COMCOT: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
Tidak ada ringkasan suntingan
(reformat)
(1 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
== Software COMCOT ==
[https://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.512.84&rep=rep1&type=pdf '''COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid)'''] adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode ''Shallow Water Equations''.  
[https://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.512.84&rep=rep1&type=pdf '''COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid)'''] adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode ''Shallow Water Equations''.  


== Versi yang Tersedia ==
== '''Versi yang Tersedia''' ==
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! Versi
! Versi
! Nama Modul
!Dukungan MPI
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
!Partisi
|-
|-
|1.7
|1.7
|comcot/1.7cpu
| -
|CPU, parallel single-node
|CPU, single-node
|epyc
|-
|-
|1.7
|1.7
|comcot/1.7gpu
| -
|GPU, single-node
|GPU, single-node
|gpu_ampere
|}
|}
=='''Menjalankan Comcot di Job Composer'''==
{| class="wikitable"
|'''1'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
|-
|'''2'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
|-
|'''3'''
|
==='''Memilih Template COMCOT'''===
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
{| class="wikitable"
|+Template COMCOT
!Nama Template
!Penjelasan
|-
|COMCOT 1.7 (CPU)
|Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
|-
|COMCOT 1.7 (GPU)
|Menjalankan COMCOT 1.7 versi GPU
|}
|-
| rowspan="2" |'''4'''
|
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
|-
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|'''5A'''
|
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]


== Contoh SLURM Submission Script ==
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
User harus menggunakan [[Scheduler SLURM Aleleon|Scheduler SLURM]] untuk menjalankan komputasi COMCOT di Compute Node. COMCOT membutuhkan file input berupa comcot.ctl di direktori yang sama dengan SLURM Submission Script.
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
|-
|'''5B'''
|
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''===
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
|-
| rowspan="3" |'''6'''
|
==='''Menjalankan Job'''===
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.


==== COMCOT (CPU) ====
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.
|-
#!/bin/bash
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
#SBATCH --ntasks=64
!Status
#SBATCH --mem=128GB
!Arti
#SBATCH --time=10:00:00
|-
#SBATCH --output=result-%j.out
| Not Submitted
#SBATCH --error=result-%j.err
|Job belum pernah dijalankan.
|-
# MODULE
|Running
module load comcot/1.7cpu
|Job berjalan.
|-
# RUN COMMAND
|Queue
comcot
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|-
|
===Stop atau Cancel Job===
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.


==== COMCOT (GPU) ====
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Stop.png]]
Contoh menggunakan 64 core CPU, RAM 64GB, dan 1 unit GPU.
|-
#!/bin/bash
|'''7A'''
|
# Total GPU yang digunakan ada di argumen --gres=gpu:<jumlah_GPU>
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
#SBATCH --partition=gpu_ampere
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
#SBATCH --ntasks=64
|-
#SBATCH --mem=64GB
|'''7B'''
#SBATCH --gres=gpu:1
|
#SBATCH --time=10:00:00
==='''Submit Ulang Job'''===
#SBATCH --output=result-%j.out
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
#SBATCH --error=result-%j.err
|}
# MODULE
module load comcot/1.7gpu
# RUN COMMAND
comcot

Revisi per 25 Maret 2022 11.47

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
1.7 - CPU, single-node
1.7 - GPU, single-node

Menjalankan Comcot di Job Composer

1 Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3

Memilih Template COMCOT

Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.
Template COMCOT
Nama Template Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU) Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
COMCOT 1.7 (GPU) Menjalankan COMCOT 1.7 versi GPU
4

Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job

Jcjoboption3.png

  • Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.
    • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5A

Melengkapi Submit Script Template

Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).

  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.
5B

Panduan lengkap mengisi Submit Script:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

6

Menjalankan Job

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Stop atau Cancel Job

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

7A

Melihat hasil job yang selesai

Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.
7B

Submit Ulang Job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.