COMCOT: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
Tidak ada ringkasan suntingan
(tutorial COMCOT berdasarkan EFIRO)
Baris 1: Baris 1:
== Software COMCOT ==
[https://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.512.84&rep=rep1&type=pdf '''COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid)'''] adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode ''Shallow Water Equations''.  
[https://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.512.84&rep=rep1&type=pdf '''COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid)'''] adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode ''Shallow Water Equations''.  


== Versi yang Tersedia ==
== '''Versi yang Tersedia''' ==
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! Versi
! Versi
! Nama Modul
!Dukungan MPI
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
!Partisi
|-
|-
|1.7
|1.7
|comcot/1.7cpu
| -
|CPU, parallel single-node
|CPU, single-node
|epyc
|-
|-
|1.7
|1.7
|comcot/1.7gpu
| -
|GPU, single-node
|GPU, single-node
|gpu_ampere
|}
|}
=='''Menjalankan COMCOT'''==
User menjalankan COMCOT pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer


== Contoh SLURM Submission Script ==
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
User harus menggunakan [[Scheduler SLURM Aleleon|Scheduler SLURM]] untuk menjalankan komputasi COMCOT di Compute Node. COMCOT membutuhkan file input berupa comcot.ctl di direktori yang sama dengan SLURM Submission Script.


==== COMCOT (CPU) ====
---
Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.
===1. Memilih template COMCOT===
#!/bin/bash
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
* Pilih template COMCOT yang dibutuhkan.
#SBATCH --ntasks=64
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
#SBATCH --mem=128GB
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.err
# MODULE
module load comcot/1.7cpu
# RUN COMMAND
comcot


==== COMCOT (GPU) ====
---
Contoh menggunakan 64 core CPU, RAM 64GB, dan 1 unit GPU.
 
#!/bin/bash
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
{| class="wikitable"
# Total GPU yang digunakan ada di argumen --gres=gpu:<jumlah_GPU>
|+Template COMCOT yang tersedia
#SBATCH --partition=gpu_ampere
!Nama Template
#SBATCH --ntasks=64
!Penjelasan
#SBATCH --mem=64GB
|-
#SBATCH --gres=gpu:1
|COMCOT 1.7 (CPU)
#SBATCH --time=10:00:00
|Template standar COMCOT 1.7 versi CPU
#SBATCH --output=result-%j.out
|-
#SBATCH --error=result-%j.err
|COMCOT 1.7 (GPU)
|Template standar COMCOT 1.7 versi GPU
# MODULE
|}---
module load comcot/1.7gpu
===2. Mempersiapkan file input COMCOT===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
# RUN COMMAND
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input COMCOT''' melalui menu '''Edit Files.'''
comcot
* Fitur upload di halaman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-comcot.sh.'''
---
===3. Melengkapi Submit Script Template===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program COMCOT dapat berjalan:
**Parameter SBATCH.
*Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
 
[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
 
---
===4. Menjalankan Job===
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
{| class="wikitable"
!Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
---
===5. Melihat hasil job yang selesai===
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
 
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nirbing|399x399px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png]]
 
---
===6. Submit ulang job===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Revisi per 21 Februari 2022 11.46

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
1.7 - CPU, single-node
1.7 - GPU, single-node

Menjalankan COMCOT

User menjalankan COMCOT pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

---

1. Memilih template COMCOT

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template COMCOT yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Template COMCOT yang tersedia
Nama Template Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU) Template standar COMCOT 1.7 versi CPU
COMCOT 1.7 (GPU) Template standar COMCOT 1.7 versi GPU

---

2. Mempersiapkan file input COMCOT

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input COMCOT melalui menu Edit Files.
  • Fitur upload di halaman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
  • Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-comcot.sh.

---

3. Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program COMCOT dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH.
  • Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

4. Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

  • User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
  • Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

5. Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

---

6. Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=COMCOT&oldid=622"