GAMESS: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Memilih template GAMESS: menambah penjelasan template) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (reformat) |
||
Baris 14: | Baris 14: | ||
|} | |} | ||
=='''Menjalankan GAMESS di Job Composer'''== | =='''Menjalankan GAMESS di Job Composer'''== | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Template GAMESS | |'''1''' | ||
! Nama Template | |Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]] | |||
|- | |||
|'''2''' | |||
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>''' | |||
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]] | |||
|- | |||
|'''3''' | |||
| | |||
==='''Memilih Template GAMESS'''=== | |||
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template GAMESS yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]] | |||
{| class="wikitable" | |||
|+Template GAMESS | |||
!Nama Template | |||
!Penjelasan | !Penjelasan | ||
|- | |- | ||
|GAMESS 2020.2 | |GAMESS 2020.2 | ||
| | |Menjalankan GAMESS versi 2020.2 | ||
|} | |} | ||
|- | |||
| rowspan="2" |'''4''' | |||
| | |||
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''=== | |||
=='''Mempersiapkan | |||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | ||
* | *Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | ||
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | |||
=='''Melengkapi Submit Script Template'''== | |- | ||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing| | |''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.'' | ||
|- | |||
|'''5A''' | |||
| | |||
==='''Melengkapi Submit Script Template'''=== | |||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | |||
*Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script. | Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | ||
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.''''' | |||
|- | |||
| rowspan="2" |'''5B''' | |||
===Panduan lengkap mengisi Submit Script=== | | | ||
[[Berkas:Wiki- | ==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''=== | ||
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]] | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
==='''Fitur MPI pada GAMESS'''=== | |||
GAMESS menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk: | |||
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | *[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | ||
**User dapat menjalankan | **User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) | ||
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | **Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | ||
| | |- | ||
=='''Menjalankan Job'''== | | rowspan="3" |'''6''' | ||
| | |||
==='''Menjalankan Job'''=== | |||
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | |||
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]] | [[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]] | ||
|- | |||
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':''' | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
!Status | !Status | ||
!Arti | !Arti | ||
|- | |- | ||
| Not Submitted | |Not Submitted | ||
|Job belum pernah dijalankan. | |Job belum pernah dijalankan. | ||
|- | |- | ||
Baris 78: | Baris 83: | ||
|Job berjalan. | |Job berjalan. | ||
|- | |- | ||
|Queue | | Queue | ||
|Job mengantri dan belum berjalan. | |Job mengantri dan belum berjalan. | ||
|- | |- | ||
Baris 88: | Baris 93: | ||
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. | Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. | ||
|} | |} | ||
|- | |||
| | |||
=='''Melihat hasil job yang selesai'''== | === Stop atau Cancel Job=== | ||
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''. | |||
=='''Submit | |||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. | [[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Stop.png]] | ||
|- | |||
|'''7A''' | |||
| | |||
==='''Melihat hasil job yang selesai'''=== | |||
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | |||
|- | |||
|'''7B''' | |||
| | |||
==='''Submit Ulang Job'''=== | |||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''. | |||
|} |
Revisi per 25 Maret 2022 11.50
GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ab-inito kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.
Versi yang Tersedia
Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
---|---|---|
2020.2 | Pure MPI | CPU, multi-node |
Menjalankan GAMESS di Job Composer
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||
3 |
Memilih Template GAMESS
| |||||||||||
4 |
Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job
| |||||||||||
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB. | ||||||||||||
5A |
Melengkapi Submit Script TemplateMelalui
| |||||||||||
5B |
Panduan lengkap mengisi Submit Script: | |||||||||||
Fitur MPI pada GAMESSGAMESS menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| ||||||||||||
6 |
Menjalankan JobJalankan job dengan klik tombol | |||||||||||
Berikut penjelasan kolom Status , pantau dengan refresh halaman job:
| ||||||||||||
Stop atau Cancel JobUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | ||||||||||||
7A |
Melihat hasil job yang selesaiHasil output job dapat dilihat pada kolomFolder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||
7B |
Submit Ulang JobUser dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol |