Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Daftar Software Komputasi dan Tutorial: menambah SPECFEM3D (coming soon))
(→‎Daftar Software Komputasi dan Tutorial: menambah nama EFIRO di sesi interactive)
(1 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini merangkum semua daftar software komputasi pada ALELEON Supercomputer dan tutorial penggunaannya.  
Halaman ini merangkum semua daftar software komputasi pada ALELEON Supercomputer dan tutorial penggunaannya.  
== '''Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan''' ==
User dengan akun perseorangan mempunyai kuota komputasi bernama [[Core Hour|'''Kredit Core Hour''']]. User disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan komputasi dengan langkah berikut:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Pendahuluan; mengecek sisa Kredit Core Hour
|1
|'''1'''
|Buka terminal (bagi pengguna EFIRO, buka menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''
|Sebelum melakukan komputasi, user disarankan mengecek kuota [[Core Hour|'''Kredit Core Hour''']] karena dibutuhkan untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Mengecek kuota Kredit Core Hour
|-
|'''1'''
|Buka terminal melalui '''dashboard EFIRO Clusters > ALELEON Shell Access'''[[Berkas:Shellaccess.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Shellaccess.png|al=|nir|jmpl|300x300px]]
|-
|'''2'''
|Jalankan perintah <code>'''sausage'''</code>[[Berkas:Sausage.png|nir|jmpl|'''Perintah sausage memperlihatkan sisa kredit CCH dan GH user'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Sausage.png]]
|}
|-
|-
|'''2'''
|2
|Kuota kredit Core Hour akan berkurang sesuai dengan resources CPU / GPU yang dialokasikan user saat menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer melalui Job Composer dan Interactive Apps dibawah ini.
|Jalankan perintah 'sausage'.
|}
$ '''sausage'''
 
=='''Job Composer dan Interactive Apps'''==
Terdapat dua metode untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer yaitu Job Composer dan Interactive Apps.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Metode Job Composer
|-
|[[Berkas:Efirojobcomposer2.png|nir|jmpl|'''Halaman Job Composer. Diakses melalui menu Jobs > Job Composer di dashboard EFIRO.'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposer2.png]]
*Cara utama untuk menjalankan '''semua software komputasi''' di ALELEON Supercomputer.
*Job Composer menjalankan software pada '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Hardware:_Compute_Node Compute Node]''' - bagian server komputasi ALELEON Supercomputer terkencang untuk menjalankan berbagai level komputasi dari kecil hingga besar.
*Job Composer bekerja dengan model '''''job submission'':''' software komputasi dijalankan oleh sistem berdasarkan serangkaian template, formulir, dan script yang didefinisikan user.
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Metode Interactive Apps
|-
|[[Berkas:Jupyterefiro.png|nir|jmpl|'''Contoh salah satu interactive apps: Jupyter Notebook, diakses melalui menu Interactive Apps di dashboard EFIRO.'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jupyterefiro.png]]
*'''Interactive Apps''' adalah aplikasi yang dapat dijalankan secara '''interaktif''' (langsung) oleh user.
*Interactive Apps berjalan pada '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Hardware:_Interactive_Node Interactive Node]''' - bagian server komputasi ALELEON Supercomputer untuk menjalankan semua Interactive Apps.
*Hanya software tertentu yang dapat berjalan pada Interactive Apps.
*Interactive Node mempunyai '''spesifikasi hardware terbatas''' sehingga lebih cocok digunakan untuk komputasi skala kecil atau pengujian jalannya software / script. Gunakan '''Job Composer''' untuk melakukan komputasi skala besar.
|}
|}


