMCOT'''=== | ||
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>. | [[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]] | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Template COMCOT | |+Template COMCOT | ||
Baris 36: | Baris 167: | ||
|COMCOT 1.7 (CPU) | |COMCOT 1.7 (CPU) | ||
|Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU | |Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
|'''4''' | |||
| | | | ||
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''=== | ==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''=== | ||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | ||
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | *Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | ||
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | **Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | ||
**''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.'' | |||
|- | |- | ||
|'''5A''' | |'''5A''' | ||
| | | | ||
==='''Melengkapi Submit Script Template'''=== | ==='''Melengkapi Submit Script Template'''=== | ||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px | [[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]] | ||
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | ||
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.''''' | *'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.''''' | ||
{| class="wikitable" | |||
|+Panduan singkat mengisi SBATCH | |||
Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]] | |||
!Parameter | |||
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup> | |||
!Nilai maksimal untuk COMCOT | |||
|- | |- | ||
|'' | |ntasks | ||
| | |128 | ||
== | |128 | ||
[[ | |- | ||
|mem | |||
|128GB | |||
|500GB<sup>''2''</sup> | |||
|- | |||
|time | |||
| colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00 | |||
|- | |||
| colspan="3" |Note: | |||
# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | |||
# User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | |||
|} | |||
|- | |- | ||
| rowspan="3" |'''6''' | | rowspan="3" |'''6''' | ||
Baris 68: | Baris 213: | ||
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | ||
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px | [[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]] | ||
|- | |- | ||
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':''' | |Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':''' | ||
Baris 96: | Baris 241: | ||
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''. | Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''. | ||
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px | [[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]] | ||
|- | |- | ||
|'''7A''' | |'''7A''' | ||
| | | | ||
==='''Melihat hasil job yang selesai'''=== | ==='''Melihat hasil job yang selesai'''=== | ||
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[ | Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]] | ||
|- | |- | ||
|'''7B''' | |'''7B''' |
Revisi per 6 Oktober 2023 03.25
COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.
Modul COMCOT
Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
1.7 | comcot/1.7cpu | V | V | - | - | - |
Menjalankan COMCOT
User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi:
Terminal - SLURM sbatch
Menjalankan job di terminal.
Langkah Menjalankan Job via SLURM sbatch | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login ke terminal dengan SSH:
| |||||||||||||||
2 | Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
| |||||||||||||||
3 | Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut:
#!/bin/bash # ------------------------------------------------------------------------ # | Template SLURM Submit Script # | Software : COMCOT (CPU) # | Versi : 1.7 # | Update script : 06/10/2023 # | # | NOTES: # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang # | sekiranya perlu diubah. # | # | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) lihat: # | https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer # ------------------------------------------------------------------------ # -------------------------------------------------- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input # -------------------------------------------------- # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job. Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Memuat modul COMCOT CPU versi 1.7 module load comcot/1.7cpu # ------------------------------------------------- # RUN SCRIPT # ------------------------------------------------- # Perintah menjakankan COMCOT comcot
| |||||||||||||||
4 | Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ sbatch <nama-SLURM-script> Contoh menjalankan nama script slurmcomcot.sh. Perhatikan user mendapatkan nomor Job ID $ sbatch slurmcomcot.sh Submitted batch job 231 | |||||||||||||||
5A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER.
$ squeue -ul $USER | |||||||||||||||
5B | Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
GUI Web - EFIRO Job Composer
Menjalankan job dengan tampilan GUI via web EFIRO.
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||||||
3 |
Memilih Template COMCOT
| |||||||||||||||
4 |
Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job
| |||||||||||||||
5A |
Melengkapi Submit Script TemplateMelalui
| |||||||||||||||
6 |
Menjalankan JobJalankan job dengan klik tombol | |||||||||||||||
Berikut penjelasan kolom Status , pantau dengan refresh halaman job:
| ||||||||||||||||
Stop atau Cancel JobUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | ||||||||||||||||
7A |
Melihat hasil job yang selesaiHasil output job dapat dilihat pada kolomFolder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||||||
7B |
Submit Ulang JobUser dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol |