COMCOT: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→GUI Web - EFIRO Job Composer: menambah gambar) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Terminal - SLURM sbatch: ganti gambar terminal) |
||
Baris 30: | Baris 30: | ||
=== Terminal - SLURM sbatch === | === Terminal - SLURM sbatch === | ||
[[Berkas:Terminal.png|nirbing| | [[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]] | ||
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Tutorial ini mengasumsikan user dapat menggunakan terminal Linux. | Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Tutorial ini mengasumsikan user dapat menggunakan terminal Linux. | ||
Baris 37: | Baris 37: | ||
|- | |- | ||
|'''0''' | |'''0''' | ||
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. Apabila sudah terhubung, | |Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. Apabila sudah terhubung, login dengan SSH: | ||
* User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code> | * User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code> | ||
Baris 204: | Baris 204: | ||
|- | |- | ||
|'''3''' | |'''3''' | ||
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]] | |[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|400x400px]] | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="2" |Template COMCOT yang tersedia | ! colspan="2" |Template COMCOT yang tersedia |
Revisi per 6 Oktober 2023 09.19
COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.
Modul COMCOT
Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
1.7 | comcot/1.7cpu | V | V | - | - | - |
Menjalankan COMCOT
User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi:
Terminal - SLURM sbatch
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Tutorial ini mengasumsikan user dapat menggunakan terminal Linux.
Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. Apabila sudah terhubung, login dengan SSH:
| |||||||||||||||||||||
1 | Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
| |||||||||||||||||||||
2 | Buat SLURM Submit Script yaitu semacam formulir untuk menjalankan job dengan panduan berikut:
Note:
| |||||||||||||||||||||
3 | Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script $ sbatch slurmcomcot.sh | |||||||||||||||||||||
4A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue dengan flag -ul $USER.
$ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE atau ST dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
| |||||||||||||||||||||
4B | Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
GUI Web - EFIRO Job Composer
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. Apabila sudah terhubung:
| |||||||||||||||
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||
4 |
| |||||||||||||||
5 |
Melalui
Note:
| |||||||||||||||
6A |
Jalankan job dengan klik tombol Berikut penjelasan kolom
| |||||||||||||||
6B |
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | |||||||||||||||
7A |
Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||||||
7B |
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol |
Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.
Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> #SBATCH --mail-type=begin #SBATCH --mail-type=end
- mail-user
- Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
- mail-type=begin
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
- mail-type=end
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
- Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.