COMCOT: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(reformat)
(test format)
Baris 1: Baris 1:
[https://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.512.84&rep=rep1&type=pdf '''COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid)'''] adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode ''Shallow Water Equations''.  
[https://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.512.84&rep=rep1&type=pdf '''COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid)'''] adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode ''Shallow Water Equations''.  


== '''Versi yang Tersedia''' ==
== '''Modul COMCOT''' ==
Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! Versi
! rowspan="2" |Versi
!Dukungan MPI
! rowspan="2" |Nama modul
!Dukungan Hardware
! rowspan="2" |Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
!CPU
!GPU
!OMP
Threading
!MPI
multi-node
|-
|-
|1.7
|1.7
|comcot/1.7cpu
|V
|V
| -
| -
| -
| -
|CPU, single-node
|}
 
== '''Menjalankan COMCOT''' ==
User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi:
 
=== Terminal - SLURM sbatch ===
Menjalankan job di terminal.
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan Job via SLURM sbatch
|-
|'''1'''
|Login ke terminal dengan SSH:
 
* User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code>
* User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code>
|-
|-
|1.7
|'''2'''
| -
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
|GPU, single-node
 
* [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']] seperti FileZilla, WinSCP, dan lainnya.
* Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri.
|-
|'''3'''
|Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut:
 
* Nama script dibebaskan, contoh <code>'''slurmcomcot.sh'''</code>
* Ikuti petunjuk dari NOTES.
 
#!/bin/bash
# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : COMCOT (CPU)
# | Versi          : 1.7
# | Update script  : 06/10/2023
# |
# | NOTES:
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang
# |    sekiranya perlu diubah.
# |
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) lihat:
# |    <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki>
# ------------------------------------------------------------------------
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job. Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Memuat modul COMCOT CPU versi 1.7
module load comcot/1.7cpu
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
# Perintah menjakankan COMCOT
comcot
{| class="wikitable"
|+Panduan singkat mengisi SBATCH
Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]]
!Parameter
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup>
!Nilai maksimal untuk COMCOT
|-
|ntasks
|128
|128
|-
|mem
|128GB
|500GB<sup>''2''</sup>
|-
|time
| colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00
|-
| colspan="3" |Note:
 
# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|}
|-
|'''4'''
|Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-script>'''''
Contoh menjalankan nama script slurmcomcot.sh. Perhatikan user mendapatkan nomor Job ID
$ sbatch slurmcomcot.sh
Submitted batch job 231
|-
|'''5A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER.
 
* Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
 
$ '''squeue -ul $USER'''
|-
|'''5B'''
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
 
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
 
$ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
$ scancel 231
|}
|}
=='''Menjalankan Comcot di Job Composer'''==
 
=== GUI Web - EFIRO Job Composer ===
Menjalankan job dengan tampilan GUI via web EFIRO.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|'''1'''
|'''1'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]]
|-
|-
|'''2'''
|'''2'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]]
|-
|-
|'''3'''
|'''3'''
|
|
==='''Memilih Template COMCOT'''===
==='''Memilih Template COMCOT'''===
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template COMCOT
|+Template COMCOT
Baris 36: Baris 167:
|COMCOT 1.7 (CPU)
|COMCOT 1.7 (CPU)
|Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
|Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
|-
|COMCOT 1.7 (GPU)
|Menjalankan COMCOT 1.7 versi GPU
|}
|}
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
|'''4'''
|
|
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
|-
**''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|-
|'''5A'''
|'''5A'''
|
|
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]


Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
{| class="wikitable"
|+Panduan singkat mengisi SBATCH
Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]]
!Parameter
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup>
!Nilai maksimal untuk COMCOT
|-
|-
|'''5B'''
|ntasks
|
|128
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''===
|128
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
|-
|mem
|128GB
|500GB<sup>''2''</sup>
|-
|time
| colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00
|-
| colspan="3" |Note:
 
# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|}
|-
|-
| rowspan="3" |'''6'''
| rowspan="3" |'''6'''
Baris 68: Baris 213:
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
|-
|-
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
Baris 96: Baris 241:
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.


[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Stop.png]]
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|-
|'''7A'''
|'''7A'''
|
|
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
|-
|-
|'''7B'''
|'''7B'''

Revisi per 6 Oktober 2023 03.25

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Modul COMCOT

Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

1.7 comcot/1.7cpu V V - - -

Menjalankan COMCOT

User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi:

Terminal - SLURM sbatch

Menjalankan job di terminal.

Langkah Menjalankan Job via SLURM sbatch
1 Login ke terminal dengan SSH:
  • User OS Windows dan MacOS -> $ ssh <username>@aleleon.hpc
  • User OS Linux -> $ ssh <username>@10.192.50.10
2 Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
3 Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut:
  • Nama script dibebaskan, contoh slurmcomcot.sh
  • Ikuti petunjuk dari NOTES.
#!/bin/bash

# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : COMCOT (CPU)
# | Versi           : 1.7
# | Update script   : 06/10/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang 
# |    sekiranya perlu diubah.
# |
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer
# ------------------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job. Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul COMCOT CPU versi 1.7
module load comcot/1.7cpu

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Perintah menjakankan COMCOT
comcot
Panduan singkat mengisi SBATCH Info detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
Parameter Nilai maksimal untuk fair policy usage1 Nilai maksimal untuk COMCOT
ntasks 128 128
mem 128GB 500GB2
time 3-00:00:00 atau 72:00:00
Note:
  1. Info limitasi fair policy usage lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer
  2. User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
4 Jalankan job dengan perintah sbatch. 
$ sbatch <nama-SLURM-script>

Contoh menjalankan nama script slurmcomcot.sh. Perhatikan user mendapatkan nomor Job ID 

$ sbatch slurmcomcot.sh
Submitted batch job 231
5A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER.
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER
5B Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. 

$ scancel 231

GUI Web - EFIRO Job Composer

Menjalankan job dengan tampilan GUI via web EFIRO.

1 Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3

Memilih Template COMCOT

Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.
Template COMCOT
Nama Template Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU) Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
4

Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job

Jcjoboption3.png

  • Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.
    • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
    • Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5A

Melengkapi Submit Script Template

Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).

  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.
Panduan singkat mengisi SBATCH Info detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
Parameter Nilai maksimal untuk fair policy usage1 Nilai maksimal untuk COMCOT
ntasks 128 128
mem 128GB 500GB2
time 3-00:00:00 atau 72:00:00
Note:
  1. Info limitasi fair policy usage lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer
  2. User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
6

Menjalankan Job

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Stop atau Cancel Job

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

7A

Melihat hasil job yang selesai

Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.
7B

Submit Ulang Job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=COMCOT&oldid=1137"