GROMACS
Deskripsi
GROMACS adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).
Versi yang Tersedia
| Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware | Partisi |
|---|---|---|---|
| 2021.1 (CPU) | Pure MPI | CPU, multi-node | epyc |
| 2021.1 (GPU) | Hybrid MPI/OMP | CPU-GPU, single-node | gpu_ampere |
Menjalankan GROMACS
User menjalankan GROMACS pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer:
1. Memilih template GROMACS
- Klik New Jobs > From Template
- Pilih template GROMACS yang dibutuhkan
- Isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.
---
| Nama Template | Penjelasan |
|---|---|
| GROMACS 2021.1 (CPU) | GROMACS 2020.01 versi CPU |
| GROMACS 2021.1 dengan 1 GPU | Jalan dengan akselerasi 1 GPU |
| GROMACS 2021.1 dengan 2 GPU | Jalan dengan akselerasi 2 GPU |
---
2. Mempersiapkan file input dan menjalankan interaktif GROMACS
- User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input melalui menu Edit Files.
- Beberapa perintah GROMACS bekerja secara interaktif dan membutuhkan input dari user (contoh: pdb2gmx, grompp) sehingga harus dijalankan via terminal melalui menu Open Terminal.
- Muat modul GROMACS untuk mengaktifkan software GROMACS:
- Lanjutkan dengan melakukan perintah interaktif GROMACS (contoh: pdb2gmx):
$ module load gromacs $ gmx_mpi pdb2gmx <parameter_input_dan_output>
---
3. Melengkapi Submit Script Template
Submit Script adalah set perintah untuk menjalankan program user ke Compute Node melalui manajemen SLURM. User perlu melengkapi script template supaya program GROMACS dapat berjalan melalui menu Open Editor.
- User dapat memahami script dan mengikuti instruksi melalui penjelasan di deretan comment script template.
- Panduan lengkap untuk mengisi Submit Script dengan benar pada ALELEON Supercomputer:
---
3B. Menjalankan GROMACS (CPU) Multi-Node (>128 core thread CPU)
GROMACS versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:
| MPI ALELEON Supercomputer |
|---|
---
4. Menjalankan Job
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job tersebut dengan menekan tombol Submit.
Perhatikan kolom Status pada job tersebut. User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. Berikut adalah daftar Status yang terjadi:
| Status | Arti |
|---|---|
| Not Submitted | Job belum pernah dijalankan |
| Running | Job berjalan |
| Queue | Job mengantri dan belum berjalan |
| Completed | Job selesai berjalan |
| Failed | Job berhenti di tengah berjalan.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user atau server tiba-tiba mati. |
Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.
---
5. Melihat hasil job yang selesai
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
---
6. Submit ulang job
User dapat menjalankan ulang job pada ruang job yang sama (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.
Akselerasi GPU di GROMACS
User dapat menjalankan GROMACS dengan bantuan akselerasi GPU di Compute Node GPU. Perlu diketahui tidak semua input dan parameter berjalan kencang dengan akselerasi GPU.
- Harap user dapat menguji terlebih dahulu mdrun-nya dengan nsteps kecil untuk mengetahui peningkatan performa yang bisa diperoleh melalui akselerasi GPU.
- Perhatikan bahwa pengujian tersebut menggunakan kredit CPU Core Hour dan GPU Hour user.
Biasanya, GROMACS mdrun tidak memerlukan parameter tambahan untuk menjalankan akselerasi GPU. Namun dalam beberapa kasus, optimasi menggunakan parameter tambahan bisa berpengaruh positif ke kecepatan komputasi. Referensi mengenai parameter akselerasi GPU lanjutan (-nb, -bonded, -pme) dapat dibaca di laman:
- Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation
- Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog.
---
Ikuti Arahan Template
User disarankan untuk tidak mengubah parameter CPU, GPU, RAM, OMP, dan perintah mdrun pada template karena telah dirancang untuk berjalan optimal di Compute Node GPU ALELEON Supercomputer.