=='''Daftar Software Komputasi dan Tutorial'''==
=='''Daftar Software Komputasi dan Tutorial'''==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
|+SOFTWARE KOMPUTASI DAN MULTIMEDIA
! rowspan="2" |Software Komputasi dan Tutorial
!Software
! colspan="2" |Dukungan Penggunaan
Komputasi
!Dukungan
Penggunaan
|-
|-
|'''COMCOT'''
!SLURM sbatch / Job Composer
|'''[[COMCOT|Job Composer]]'''
!Sesi Interactive EFIRO
|-
|-
|'''GAMESS'''
|'''[[COMCOT]]'''
|'''[[GAMESS|Job Composer]]'''
|V
|X
|-
|-
|'''GROMACS'''
|'''[[GAMESS]]'''
|'''[[GROMACS|Job Composer]]'''
|V
|X
|-
|-
|'''NAMD'''
|'''[[GROMACS]]'''
|'''[[NAMD|Job Composer]]'''
|V
|X
|-
|-
|'''NWChem'''
|'''[[NAMD]]'''
|'''[[NWChem|Job Composer]]'''
|V
|X
|-
|-
|'''ORCA'''
|'''[[NWChem]]'''
|'''[[ORCA|Job Composer]]'''
|V
|X
|-
|-
|'''PHASE/0'''
|'''[[ORCA]]'''
|'''[[PHASE/0|Job Composer]]'''
|V
|X
|-
|-
|'''Quantum ESPRESSO'''
|'''[[PHASE/0]]'''
|[[Quantum ESPRESSO|'''Job Composer''']]
|V
|X
|-
|'''[[Quantum ESPRESSO]]'''
|V
|X
|-
|-
|'''R'''
|'''R'''
|
|Untuk program .R siap jalan.
*'''[[R menggunakan Job Composer|Job Composer]]'''
'''''Tidak support file .ipynb.'''''
*'''Interactive Apps:'''
|Jupyter Lab
**'''[[R menggunakan Jupyter Notebook|Jupyter Notebook]]'''
|-
|-
|'''Python<small><sup>''1''</sup></small>'''  
|'''Python<small><sup>''1''</sup></small>''' '''''via Anaconda'''''
'''''via Anaconda'''''
|Untuk program '''.py''' siap jalan.
|
'''''Tidak support file .ipynb'''''.
*'''[[Python Anaconda menggunakan Job Composer|Job Composer]]'''
|Jupyter Lab
*'''Interactive Apps:'''
**'''[[Python Anaconda menggunakan Jupyter Notebook|Jupyter Notebook]]'''
|-
|-
|'''CP2K'''
|'''[[CP2K]]'''
|'''[[CP2K|Job Composer]]'''
|V
|X
|-
|-
|'''Blender'''
|'''Blender'''
|''(coming soon)''
|V
* '''Job Composer'''
|ALELEON Desktop
* '''Interactive Apps:'''
|-
** '''ALELEON Desktop'''
|'''[[SPECFEM3D]]'''
|V
|X
|-
|-
|'''SPECFEM3D'''
|'''FLACS'''
|''(coming soon)''
|V
'''Job Composer'''
|ALELEON Desktop
|}
|}
'''Note:'''  
'''Note:'''  


# Python mengacu interpreter dan library komputasi seperti TensorFlow, Scikit, PyTorch, Keras, Pandas, dll
# Python mengacu interpreter dan library komputasi seperti TensorFlow, Scikit, PyTorch, Keras, Pandas, dll

Revisi per 24 November 2022 05.04

Halaman ini merangkum semua daftar software komputasi pada ALELEON Supercomputer dan tutorial penggunaannya.

Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan

User dengan akun perseorangan mempunyai kuota komputasi bernama Kredit Core Hour. User disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan komputasi dengan langkah berikut:

1 Buka terminal (bagi pengguna EFIRO, buka menu Clusters > Aleleon Shell Access
2 Jalankan perintah 'sausage'.
$ sausage

Daftar Software Komputasi dan Tutorial

Software Komputasi dan Tutorial Dukungan Penggunaan
SLURM sbatch / Job Composer Sesi Interactive EFIRO
COMCOT V X
GAMESS V X
GROMACS V X
NAMD V X
NWChem V X
ORCA V X
PHASE/0 V X
Quantum ESPRESSO V X
R Untuk program .R siap jalan.

Tidak support file .ipynb.

Jupyter Lab
Python1 via Anaconda Untuk program .py siap jalan.

Tidak support file .ipynb.

Jupyter Lab
CP2K V X
Blender V ALELEON Desktop
SPECFEM3D V X
FLACS V ALELEON Desktop

Note:

  1. Python mengacu interpreter dan library komputasi seperti TensorFlow, Scikit, PyTorch, Keras, Pandas, dll