Jupyter Notebook

Jupyter Notebook adalah salah satu komponen dari koleksi Jupyter sains data interaktif dan alat-alat komputasi saintifik. Ia biasa digunakan di komputer lokal dengan menggunakan instalasi Python (umumnya Anaconda) namun bisa juga memanfaatkan sumber daya memori maupun CPU yang tersebdia di compute node di HPC ALELEON Mk. II.

Laman ini bukan merupakan perkenalan Jupyter Notebook namun hanya menjelaskan mengenai bagaimana cara mempersiapkan environment Jupyter Notebook di HPC ALELEON Mk. II dan menjalankannya secara interaktif melalui scheduler SLURM.

Syarat: Login SSH Menggunakan PuTTY

User harus login menggunakan PuTTY karena Jupyter Notebook nantinya membutuhkan port forwarding untuk menyambungkan interface Jupyter Notebook ke perangkat user. Tutorial login SSH menggunakan PuTTY dapat dibaca di Panduan Pemula Login SSH#Melalui Software PuTTY.

Persiapan: Membuat Virtual Environment Menggunakan Anaconda

User harus mempersiapkan virtual environment Anaconda dan menjalankan Jupyter Notebook di dalam virtual environment tersebut.

Sebelum membuat virtual environment, user perlu melakukan load module Anaconda dengan perintah:

$ module load Anaconda3

Setelah itu user dapat mendefinisikan direktori virtual environment ke dalam variabel VE_DIR:

$ export VE_DIR=/work/<user>/<dir>

Buat virtual environment dengan perintah conda create :

$ conda create --prefix $VE_DIR

Mengaktifkan dan Menonaktifkan Virtual Environment

Sebelum mengaktifkan virtual environment, user perlu melakukan load module Anaconda:

$ module load Anaconda3

User dapat mengaktifkan virtual environment dengan perintah source activate:

$ source activate $VE_DIR

Atau apabila user belum mendefinisikan VE_DIR:

$ source activate /work/<user>/<dir>

Untuk menonaktifkan Virtual Environment, user dapat menggunakan perintah:

$ conda deactivate

Instalasi Jupyter Notebook

Sebelum menginstall Jupyter Notebook, pastikan virtual environment sudah aktif. Install Jupyter Notebook dengan perintah conda install:

$ conda install jupyter

Script SLURM Interaktif untuk Jupyter Notebook

#!/bin/bash

# LOAD MODULE YANG DIBUTUHKAN, MISAL module load Anaconda3 cuda R 
module load Anaconda3

# AKTIFKAN VIRTUAL ENVIRONMENT
export VE_DIR=/work/<user>/<dir>
source activate $VE_DIR

# PENYESUAIAN BERBAGAI DIREKTORI UNTUK MENJALANKAN JUPYTER NOTEBOOK
unset XDG_RUNTIME_DIR
export JUPYTER_RUNTIME_DIR=$VE_DIR/workdir/runtime
export JUPYTER_DATA_DIR=$VE_DIR/workdir/data
export JUPYTER_CONFIG_DIR=$VE_DIR/workdir/config

# MENGATUR INTERRUPT KE CTRL-T dari CTRL-C
echo "done."
echo "*** Setting Jupyter interrupt character to Ctrl-T instead of Ctrl-C"
echo "*** to avoid conflicts with Slurm."
stty intr ^T
echo ""

# MENULISKAN HOSTNAME KE TERMINAL
echo "*** Starting Jupyter on: " $(hostname)
which jupyter
jupyter notebook --no-browser --ip='0.0.0.0' # earlier versions of Jupyter allowed '*' instead of '0.0.0.0'