GROMACS

Deskripsi

GROMACS adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).

Versi yang Tersedia

Versi	Nama Modul	Dukungan MPI	Dukungan Hardware	Partisi
2021.1	gromacs	Hybrid MPI/OMP	CPU-GPU parallel multi-node	epyc gpu_ampere

Menjalankan GROMACS

User menjalankan GROMACS di Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

---

1. Memilih template GROMACS

Pilih New Jobs > From Template kemudian user memilih template untuk menjalankan GROMACS. Pilih template GROMACS yang dibutuhkan, isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

Template GROMACS yang tersedia
GROMACS (CPU) - Standard Template Template standar menjalankan GROMACS di Compute Node CPU.
GROMACS dengan 1 GPU Menjalankan GROMACS dengan bantuan akselerasi 1 GPU.
GROMACS dengan 2 GPU Menjalankan GROMACS dengan bantuan akselerasi 2 GPU.

---

2. Mempersiapkan file input dan menjalankan interaktif GROMACS

• User dapat melakukan manajemen file seperti upload input file, editing input file, rename, dll melalui menu Edit Files.

• Beberapa perintah GROMACS bekerja secara interaktif dan membutuhkan input dari user (contoh: pdb2gmx, grompp) sehingga harus dijalankan via terminal melalui menu Open Terminal.
  • Muat modul GROMACS untuk mengaktifkan software GROMACS:
  • Lanjutkan dengan melakukan perintah interaktif GROMACS (contoh: pdb2gmx):

$ module load gromacs
$ gmx_mpi pdb2gmx <parameter_input_dan_output>

---

3. Melengkapi Submit Script Template

Submit Script adalah set perintah untuk menjalankan program user ke Compute Node melalui manajemen SLURM. User perlu melengkapi script template supaya program GROMACS dapat berjalan melalui menu Open Editor.

• User dapat memahami script dan mengikuti instruksi melalui penjelasan di deretan comment script template.
• Panduan lengkap untuk mengisi Submit Script dengan benar pada ALELEON Supercomputer:

---

4. Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job tersebut dengan menekan tombol Submit.

Perhatikan kolom Status pada job tersebut. User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. Berikut adalah daftar Status yang terjadi:

Status jalannya Job

Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan
Running	Job berjalan
Queue	Job mengantri dan belum berjalan
Completed	Job selesai berjalan
Failed	Job berhenti di tengah berjalan. Bisa karena di Stop atau Delete oleh user atau server tiba-tiba mati.

Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

5. Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai berjalan, user dapat melihat hasil file yang dihasilkan melalui Edit Pages atau melihat secara cepat pada kolom Folder Contents.

---

6. Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang job pada ruang job yang sama (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Akselerasi GPU di GROMACS

User dapat menjalankan GROMACS dengan bantuan akselerasi GPU di Compute Node GPU. Perlu diketahui tidak semua input dan parameter berjalan kencang dengan akselerasi GPU.

• Harap user dapat menguji terlebih dahulu mdrun-nya dengan nsteps kecil untuk mengetahui peningkatan performa yang bisa diperoleh melalui akselerasi GPU.
• Perhatikan bahwa pengujian tersebut menggunakan kredit CPU Core Hour dan GPU Hour user.

Biasanya, GROMACS mdrun tidak memerlukan parameter tambahan untuk menjalankan akselerasi GPU. Namun dalam beberapa kasus, optimasi menggunakan parameter tambahan bisa berpengaruh positif ke kecepatan komputasi. Referensi mengenai parameter akselerasi GPU lanjutan (-nb, -bonded, -pme) dapat dibaca di laman Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation dan Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog.

---

Ikuti Arahan Template

User disarankan untuk tidak mengubah parameter CPU, GPU, RAM, OMP, dan perintah mdrun pada template karena telah dirancang untuk berjalan optimal di Compute Node GPU ALELEON Supercomputer.