COMCOT: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Terminal - SLURM sbatch: tes format) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Terminal - SLURM sbatch: tes format) |
||
Baris 49: | Baris 49: | ||
|Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu semacam formulir untuk menjalankan job dengan panduan berikut: | |Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu semacam formulir untuk menjalankan job dengan panduan berikut: | ||
* Nama script dibebaskan, contoh <code> | * Nama script dibebaskan, contoh <code>slurmcomcot.sh</code> | ||
* Ikuti petunjuk pada NOTES. | * Ikuti petunjuk pada NOTES. | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
| | ! colspan="3" |Panduan singkat mengisi SBATCH''<sup>1</sup>'' | ||
|- | |||
!Parameter | !Parameter | ||
!Nilai | !Nilai maks Fair policy usage''<sup>2</sup>'' | ||
!Nilai maks untuk COMCOT | |||
!Nilai | |||
untuk COMCOT | |||
|- | |- | ||
|ntasks | |ntasks | ||
Baris 65: | Baris 64: | ||
|mem | |mem | ||
|128GB | |128GB | ||
|500GB<sup> | |500GB''<sup>3</sup>'' | ||
|- | |- | ||
|time | |time | ||
| colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00 | | colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00 | ||
|} | |} | ||
Note: | '''Note:''' | ||
# Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] | |||
# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | # Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | ||
# User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | # User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | ||
Baris 197: | Baris 197: | ||
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]] | |[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]] | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
| | ! colspan="2" |Template COMCOT yang tersedia | ||
|- | |||
!Nama Template | !Nama Template | ||
!Penjelasan | !Penjelasan | ||
Baris 217: | Baris 218: | ||
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | ||
* | *''Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.'' | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
| | ! colspan="3" |Panduan singkat mengisi SBATCH''<sup>1</sup>'' | ||
|- | |||
!Parameter | !Parameter | ||
!Nilai | !Nilai maks Fair policy usage''<sup>2</sup>'' | ||
!Nilai | !Nilai maks untuk COMCOT | ||
|- | |- | ||
|ntasks | |ntasks | ||
Baris 230: | Baris 232: | ||
|mem | |mem | ||
|128GB | |128GB | ||
|500GB<sup> | |500GB''<sup>3</sup>'' | ||
|- | |- | ||
|time | |time | ||
| colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00 | | colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00 | ||
| | |} | ||
'''Note:''' | |||
# Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] | |||
# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | # Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | ||
# User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | # User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | ||
|- | |- | ||
|'''6A''' | |'''6A''' |
Revisi per 6 Oktober 2023 04.08
COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.
Modul COMCOT
Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
1.7 | comcot/1.7cpu | V | V | - | - | - |
Menjalankan COMCOT
User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi:
Terminal - SLURM sbatch
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Tutorial ini mengasumsikan user dapat menggunakan terminal Linux.
Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. Apabila sudah terhubung, user login dengan SSH:
| |||||||||||||||||||||
1 | Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
| |||||||||||||||||||||
2 | Buat SLURM Submit Script yaitu semacam formulir untuk menjalankan job dengan panduan berikut:
Note:
#!/bin/bash # ------------------------------------------------------------------------ # | Template SLURM Submit Script # | Software : COMCOT (CPU) # | Versi : 1.7 # | Update script : 06/10/2023 # | # | NOTES: # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang # | sekiranya perlu diubah. # | # | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) lihat: # | https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer # ------------------------------------------------------------------------ # -------------------------------------------------- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input # -------------------------------------------------- # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job. Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Memuat modul COMCOT CPU versi 1.7 module load comcot/1.7cpu # ------------------------------------------------- # RUN SCRIPT # ------------------------------------------------- # Perintah menjakankan COMCOT comcot | |||||||||||||||||||||
3 | Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script $ sbatch slurmcomcot.sh | |||||||||||||||||||||
4A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue dengan flag -ul $USER.
$ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE atau ST dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
| |||||||||||||||||||||
4B | Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
GUI Web - EFIRO Job Composer
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. Apabila sudah terhubung:
| |||||||||||||||
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||
4 |
| |||||||||||||||
5 |
Melalui
Note:
| |||||||||||||||
6A |
Jalankan job dengan klik tombol Berikut penjelasan kolom
| |||||||||||||||
6B |
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | |||||||||||||||
7A |
Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||||||
7B |
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol |
Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.
Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> #SBATCH --mail-type=begin #SBATCH --mail-type=end
- mail-user
- Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
- mail-type=begin
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
- mail-type=end
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
- Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.