GAMESS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(major paraphrasing)
Baris 6: Baris 6:
!Versi
!Versi
!Nama Modul
!Nama Modul
!Dukungan MPI
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
![[Partisi Aleleon Mk.II|Partisi]]
![[Partisi Aleleon Mk.II|Partisi]]
Baris 11: Baris 12:
|2020.2
|2020.2
|gamess
|gamess
|Pure MPI
|CPU, parallel multi-node
|CPU, parallel multi-node
|epyc
|epyc
Baris 16: Baris 18:


=='''Contoh SLURM Submission Script'''==
=='''Contoh SLURM Submission Script'''==
User harus menggunakan [[Scheduler SLURM Aleleon|Scheduler SLURM]] untuk menjalankan komputasi GAMESS di Compute Node. User dapat menjalankan GAMESS dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih.  
User harus menggunakan [[Manajemen SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] untuk menjalankan komputasi GAMESS di Compute Node. User dapat menjalankan GAMESS dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih.  


===Satu Node===
==='''Satu Node CPU'''===
Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.
Contoh berikut untuk menjalankan GAMESS pada satu node CPU.
  #!/bin/bash
  #!/bin/bash
   
   
  #SBATCH --ntasks=64
  #SBATCH --ntasks=64             # Contoh menggunakan 64 core CPU
  #SBATCH --mem=128GB
  #SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB
  #SBATCH --time=10:00:00
  #SBATCH --time=10:00:00         # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
  #SBATCH --output=result-%j.out
  #SBATCH --output=result-%j.out   # Output terminal program
  #SBATCH --error=result-%j.err
  #SBATCH --error=result-%j.err   # Output verbose program
   
   
  # MODULE
  # Memuat modul GAMESS
  module load gamess
  module load gamess
   
   
  # RUN COMMAND
  # RUN COMMAND
  rungms <file_input> 00 64
  '''rungms''' <file_input> 00 $SLURM_NTASKS


===Banyak Node===
==='''Multi Node CPU'''===
Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.
Contoh berikut untuk menjalankan GAMESS pada lebih dari satu node CPU.
  #!/bin/bash
  #!/bin/bash
   
   
  #SBATCH --nodes=2
  #SBATCH --nodes=2                 # Contoh menggunakan 2 node ...
  #SBATCH --ntasks-per-node=64
  #SBATCH --ntasks-per-node=128    # dengan 128 core per node.
  #SBATCH --mem=128GB
                                  # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU
  #SBATCH --time=10:00:00
  #SBATCH --mem=240GB              # Contoh menggunakan RAM 240GB per node
  #SBATCH --output=result-%j.out
  #SBATCH --time=10:00:00           # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam
  #SBATCH --error=result-%j.err
  #SBATCH --output=result-%j.out   # Output terminal program
  #SBATCH --error=result-%j.err     # Output verbose program
   
   
  # MODULE
  # Memuat modul GAMESS
  module load gamess
  module load gamess
   
   
  # RUN COMMAND
  # RUN COMMAND
  # Total proses = ntasks per node X nodes
  # $SLURM_NTASKS menangkap total proses MPI (nodes * ntasks-per-node)
  rungms <file_input> 00 128
  '''rungms''' <file_input> 00 $SLURM_NTASKS

Revisi per 15 September 2021 10.55

Software GAMESS

GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ab-inito kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.

Versi yang Tersedia

Versi Nama Modul Dukungan MPI Dukungan Hardware Partisi
2020.2 gamess Pure MPI CPU, parallel multi-node epyc

Contoh SLURM Submission Script

User harus menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan komputasi GAMESS di Compute Node. User dapat menjalankan GAMESS dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih.

Satu Node CPU

Contoh berikut untuk menjalankan GAMESS pada satu node CPU. 

#!/bin/bash

#SBATCH --ntasks=64              # Contoh menggunakan 64 core CPU
#SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out   # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program

# Memuat modul GAMESS
module load gamess

# RUN COMMAND
rungms <file_input> 00 $SLURM_NTASKS

Multi Node CPU

Contoh berikut untuk menjalankan GAMESS pada lebih dari satu node CPU. 

#!/bin/bash

#SBATCH --nodes=2                 # Contoh menggunakan 2 node ...
#SBATCH --ntasks-per-node=128     # dengan 128 core per node.
                                  # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU
#SBATCH --mem=240GB               # Contoh menggunakan RAM 240GB per node
#SBATCH --time=10:00:00           # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err     # Output verbose program

# Memuat modul GAMESS
module load gamess

# RUN COMMAND
# $SLURM_NTASKS menangkap total proses MPI (nodes * ntasks-per-node)

rungms <file_input> 00 $SLURM_NTASKS
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=GAMESS&oldid=241"