GAMESS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(Menambah sub headline pelajari lebih lanjut)
(Menyesuaikan tutorial GAMESS dengan EFIRO)
Baris 1: Baris 1:
== '''Software GAMESS''' ==
[[Berkas:GAMESS.png|nirbing]]
 
[https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/ '''GAMESS'''] (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ''ab-inito'' kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.
[https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/ '''GAMESS'''] (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ''ab-inito'' kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.


Baris 5: Baris 6:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Versi
!Versi
!Nama Modul
!Dukungan MPI
!Dukungan MPI
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
![[Partisi Aleleon Mk.II|Partisi]]
|-
|-
|2020.2
|2020.2
|gamess
|Pure MPI
|Pure MPI
|CPU, parallel multi-node
|CPU, multi-node
|epyc
|}
|}
=='''Menjalankan GAMESS'''==
User menjalankan GAMESS pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer


=='''Contoh SLURM Script'''==
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
User harus menggunakan [[Manajemen SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] untuk menjalankan komputasi GAMESS di Compute Node. User dapat menjalankan GAMESS dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih.  
===1. Memilih template GAMESS===
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
*Pilih template GAMESS yang dibutuhkan.
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
 
---
 
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
{| class="wikitable"
|+Template GAMESS yang tersedia
! Nama Template
!Penjelasan
|-
|GAMESS 2020.2
|Template standar GAMESS versi 2020.2
|}---
===2. Mempersiapkan file input GAMESS===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input''' melalui menu '''Edit Files.'''
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-gamess.sh.'''
---
===3A. Melengkapi Submit Script Template===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program GAMESS dapat berjalan:
**Parameter SBATCH.
**Nama file input GAMESS.
*Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
 
[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
 
---
===3B. Menjalankan GAMESS Multi-Node (>128 core thread CPU)===
Quantum ESPRESSO menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:
{| class="wikitable"
![[MPI ALELEON Supercomputer]]
|-
|
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
|}---
===4. Menjalankan Job===
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
{| class="wikitable"
!Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
---
===5. Melihat hasil job yang selesai===
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''


==='''Satu Node CPU'''===
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nirbing|399x399px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png]]
Contoh berikut untuk menjalankan GAMESS pada satu node CPU.
#!/bin/bash
#SBATCH --ntasks=64              # Contoh menggunakan 64 core CPU
#SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out  # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program
# Memuat modul GAMESS
module load gamess
# RUN COMMAND
'''rungms''' <file_input> 00 $SLURM_NTASKS


==='''Multi Node CPU'''===
---
Contoh berikut untuk menjalankan GAMESS pada lebih dari satu node CPU.
===6. Submit ulang job===
#!/bin/bash
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
#SBATCH --nodes=2                # Contoh menggunakan 2 node ...
#SBATCH --ntasks-per-node=128    # dengan 128 core per node.
                                  # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU
#SBATCH --mem=240GB              # Contoh menggunakan RAM 240GB per node
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program
# Memuat modul GAMESS
module load gamess
# RUN COMMAND
# $SLURM_NTASKS menangkap total proses MPI (nodes * ntasks-per-node)
'''rungms''' <file_input> 00 $SLURM_NTASKS
==='''Pelajari Lebih Lanjut'''===
User dapat melihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Contoh_SLURM_Script#SLURM_Script_untuk_Komputasi_Paralel_MPI '''SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI'''] untuk memahami lebih lanjut tentang berbagai contoh SLURM script diatas,

Revisi per 21 Februari 2022 05.16

GAMESS.png

GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ab-inito kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
2020.2 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan GAMESS

User menjalankan GAMESS pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

1. Memilih template GAMESS

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template GAMESS yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Template GAMESS yang tersedia
Nama Template Penjelasan
GAMESS 2020.2 Template standar GAMESS versi 2020.2

---

2. Mempersiapkan file input GAMESS

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input melalui menu Edit Files.
  • Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-gamess.sh.

---

3A. Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program GAMESS dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH.
    • Nama file input GAMESS.
  • Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

3B. Menjalankan GAMESS Multi-Node (>128 core thread CPU)

Quantum ESPRESSO menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:

MPI ALELEON Supercomputer

---

4. Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

  • User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
  • Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

5. Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

---

6. Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=GAMESS&oldid=594"