GROMACS

Software GROMACS

GROMACS adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).

Versi yang Tersedia

Versi	Nama Modul	Dukungan Hardware	Partisi
2021.1	gromacs	CPU-GPU, parallel multi-node	epyc, gpu_ampere

Menjalankan Perintah GROMACS di Login Node

Beberapa perintah GROMACS bekerja secara interaktif dan membutuhkan input dari user (contoh: pdb2gmx, grompp) sehingga tidak mungkin dijalankan melalui scheduler SLURM. Beberapa perintah tersebut hanya membutuhkan resource yang kecil dan dapat dilakukan langsung di login node melalui terminal.

Sebelum melakukan perintah-perintah interaktif GROMACS, load module GROMACS:

$ module load gromacs

Lanjutkan dengan melakukan perintah interaktif GROMACS (contoh: pdb2gmx):

$ gmx_mpi pdb2gmx <parameter_input_dan_output>

Perintah-perintah GROMACS yang membutuhkan resource komputasi berat (contoh: mdrun), harus dijalankan melalui SLURM.

SLURM Submission Script

User harus menggunakan Scheduler SLURM untuk menjalankan komputasi GROMACS di Compute Node. User dapat menjalankan GROMACS dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih kencang.

Satu Node

Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.

#!/bin/bash

#SBATCH --ntasks=64
#SBATCH --mem=128GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.err

# MODULE
module load gromacs

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
mpirun -np 64 --mca pml ucx --mca osc ucx gmx_mpi mdrun <parameter_input_dan_output>

Banyak Node

Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.

#!/bin/bash

#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --mem=128GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.err

# MODULE
module load gromacs

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
# Total proses MPI = ntasks per node X nodes
mpirun -np 128 --mca pml ucx --mca osc ucx gmx_mpi mdrun <parameter_input_dan_output>

Akselerasi Satu GPU di GPU Node

User juga dapat menjalankan pekerjaan di GPU node menggunakan resource GPU. Perlu diketahui tidak semua input dan parameter berjalan kencang dengan akselerasi GPU. Harap user dapat menguji terlebih dahulu mdrun-nya dengan nsteps kecil untuk mengetahui peningkatan performa yang bisa diperoleh melalui akselerasi GPU. Perlu diketahui pula akselerasi GPU umumnya hanya bisa berjalan dengan paralelisme OpenMP.

Biasanya, GROMACS mdrun tidak memerlukan parameter tambahan untuk menjalankan akselerasi GPU. Namun dalam beberapa kasus, optimasi menggunakan parameter tambahan bisa berpengaruh positif ke kecepatan komputasi. Referensi mengenai parameter akselerasi GPU lanjutan (-nb, -bonded, -pme) dapat dibaca di laman Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation dan Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog.

Berikut adalah contoh SLURM script dengan penggunaan 1 GPU (32 proses OpenMP).

#!/bin/bash

#SBATCH --partition=gpu_ampere
#SBATCH --ntasks=32
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --mem=48GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.err

# MODULE
module load gromacs

# RUN COMMAND
# Definisikan jumlah thread OpenMP menyesuaikan ntasks
export OMP_NUM_THREADS=32
gmx_mpi mdrun <parameter_input_dan_output>

Akselerasi Banyak GPU di GPU Node

User dapat menggunakan lebih dari satu GPU dengan paralelisme MPI yang digabungkan dengan paralelisme OpenMP. Sangat dianjurkan untuk hanya menggunakan 1 proses MPI per unit GPU untuk mencegah penurunan performa. Perlu diperhatikan bahwa GROMACS dengan gabungan paralelisme MPI dan OpenMP hanya bisa berjalan dengan maksimal 6 proses OpenMP.

Berikut adalah contoh SLURM script dengan penggunaan 2 GPU (2 proses MPI * 4 proses OpenMP).

#!/bin/bash

#SBATCH --partition=gpu_ampere
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --gres=gpu:2
#SBATCH --mem=48GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.err

# MODULE
module load gromacs

# PERINTAH SPESIFIK UNTUK OPENMPI DI PARTITION gpu_ampere
# Tanpa unset, proses MPI tidak akan berjalan di partition gpu_ampere
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES

# RUN COMMAND
# Definisikan jumlah thread OpenMP
# Jumlah ntasks maksimal = proses MPI * proses OpenMP
# Pada contoh ini digunakan 8 tasks = 2 proses MPI * 4 proses OpenMP
export OMP_NUM_THREADS=4
mpirun -np 2 --mca pml ucx --mca osc ucx gmx_mpi mdrun <parameter_input_dan_output>