GAMESS

GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ab-inito kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.

Versi yang Tersedia

Versi	Dukungan MPI	Dukungan Hardware
2020.2	Pure MPI	CPU, multi-node

Menjalankan GAMESS di Job Composer

User menjalankan GAMESS pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Memilih template GAMESS

Template GAMESS yang tersedia

Nama Template	Penjelasan
GAMESS 2020.2	Template standar GAMESS versi 2020.2

Template GAMESS adalah set environment untuk menjalankan software GAMESS.

• Klik New Jobs > From Template.
• Pilih template GAMESS yang dibutuhkan.
• isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Mempersiapkan file input GAMESS

• User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input GAMESS melalui menu Edit Files.
• Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-gamess.sh.

Melengkapi Submit Script Template

• Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program GAMESS dapat berjalan:
  • Parameter SBATCH.
  • Nama file input GAMESS.

• Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.

---

Panduan lengkap mengisi Submit Script

Note: Submit Script pada dasarnya adalah SLURM Script karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.

Fitur MPI pada GAMESS

GAMESS menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
MPI Satu Node vs Multi Node User dapat menjalankan GAMESS hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.

Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

• Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.

Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti di tengah jalan, Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

• User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
• Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

Kolom Folder Contents melihat isi dari ruang direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.

atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.

Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.