GROMACS
Software GROMACS
GROMACS adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).
Versi yang Tersedia
Versi | Nama Modul | Dukungan Hardware | Partisi |
---|---|---|---|
2021.1 | gromacs | CPU-GPU, parallel multi-node | epyc, gpu_ampere |
Menjalankan Perintah GROMACS di Login Node
Beberapa perintah GROMACS bekerja secara interaktif dan membutuhkan input dari user (contoh: pdb2gmx, grompp) sehingga tidak mungkin dijalankan melalui scheduler SLURM. Beberapa perintah tersebut hanya membutuhkan resource yang kecil dan dapat dilakukan langsung di login node melalui terminal.
Sebelum melakukan perintah-perintah interaktif GROMACS, load module GROMACS:
$ module load gromacs
Lanjutkan dengan melakukan perintah interaktif GROMACS (contoh: pdb2gmx):
$ gmx_mpi pdb2gmx <parameter_input_dan_output>
Perintah-perintah GROMACS yang membutuhkan resource komputasi berat (contoh: mdrun), harus dijalankan melalui SLURM.
SLURM Submission Script
User harus menggunakan Scheduler SLURM untuk menjalankan komputasi GROMACS di Compute Node. User dapat menjalankan GROMACS dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih kencang.
Satu Node
Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.
#!/bin/bash #SBATCH --ntasks=64 #SBATCH --mem=128GB #SBATCH --time=10:00:00 #SBATCH --output=result-%j.out #SBATCH --error=result-%j.err # MODULE module load gromacs # RUN COMMAND # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX mpirun -np 64 --mca pml ucx --mca osc ucx gmx_mpi mdrun <parameter_input_dan_output>
Banyak Node
Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.
#!/bin/bash #SBATCH --nodes=2 #SBATCH --ntasks-per-node=64 #SBATCH --mem=128GB #SBATCH --time=10:00:00 #SBATCH --output=result-%j.out #SBATCH --error=result-%j.out # MODULE module load gromacs # RUN COMMAND # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX # Total proses MPI = ntasks per node X nodes mpirun -np 128 --mca pml ucx --mca osc ucx gmx_mpi mdrun <parameter_input_dan_output>