COMCOT: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(test format)
(tes format)
Baris 30: Baris 30:


=== Terminal - SLURM sbatch ===
=== Terminal - SLURM sbatch ===
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch.
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Tutorial ini mengasumsikan user dapat menggunakan terminal Linux.  
{| class="wikitable"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch
! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch
|-
|-
|'''0'''
|'''0'''
|Login ke terminal dengan SSH:  
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. Apabila sudah terhubung, user login dengan SSH:


* User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code>
* User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code>
Baris 47: Baris 47:
|-
|-
|'''2'''
|'''2'''
|Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut:  
|Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu semacam formulir untuk menjalankan job dengan panduan berikut:  


* Nama script dibebaskan, contoh <code>'''slurmcomcot.sh'''</code>
* Nama script dibebaskan, contoh <code>'''slurmcomcot.sh'''</code>
* Ikuti petunjuk dari NOTES.
* Ikuti petunjuk pada NOTES.
{| class="wikitable"
|+Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]]
!Parameter
!Nilai maksimal fair policy usage<sup>''1''</sup>
!Nilai maksimal untuk COMCOT
|-
|ntasks
|128
|128
|-
|mem
|128GB
|500GB<sup>''2''</sup>
|-
|time
| colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00
|-
| colspan="3" |Note:


# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|}
  #!/bin/bash
  #!/bin/bash
   
   
Baris 97: Baris 118:
  # Perintah menjakankan COMCOT
  # Perintah menjakankan COMCOT
  comcot
  comcot
{| class="wikitable"
|+Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]]
!Parameter
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup>
!Nilai maksimal untuk COMCOT
|-
|ntasks
|128
|128
|-
|mem
|128GB
|500GB<sup>''2''</sup>
|-
|time
| colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00
|-
| colspan="3" |Note:
# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|}
|-
|-
|'''3'''
|'''3'''
|Jalankan job dengan perintah sbatch.
|Jalankan job dengan perintah sbatch.
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-script>'''''
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script slurmcomcot.sh. Perhatikan user mendapatkan nomor Job ID
Contoh menjalankan nama script <code>slurmcomcot.sh</code>.  
  $ sbatch slurmcomcot.sh
  $ sbatch slurmcomcot.sh
Submitted batch job 231
 
|-
|-
|'''4A'''
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER.  
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue dengan flag -ul $USER.  


* Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
* Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.


  $ '''squeue -ul $USER'''
  $ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE atau ST dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
|-
|R
|RUN
|Job berjalan
|-
|PD
|PENDING
|Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
|-
|CG
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|CA
|CANCELED
|Job dibatalkan oleh user
|-
|PR
|PREEMPETED
|Job dibatalkan oleh sys-admin Aleleon, alasan dikabarkan melalui email
|-
|S
|SUSPENDED
|Job ditahan oleh sys-admin Aleleon
|}
|-
|-
|'''4B'''
|'''4B'''
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.


* Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.


Baris 146: Baris 177:
=== GUI Web - EFIRO Job Composer ===
=== GUI Web - EFIRO Job Composer ===
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer
! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer
|-
|-
|'''0'''
|'''0'''
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. Apabila sudah terhubung ke VPN ALELEON, lakukan tahap berikut:
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. Apabila sudah terhubung:


* Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user.
* Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user.
Baris 181: Baris 212:
**''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
**''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|-
|'''5A'''
|'''5'''
|
|
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
Baris 190: Baris 221:
|+Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]]
|+Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer]]
!Parameter
!Parameter
!Nilai maksimal untuk fair policy usage<sup>''1''</sup>
!Nilai maksimal fair policy usage<sup>''1''</sup>
!Nilai maksimal untuk COMCOT
!Nilai maksimal untuk COMCOT
|-
|-
Baris 210: Baris 241:
|}
|}
|-
|-
| rowspan="3" |'''6'''
|'''6A'''
|
|
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
|-
 
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Status
!Status
Baris 238: Baris 269:
|}
|}
|-
|-
|'''6B'''
|
|
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
Baris 251: Baris 283:
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
|}
|}
== '''Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email''' ==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user '''untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai'''. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email '''Jojo''' untuk mengirim notifikasi email.
Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user='''<''alamat-email-user''>'''
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end
* '''mail-user'''
** Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
* '''mail-type=begin'''
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
* '''mail-type=end'''
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
** Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.

Revisi per 6 Oktober 2023 03.51

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Modul COMCOT

Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

1.7 comcot/1.7cpu V V - - -

Menjalankan COMCOT

User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi:

Terminal - SLURM sbatch

Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Tutorial ini mengasumsikan user dapat menggunakan terminal Linux.

Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch
0 Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. Apabila sudah terhubung, user login dengan SSH:
  • User OS Windows dan MacOS -> $ ssh <username>@aleleon.hpc
  • User OS Linux -> $ ssh <username>@10.192.50.10
1 Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
2 Buat SLURM Submit Script yaitu semacam formulir untuk menjalankan job dengan panduan berikut:
  • Nama script dibebaskan, contoh slurmcomcot.sh
  • Ikuti petunjuk pada NOTES.
Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
Parameter Nilai maksimal fair policy usage1 Nilai maksimal untuk COMCOT
ntasks 128 128
mem 128GB 500GB2
time 3-00:00:00 atau 72:00:00
Note:
  1. Info limitasi fair policy usage lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer
  2. User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
#!/bin/bash

# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : COMCOT (CPU)
# | Versi           : 1.7
# | Update script   : 06/10/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang 
# |    sekiranya perlu diubah.
# |
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer
# ------------------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job. Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul COMCOT CPU versi 1.7
module load comcot/1.7cpu

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Perintah menjakankan COMCOT
comcot
3 Jalankan job dengan perintah sbatch. 
$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script slurmcomcot.sh. 

$ sbatch slurmcomcot.sh
4A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue dengan flag -ul $USER.
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE atau ST dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE Kepanjangan Penjelasan
R RUN Job berjalan
PD PENDING Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG COMPLETING Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA CANCELED Job dibatalkan oleh user
PR PREEMPETED Job dibatalkan oleh sys-admin Aleleon, alasan dikabarkan melalui email
S SUSPENDED Job ditahan oleh sys-admin Aleleon
4B Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  • Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. 

$ scancel 231

GUI Web - EFIRO Job Composer

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.

Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer
0 Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. Apabila sudah terhubung:
  • Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
    • Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11
1 Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3
Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.
Template COMCOT
Nama Template Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU) Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
4

Jcjoboption3.png

  • Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.
    • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
    • Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5

Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).

  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.
Panduan singkat mengisi SBATCH. Info detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
Parameter Nilai maksimal fair policy usage1 Nilai maksimal untuk COMCOT
ntasks 128 128
mem 128GB 500GB2
time 3-00:00:00 atau 72:00:00
Note:
  1. Info limitasi fair policy usage lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer
  2. User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
6A

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:

Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

6B

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

7A Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.
7B

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.

Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: 

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end
  • mail-user
    • Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
  • mail-type=begin
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
  • mail-type=end
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
    • Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=COMCOT&oldid=1139"