COMCOT: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Terminal - SLURM sbatch: paraphrasing) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (paraphrasing dan menambah support) |
||
Baris 26: | Baris 26: | ||
|} | |} | ||
== '''Menjalankan COMCOT''' == | == '''Menjalankan COMCOT di Compute Node''' == | ||
User dapat menjalankan | User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO. | ||
=== Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan === | |||
User dengan akun perseorangan disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan job submission dengan menjalankan perintah pada terminal: | |||
$ '''sausage''' | |||
Bagi yang login ke web EFIRO, buka terminal pada menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>''' | |||
=== Terminal - SLURM sbatch === | === Terminal - SLURM sbatch === | ||
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]] | [[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]] | ||
Menjalankan komputasi | Menjalankan komputasi dengan tampilan terminal melalui job submission SLURM sbatch. | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch | ! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch | ||
Baris 52: | Baris 57: | ||
|Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job dengan panduan berikut: | |Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job dengan panduan berikut: | ||
* Nama script dibebaskan, contoh <code>slurmcomcot.sh</code> | * Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh <code>slurmcomcot.sh</code> | ||
* Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan. | |||
* Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya. | * Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya. | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
Baris 67: | Baris 73: | ||
|mem | |mem | ||
|128GB | |128GB | ||
|500GB''<sup>3</sup>'' | |500GB''<sup>'''3'''</sup>'' | ||
|- | |- | ||
|time | |time | ||
Baris 206: | Baris 212: | ||
|- | |- | ||
|'''3''' | |'''3''' | ||
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang | |[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang diinginkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|400x400px]] | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="2" |Template COMCOT yang tersedia | ! colspan="2" |Template COMCOT yang tersedia | ||
Baris 221: | Baris 227: | ||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | ||
Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file komputasi yang dibutuhkan'''.''' | ||
*Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | *Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | ||
*''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''.'' | *''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''.'' | ||
Baris 246: | Baris 252: | ||
|mem | |mem | ||
|128GB | |128GB | ||
|500GB''<sup>3</sup>'' | |500GB''<sup>'''3'''</sup>'' | ||
|- | |- | ||
|time | |time | ||
Baris 299: | Baris 305: | ||
|} | |} | ||
== '''Notifikasi Status Jalannya | == '''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email''' == | ||
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user | SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: | ||
Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: | |||
#SBATCH --mail-user='''<''alamat-email-user''>''' | #SBATCH --mail-user='''<''alamat-email-user''>''' | ||
#SBATCH --mail-type=begin | #SBATCH --mail-type=begin | ||
#SBATCH --mail-type=end | #SBATCH --mail-type=end | ||
Keterangan: | |||
* '''mail-user''' | * '''mail-user''' | ||
** Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM | ** Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM | ||
Baris 314: | Baris 318: | ||
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai. | ** Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai. | ||
** Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user. | ** Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user. | ||
== '''Pelaporan Kendala dan Support''' == | |||
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi COMCOT, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini. | |||
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]] | |||
--- | |||
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: | |||
'''support@efisonlt.com''' |
Revisi per 9 Oktober 2023 10.24
COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.
Modul COMCOT
Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
1.7 | comcot/1.7cpu | V | V | - | - | - |
Menjalankan COMCOT di Compute Node
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.
Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan
User dengan akun perseorangan disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan job submission dengan menjalankan perintah pada terminal:
$ sausage
Bagi yang login ke web EFIRO, buka terminal pada menu Clusters
> Aleleon Shell Access
Terminal - SLURM sbatch
Menjalankan komputasi dengan tampilan terminal melalui job submission SLURM sbatch.
Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||
Login dengan SSH:
| ||||||||||||||||||||||
1 | Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
| |||||||||||||||||||||
2 | Buat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job dengan panduan berikut:
Note:
| |||||||||||||||||||||
3 | Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script $ sbatch slurmcomcot.sh | |||||||||||||||||||||
4A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
$ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
| |||||||||||||||||||||
4B | Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
GUI Web - EFIRO Job Composer
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||
Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
| ||||||||||||||||
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||
4 |
Gunakan menu
| |||||||||||||||
5 |
Melalui
Note:
| |||||||||||||||
6A |
Jalankan job dengan klik tombol Berikut penjelasan kolom
| |||||||||||||||
6B |
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | |||||||||||||||
7A |
Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||||||
7B |
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol |
Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> #SBATCH --mail-type=begin #SBATCH --mail-type=end
Keterangan:
- mail-user
- Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
- mail-type=begin
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
- mail-type=end
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
- Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.
Pelaporan Kendala dan Support
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi COMCOT, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
---
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com