COMCOT: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(test format)
(test format)
Baris 30: Baris 30:


=== Terminal - SLURM sbatch ===
=== Terminal - SLURM sbatch ===
Menjalankan job di terminal.
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan Job via SLURM sbatch
! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch
|-
|-
|'''1'''
|'''0'''
|Login ke terminal dengan SSH:  
|Login ke terminal dengan SSH:  


Baris 40: Baris 40:
* User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code>
* User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code>
|-
|-
|'''2'''
|'''1'''
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.


Baris 46: Baris 46:
* Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri.
* Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri.
|-
|-
|'''3'''
|'''2'''
|Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut:  
|Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut:  


Baris 98: Baris 98:
  comcot
  comcot
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Panduan singkat mengisi SBATCH  
|+Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]]
Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]]
!Parameter
!Parameter
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup>
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup>
Baris 121: Baris 120:
|}
|}
|-
|-
|'''4'''
|'''3'''
|Jalankan job dengan perintah sbatch.
|Jalankan job dengan perintah sbatch.
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-script>'''''
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-script>'''''
Baris 128: Baris 127:
  Submitted batch job 231
  Submitted batch job 231
|-
|-
|'''5A'''
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER.  
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER.  


Baris 135: Baris 134:
  $ '''squeue -ul $USER'''
  $ '''squeue -ul $USER'''
|-
|-
|'''5B'''
|'''4B'''
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.


Baris 146: Baris 145:


=== GUI Web - EFIRO Job Composer ===
=== GUI Web - EFIRO Job Composer ===
Menjalankan job dengan tampilan GUI via web EFIRO.
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer
|-
|'''0'''
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. Apabila sudah terhubung ke VPN ALELEON, lakukan tahap berikut:
* Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user.
** Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|'''1'''
|'''1'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
Baris 157: Baris 164:
|-
|-
|'''3'''
|'''3'''
|
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]]
==='''Memilih Template COMCOT'''===
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template COMCOT
|+Template COMCOT
Baris 171: Baris 176:
|'''4'''
|'''4'''
|
|
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
Baris 179: Baris 183:
|'''5A'''
|'''5A'''
|
|
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]


Baris 185: Baris 188:
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Panduan singkat mengisi SBATCH  
|+Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]]
Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]]
!Parameter
!Parameter
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup>
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup>
Baris 210: Baris 212:
| rowspan="3" |'''6'''
| rowspan="3" |'''6'''
|
|
==='''Menjalankan Job'''===
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.


Baris 238: Baris 239:
|-
|-
|
|
===Stop atau Cancel Job===
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.


Baris 245: Baris 245:
|'''7A'''
|'''7A'''
|
|
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
|-
|-
|'''7B'''
|'''7B'''
|
|
==='''Submit Ulang Job'''===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
|}
|}

Revisi per 6 Oktober 2023 03.35

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Modul COMCOT

Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

1.7 comcot/1.7cpu V V - - -

Menjalankan COMCOT

User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi:

Terminal - SLURM sbatch

Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch.

Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch
0 Login ke terminal dengan SSH:
  • User OS Windows dan MacOS -> $ ssh <username>@aleleon.hpc
  • User OS Linux -> $ ssh <username>@10.192.50.10
1 Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
2 Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut:
  • Nama script dibebaskan, contoh slurmcomcot.sh
  • Ikuti petunjuk dari NOTES.
#!/bin/bash

# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : COMCOT (CPU)
# | Versi           : 1.7
# | Update script   : 06/10/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang 
# |    sekiranya perlu diubah.
# |
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer
# ------------------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job. Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul COMCOT CPU versi 1.7
module load comcot/1.7cpu

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Perintah menjakankan COMCOT
comcot
Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
Parameter Nilai maksimal untuk fair policy usage1 Nilai maksimal untuk COMCOT
ntasks 128 128
mem 128GB 500GB2
time 3-00:00:00 atau 72:00:00
Note:
  1. Info limitasi fair policy usage lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer
  2. User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
3 Jalankan job dengan perintah sbatch. 
$ sbatch <nama-SLURM-script>

Contoh menjalankan nama script slurmcomcot.sh. Perhatikan user mendapatkan nomor Job ID 

$ sbatch slurmcomcot.sh
Submitted batch job 231
4A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER.
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER
4B Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. 

$ scancel 231

GUI Web - EFIRO Job Composer

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.

Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer
0 Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. Apabila sudah terhubung ke VPN ALELEON, lakukan tahap berikut:
  • Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
    • Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11
1 Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3
Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.
Template COMCOT
Nama Template Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU) Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
4

Jcjoboption3.png

  • Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.
    • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
    • Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5A

Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).

  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.
Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
Parameter Nilai maksimal untuk fair policy usage1 Nilai maksimal untuk COMCOT
ntasks 128 128
mem 128GB 500GB2
time 3-00:00:00 atau 72:00:00
Note:
  1. Info limitasi fair policy usage lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer
  2. User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
6

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

7A Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.
7B

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=COMCOT&oldid=1138"