GAMESS: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
WilsonLisan (bicara | kontrib) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (Menambah sub headline pelajari lebih lanjut) |
||
Baris 18: | Baris 18: | ||
=='''Contoh SLURM Script'''== | =='''Contoh SLURM Script'''== | ||
User harus menggunakan [[Manajemen SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] untuk menjalankan komputasi GAMESS di Compute Node. User dapat menjalankan GAMESS dengan satu node atau | User harus menggunakan [[Manajemen SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] untuk menjalankan komputasi GAMESS di Compute Node. User dapat menjalankan GAMESS dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih. | ||
==='''Satu Node CPU'''=== | ==='''Satu Node CPU'''=== | ||
Baris 55: | Baris 55: | ||
'''rungms''' <file_input> 00 $SLURM_NTASKS | '''rungms''' <file_input> 00 $SLURM_NTASKS | ||
==='''Pelajari Lebih Lanjut'''=== | |||
User dapat melihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Contoh_SLURM_Script#SLURM_Script_untuk_Komputasi_Paralel_MPI '''SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI'''] untuk memahami lebih lanjut tentang berbagai contoh SLURM script diatas, |
Revisi per 15 September 2021 11.08
Software GAMESS
GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ab-inito kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.
Versi yang Tersedia
Versi | Nama Modul | Dukungan MPI | Dukungan Hardware | Partisi |
---|---|---|---|---|
2020.2 | gamess | Pure MPI | CPU, parallel multi-node | epyc |
Contoh SLURM Script
User harus menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan komputasi GAMESS di Compute Node. User dapat menjalankan GAMESS dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih.
Satu Node CPU
Contoh berikut untuk menjalankan GAMESS pada satu node CPU.
#!/bin/bash #SBATCH --ntasks=64 # Contoh menggunakan 64 core CPU #SBATCH --mem=128GB # Contoh menggunakan RAM 128GB #SBATCH --time=10:00:00 # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam #SBATCH --output=result-%j.out # Output terminal program #SBATCH --error=result-%j.err # Output verbose program # Memuat modul GAMESS module load gamess # RUN COMMAND rungms <file_input> 00 $SLURM_NTASKS
Multi Node CPU
Contoh berikut untuk menjalankan GAMESS pada lebih dari satu node CPU.
#!/bin/bash #SBATCH --nodes=2 # Contoh menggunakan 2 node ... #SBATCH --ntasks-per-node=128 # dengan 128 core per node. # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU #SBATCH --mem=240GB # Contoh menggunakan RAM 240GB per node #SBATCH --time=10:00:00 # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam #SBATCH --output=result-%j.out # Output terminal program #SBATCH --error=result-%j.err # Output verbose program # Memuat modul GAMESS module load gamess # RUN COMMAND # $SLURM_NTASKS menangkap total proses MPI (nodes * ntasks-per-node) rungms <file_input> 00 $SLURM_NTASKS
Pelajari Lebih Lanjut
User dapat melihat laman SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI untuk memahami lebih lanjut tentang berbagai contoh SLURM script diatas,