GAMESS: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
WilsonLisan (bicara | kontrib) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (paraphrasing bagian MPI dan mengganti penomoran) |
||
| Baris 17: | Baris 17: | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]] | [[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]] | ||
--- | |||
===1. Memilih template GAMESS=== | ===1. Memilih template GAMESS=== | ||
*Klik '''New Jobs > From Template.''' | *Klik '''New Jobs > From Template.''' | ||
| Baris 39: | Baris 41: | ||
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-gamess.sh.''' | *Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-gamess.sh.''' | ||
--- | --- | ||
=== | ===3. Melengkapi Submit Script Template=== | ||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | [[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | ||
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program GAMESS dapat berjalan: | *Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program GAMESS dapat berjalan: | ||
| Baris 50: | Baris 52: | ||
--- | --- | ||
=== | ===4. MPI pada GAMESS=== | ||
GAMESS menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk: | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
![[MPI ALELEON Supercomputer]] | ![[MPI ALELEON Supercomputer]] | ||
| Baris 57: | Baris 59: | ||
| | | | ||
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | *[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | ||
**User dapat menjalankan GAMESS hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) | |||
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | |||
|}--- | |}--- | ||
=== | ===5. Menjalankan Job=== | ||
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''. | Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''. | ||
| Baris 86: | Baris 90: | ||
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit. | *Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit. | ||
--- | --- | ||
=== | ===6. Melihat hasil job yang selesai=== | ||
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.''' | Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.''' | ||
| Baris 92: | Baris 96: | ||
--- | --- | ||
=== | ===7. Submit ulang job=== | ||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. | User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. | ||
Revisi per 21 Februari 2022 11.33
GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ab-inito kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.
Versi yang Tersedia
| Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
|---|---|---|
| 2020.2 | Pure MPI | CPU, multi-node |
Menjalankan GAMESS
User menjalankan GAMESS pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
---
1. Memilih template GAMESS
- Klik New Jobs > From Template.
- Pilih template GAMESS yang dibutuhkan.
- isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.
---
| Nama Template | Penjelasan |
|---|---|
| GAMESS 2020.2 | Template standar GAMESS versi 2020.2 |
---
2. Mempersiapkan file input GAMESS
- User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input GAMESS melalui menu Edit Files.
- Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-gamess.sh.
---
3. Melengkapi Submit Script Template
- Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program GAMESS dapat berjalan:
- Parameter SBATCH.
- Nama file input GAMESS.
- Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
---
4. MPI pada GAMESS
GAMESS menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| MPI ALELEON Supercomputer |
|---|
|
---
5. Menjalankan Job
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.
- Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
| Status | Arti |
|---|---|
| Not Submitted | Job belum pernah dijalankan. |
| Running | Job berjalan. |
| Queue | Job mengantri dan belum berjalan. |
| Completed | Job selesai berjalan. |
| Failed | Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. |
- User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
- Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.
---
6. Melihat hasil job yang selesai
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
---
7. Submit ulang job
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
