COMCOT: Perbedaan antara revisi

Revisi per 6 Oktober 2023 08.33

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Modul COMCOT

Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	Dukungan hardware
Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
1.7	comcot/1.7cpu	V	V	-	-	-

Menjalankan COMCOT

User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi:

Terminal - SLURM sbatch

Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Tutorial ini mengasumsikan user dapat menggunakan terminal Linux.

Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch

0

Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. Apabila sudah terhubung, user login dengan SSH:

User OS Windows dan MacOS -> $ ssh <username>@aleleon.hpc
User OS Linux -> $ ssh <username>@10.192.50.10

1

Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.

User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP seperti FileZilla, WinSCP, dan lainnya.
Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri.

2

Buat SLURM Submit Script yaitu semacam formulir untuk menjalankan job dengan panduan berikut:

Nama script dibebaskan, contoh slurmcomcot.sh
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES didalamnya.

Panduan singkat mengisi SBATCH¹
Parameter	Nilai maks Fair policy usage²	Nilai maks untuk COMCOT
ntasks	128	128
mem	128GB	500GB³
time	3-00:00:00 atau 72:00:00

Note:

Info semua SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
Info limitasi fair policy usage lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer
User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001

Template SLURM Submit Script COMCOT

#!/bin/bash

# -------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : COMCOT (CPU)
# | Versi           : 1.7
# | Update script  r: 06/10/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan COMCOT di ALELEON lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/COMCOT
# -------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job. 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul COMCOT CPU versi 1.7
module load comcot/1.7cpu

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Perintah menjakankan COMCOT
comcot

3

Jalankan job dengan perintah sbatch.

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script slurmcomcot.sh.

$ sbatch slurmcomcot.sh

4A

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue dengan flag -ul $USER.

Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.

$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE atau ST dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE	Kepanjangan	Penjelasan
R	RUN	Job berjalan
PD	PENDING	Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG	COMPLETING	Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA	CANCELED	Job dibatalkan oleh user
PR	PREEMPETED	Job dibatalkan oleh sys-admin Aleleon, alasan dikabarkan melalui email
S	SUSPENDED	Job ditahan oleh sys-admin Aleleon

4B

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.

Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.

$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.

$ scancel 231

GUI Web - EFIRO Job Composer

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.

Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer

0

Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. Apabila sudah terhubung:

Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
- Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11

1

Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2

Pilih New Jobs > From Template

3

Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.

Template COMCOT yang tersedia
Nama Template	Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU)	Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU

4

Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.
- Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
- Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.

5

Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).

Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan singkat mengisi SBATCH¹
Parameter	Nilai maks Fair policy usage²	Nilai maks untuk COMCOT
ntasks	128	128
mem	128GB	500GB³
time	3-00:00:00 atau 72:00:00

Note:

Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
Info limitasi fair policy usage lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer
User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001

6A

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:

Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti di tengah jalan, Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

6B

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

7A

Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.

atau dengan membuka menu Edit Files.

7B

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.

Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end

mail-user
- Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
mail-type=begin
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
mail-type=end
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
- Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.

@@ Baris 70: / Baris 70: @@
 |}
 '''Note:'''
-# Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
+# Info semua SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
 # Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
 # User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
 {| class="wikitable"
-!Template SLURM Submit Scrip
+!Template SLURM Submit Script COMCOT
 |-
 |
- #!/bin/bash
- # ------------------------------------------------------------------------
- # | Template SLURM Submit Script
- # | Software        : Quantum ESPRESSO
- # | Versi           : tergantung input user
- # | Update script  r: 13/03/2023
- # |
- # | NOTES:
- # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
- # | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang
- # |    sekiranya perlu diubah.
- # | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi
- # |    ALELEON Supercomputer lihat:
- # |    <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki>
- # ------------------------------------------------------------------------
- # --------------------------------------------------
- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input
- # --------------------------------------------------
- # Alokasi jumlah compute node
- #SBATCH --nodes=////
- # Alokasi jumlah core thread CPU
- #SBATCH --ntasks=////
- # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
- #SBATCH --mem=////GB
- # Alokasi limit waktu menjalankan job, format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
- #SBATCH --time=////
- # Definisi file untuk menampung output terminal
- #SBATCH --output=result-%j.txt
- # Definisi file untuk menampung output error log
- #SBATCH --error=error-%j.txt
- # Nama input file Quantum ESPRESSO dengan format file-nya
- INPUT_FILE='////.in'
- # Memuat modul software Quantum ESPRESSO, pilih nama modul pada tabel dibawah ini
- module load qe////
- # DAFTAR MODUL Quantum ESPRESSO:
- # --------------------------------------------------------------
- # | Nama modul                                    | Versi QE   |
- # --------------------------------------------------------------
- # | qe/6.7-GCC10-MKL-LibM                         | 6.7        |
- # | qe/6.7-GCC10-MKL-LibM                         | 6.8        |
- # | qe/7.1-GCC11.3-AOCL4.0-ELPA2022.05-Libxc6.1.0 | 7.1        |
- # --------------------------------------------------------------
- # -------------------------------------------------
- # RUN SCRIPT
- # -------------------------------------------------
- # Perintah menjakankan Quantum ESPERESSO
- mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}
-|}
   #!/bin/bash
@@ Baris 183: / Baris 122: @@
   # Perintah menjakankan COMCOT
   comcot
+|}
 |-
 |'''3'''

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas