COMCOT: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(tutorial COMCOT berdasarkan EFIRO)
(reformat)
Baris 15: Baris 15:
|GPU, single-node
|GPU, single-node
|}
|}
=='''Menjalankan COMCOT'''==
=='''Menjalankan Comcot di Job Composer'''==
User menjalankan COMCOT pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
{| class="wikitable"
 
|'''1'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
 
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
---
|-
===1. Memilih template COMCOT===
|'''2'''
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
* Pilih template COMCOT yang dibutuhkan.
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
|-
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
|'''3'''
 
|
---
==='''Memilih Template COMCOT'''===
 
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template COMCOT yang tersedia
|+Template COMCOT
!Nama Template
!Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|COMCOT 1.7 (CPU)
|COMCOT 1.7 (CPU)
|Template standar COMCOT 1.7 versi CPU
|Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
|-
|-
|COMCOT 1.7 (GPU)
|COMCOT 1.7 (GPU)
|Template standar COMCOT 1.7 versi GPU
|Menjalankan COMCOT 1.7 versi GPU
|}---
|}
===2. Mempersiapkan file input COMCOT===
|-
| rowspan="2" |'''4'''
|
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input COMCOT''' melalui menu '''Edit Files.'''
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
* Fitur upload di halaman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-comcot.sh.'''
|-
---
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
===3. Melengkapi Submit Script Template===
|-
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
|'''5A'''
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program COMCOT dapat berjalan:
|
**Parameter SBATCH.
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
*Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]


[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
 
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
---
|-
===4. Menjalankan Job===
|'''5B'''
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
|
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''===
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
|-
| rowspan="3" |'''6'''
|
==='''Menjalankan Job'''===
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
|-
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Status
!Status
!Arti
!Arti
|-
|-
|Not Submitted
| Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|-
Baris 82: Baris 91:
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|}
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
|-
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
|
---
===Stop atau Cancel Job===
===5. Melihat hasil job yang selesai===
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''


[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nirbing|399x399px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png]]
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Stop.png]]
 
|-
---
|'''7A'''
===6. Submit ulang job===
|
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
|-
|'''7B'''
|
==='''Submit Ulang Job'''===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
|}

Revisi per 25 Maret 2022 11.47

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
1.7 - CPU, single-node
1.7 - GPU, single-node

Menjalankan Comcot di Job Composer

1 Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3

Memilih Template COMCOT

Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.
Template COMCOT
Nama Template Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU) Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
COMCOT 1.7 (GPU) Menjalankan COMCOT 1.7 versi GPU
4

Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job

Jcjoboption3.png

  • Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.
    • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5A

Melengkapi Submit Script Template

Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).

  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.
5B

Panduan lengkap mengisi Submit Script:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

6

Menjalankan Job

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Stop atau Cancel Job

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

7A

Melihat hasil job yang selesai

Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.
7B

Submit Ulang Job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.