COMCOT: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (test format) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (test format) |
||
Baris 30: | Baris 30: | ||
=== Terminal - SLURM sbatch === | === Terminal - SLURM sbatch === | ||
Menjalankan job | Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="2" |Langkah Menjalankan | ! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''0''' | ||
|Login ke terminal dengan SSH: | |Login ke terminal dengan SSH: | ||
Baris 40: | Baris 40: | ||
* User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code> | * User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code> | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''1''' | ||
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user. | |Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user. | ||
Baris 46: | Baris 46: | ||
* Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri. | * Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri. | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''2''' | ||
|Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut: | |Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut: | ||
Baris 98: | Baris 98: | ||
comcot | comcot | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Panduan singkat mengisi SBATCH | |+Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]] | ||
Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]] | |||
!Parameter | !Parameter | ||
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup> | !Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup> | ||
Baris 121: | Baris 120: | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''3''' | ||
|Jalankan job dengan perintah sbatch. | |Jalankan job dengan perintah sbatch. | ||
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-script>''''' | $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-script>''''' | ||
Baris 128: | Baris 127: | ||
Submitted batch job 231 | Submitted batch job 231 | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''4A''' | ||
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER. | |User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER. | ||
Baris 135: | Baris 134: | ||
$ '''squeue -ul $USER''' | $ '''squeue -ul $USER''' | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''4B''' | ||
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID. | |Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID. | ||
Baris 146: | Baris 145: | ||
=== GUI Web - EFIRO Job Composer === | === GUI Web - EFIRO Job Composer === | ||
Menjalankan | Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer | |||
|- | |||
|'''0''' | |||
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. Apabila sudah terhubung ke VPN ALELEON, lakukan tahap berikut: | |||
* Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user. | |||
** Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code> | |||
|- | |||
|'''1''' | |'''1''' | ||
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | |Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | ||
Baris 157: | Baris 164: | ||
|- | |- | ||
|'''3''' | |'''3''' | ||
| | |[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]] | ||
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]] | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Template COMCOT | |+Template COMCOT | ||
Baris 171: | Baris 176: | ||
|'''4''' | |'''4''' | ||
| | | | ||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | ||
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | *Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | ||
Baris 179: | Baris 183: | ||
|'''5A''' | |'''5A''' | ||
| | | | ||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]] | [[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]] | ||
Baris 185: | Baris 188: | ||
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.''''' | *'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.''''' | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Panduan singkat mengisi SBATCH | |+Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]] | ||
Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]] | |||
!Parameter | !Parameter | ||
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup> | !Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup> | ||
Baris 210: | Baris 212: | ||
| rowspan="3" |'''6''' | | rowspan="3" |'''6''' | ||
| | | | ||
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | ||
Baris 238: | Baris 239: | ||
|- | |- | ||
| | | | ||
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''. | Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''. | ||
Baris 245: | Baris 245: | ||
|'''7A''' | |'''7A''' | ||
| | | | ||
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]] | Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]] | ||
|- | |- | ||
|'''7B''' | |'''7B''' | ||
| | | | ||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''. | User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''. | ||
|} | |} |
Revisi per 6 Oktober 2023 03.35
COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.
Modul COMCOT
Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
1.7 | comcot/1.7cpu | V | V | - | - | - |
Menjalankan COMCOT
User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi:
Terminal - SLURM sbatch
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch.
Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Login ke terminal dengan SSH:
| |||||||||||||||
1 | Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
| |||||||||||||||
2 | Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut:
#!/bin/bash # ------------------------------------------------------------------------ # | Template SLURM Submit Script # | Software : COMCOT (CPU) # | Versi : 1.7 # | Update script : 06/10/2023 # | # | NOTES: # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang # | sekiranya perlu diubah. # | # | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) lihat: # | https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer # ------------------------------------------------------------------------ # -------------------------------------------------- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input # -------------------------------------------------- # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job. Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Memuat modul COMCOT CPU versi 1.7 module load comcot/1.7cpu # ------------------------------------------------- # RUN SCRIPT # ------------------------------------------------- # Perintah menjakankan COMCOT comcot
| |||||||||||||||
3 | Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ sbatch <nama-SLURM-script> Contoh menjalankan nama script slurmcomcot.sh. Perhatikan user mendapatkan nomor Job ID $ sbatch slurmcomcot.sh Submitted batch job 231 | |||||||||||||||
4A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER.
$ squeue -ul $USER | |||||||||||||||
4B | Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
GUI Web - EFIRO Job Composer
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. Apabila sudah terhubung ke VPN ALELEON, lakukan tahap berikut:
| |||||||||||||||
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||
4 |
| |||||||||||||||
5A |
Melalui
| |||||||||||||||
6 |
Jalankan job dengan klik tombol | |||||||||||||||
Berikut penjelasan kolom Status , pantau dengan refresh halaman job:
| ||||||||||||||||
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | ||||||||||||||||
7A |
Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||||||
7B |
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol |