COMCOT: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (menambah link nodelist reason) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Terminal - SLURM sbatch: paraphrasing) |
||
Baris 32: | Baris 32: | ||
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]] | [[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]] | ||
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch | Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch | ! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch | ||
|- | |- | ||
|'''0''' | | rowspan="2" |'''0''' | ||
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. | |Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. | ||
|- | |||
|Login dengan SSH: | |||
* User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code> | * User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code> | ||
* User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code> | * User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code> | ||
Baris 45: | Baris 46: | ||
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user. | |Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user. | ||
* [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']] | * [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']] | ||
* Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh | * Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh setiap job pada folder tersendiri. | ||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
|Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu | |Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job dengan panduan berikut: | ||
* Nama script dibebaskan, contoh <code>slurmcomcot.sh</code> | * Nama script dibebaskan, contoh <code>slurmcomcot.sh</code> | ||
* Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES | * Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya. | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="3" |Panduan singkat mengisi SBATCH''<sup>1</sup>'' | ! colspan="3" |Panduan singkat mengisi SBATCH''<sup>1</sup>'' | ||
Baris 74: | Baris 75: | ||
# Info semua SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] | # Info semua SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] | ||
# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | # Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | ||
# User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | # User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. | ||
#* Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
!Template SLURM Submit Script COMCOT | !Template SLURM Submit Script COMCOT | ||
Baris 89: | Baris 91: | ||
# | NOTES: | # | NOTES: | ||
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). | # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). | ||
# | 2. Template ini | # | 2. Template ini bersifat referensi. | ||
# | User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah. | # | User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah. | ||
# | 3. Panduan menjalankan COMCOT di ALELEON lihat: | # | 3. Panduan menjalankan COMCOT di ALELEON lihat: | ||
Baris 134: | Baris 136: | ||
|- | |- | ||
|'''4A''' | |'''4A''' | ||
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue | |User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut. | ||
* Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu. | * Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu. | ||
$ '''squeue -ul $USER''' | $ '''squeue -ul $USER''' | ||
Berikut adalah daftar STATE | Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job: | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Daftar STATE squeue SLURM | |+Daftar STATE squeue SLURM | ||
Baris 189: | Baris 191: | ||
! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer | ! colspan="2" |Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer | ||
|- | |- | ||
|'''0''' | | rowspan="2" |'''0''' | ||
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. | |Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. | ||
|- | |||
|Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user. | |||
* Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code> | |||
|- | |- | ||
|'''1''' | |'''1''' | ||
Baris 218: | Baris 220: | ||
| | | | ||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | ||
Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | |||
*Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | |||
*''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''.'' | |||
**''Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.'' | |||
|- | |- | ||
|'''5''' | |'''5''' | ||
Baris 228: | Baris 232: | ||
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | ||
*''Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.'' | *''Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.'' | ||
*Template ini bersifat referensi, user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah. | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="3" |Panduan singkat mengisi SBATCH''<sup>1</sup>'' | ! colspan="3" |Panduan singkat mengisi SBATCH''<sup>1</sup>'' | ||
Baris 249: | Baris 254: | ||
# Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] | # Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] | ||
# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | # Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | ||
# User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | # User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. | ||
#* Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | |||
|- | |- | ||
|'''6A''' | |'''6A''' | ||
Baris 275: | Baris 281: | ||
|- | |- | ||
|Failed | |Failed | ||
|Job berhenti di tengah jalan, | |Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user. | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
Baris 291: | Baris 296: | ||
|'''7B''' | |'''7B''' | ||
| | | | ||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' | User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''. | ||
|} | |} | ||
Revisi per 9 Oktober 2023 05.15
COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.
Modul COMCOT
Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
1.7 | comcot/1.7cpu | V | V | - | - | - |
Menjalankan COMCOT
User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi via terminal atau EFIRO:
Terminal - SLURM sbatch
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch.
Langkah Menjalankan COMCOT via SLURM sbatch | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||
Login dengan SSH:
| ||||||||||||||||||||||
1 | Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
| |||||||||||||||||||||
2 | Buat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job dengan panduan berikut:
Note:
| |||||||||||||||||||||
3 | Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script $ sbatch slurmcomcot.sh | |||||||||||||||||||||
4A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
$ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
| |||||||||||||||||||||
4B | Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
GUI Web - EFIRO Job Composer
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
Langkah Menjalankan COMCOT via EFIRO Job Composer | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||
Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
| ||||||||||||||||
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||
4 |
Gunakan menu
| |||||||||||||||
5 |
Melalui
Note:
| |||||||||||||||
6A |
Jalankan job dengan klik tombol Berikut penjelasan kolom
| |||||||||||||||
6B |
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | |||||||||||||||
7A |
Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||||||
7B |
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol |
Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.
Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> #SBATCH --mail-type=begin #SBATCH --mail-type=end
- mail-user
- Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
- mail-type=begin
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
- mail-type=end
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
- Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.