COMCOT

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Modul COMCOT

Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	Dukungan hardware
			CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
1.7	comcot/1.7cpu	V	V	-	-	-

Menjalankan COMCOT

User dapat menjalankan COMCOT dengan pilihan cara menjalankan komputasi:

Terminal - SLURM sbatch

Menjalankan job di terminal.

Langkah Menjalankan Job via SLURM sbatch
1	Login ke terminal dengan SSH: User OS Windows dan MacOS -> $ ssh <username>@aleleon.hpc User OS Linux -> $ ssh <username>@10.192.50.10
2	Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user. User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP seperti FileZilla, WinSCP, dan lainnya. Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri.
3	Buat SLURM Submit Script dengan panduan berikut: Nama script dibebaskan, contoh slurmcomcot.sh Ikuti petunjuk dari NOTES. #!/bin/bash # ------------------------------------------------------------------------ # | Template SLURM Submit Script # | Software  : COMCOT (CPU) # | Versi  : 1.7 # | Update script  : 06/10/2023 # | # | NOTES: # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang # | sekiranya perlu diubah. # | # | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) lihat: # | https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer # ------------------------------------------------------------------------ # -------------------------------------------------- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input # -------------------------------------------------- # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job. Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Memuat modul COMCOT CPU versi 1.7 module load comcot/1.7cpu # ------------------------------------------------- # RUN SCRIPT # ------------------------------------------------- # Perintah menjakankan COMCOT comcot Panduan singkat mengisi SBATCH Info detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer Parameter Nilai maksimal untuk fair policy usage1 Nilai maksimal untuk COMCOT ntasks 128 128 mem 128GB 500GB2 time 3-00:00:00 atau 72:00:00 Note: Info limitasi fair policy usage lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
4	Jalankan job dengan perintah sbatch. $ sbatch <nama-SLURM-script> Contoh menjalankan nama script slurmcomcot.sh. Perhatikan user mendapatkan nomor Job ID $ sbatch slurmcomcot.sh Submitted batch job 231
5A	User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER. Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu. $ squeue -ul $USER
5B	Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID. User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri. $ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231

GUI Web - EFIRO Job Composer

Menjalankan job dengan tampilan GUI via web EFIRO.

1	Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
2	Pilih New Jobs > From Template
3	Memilih Template COMCOT Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job. Template COMCOT Nama Template Penjelasan COMCOT 1.7 (CPU) Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
4	Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan. Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5A	Melengkapi Submit Script Template Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script. Panduan singkat mengisi SBATCH Info detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer Parameter Nilai maksimal untuk fair policy usage1 Nilai maksimal untuk COMCOT ntasks 128 128 mem 128GB 500GB2 time 3-00:00:00 atau 72:00:00 Note: Info limitasi fair policy usage lihat laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
6	Menjalankan Job Jalankan job dengan klik tombol Submit.
	Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job: Status Arti Not Submitted Job belum pernah dijalankan. Running Job berjalan. Queue Job mengantri dan belum berjalan. Completed Job selesai berjalan. Failed Job berhenti di tengah jalan, Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
	Stop atau Cancel Job Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.
7A	Melihat hasil job yang selesai Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents. atau dengan membuka menu Edit Files.
7B	Submit Ulang Job User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.