Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi
LSlowmotion (bicara | kontrib) (→Daftar Software Komputasi: Add PHASE/0) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (paraphrasing major untuk layanan instalasi software) |
||
Baris 1: | Baris 1: | ||
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II | Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus. | ||
== ''' | == '''Layanan Gratis Instalasi Software''' == | ||
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. '''Layanan instalasi tersebut mencakup:''' | |||
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II | * Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II. | ||
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut. | |||
* Membuat [[Module Environment|'''module environment''']] untuk software tersebut. | |||
* Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II. | |||
'''Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:''' | |||
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II. | |||
* Tidak terdapat lisensi berbayar. | * Tidak terdapat lisensi berbayar. | ||
* Software diinstal secara global dan dapat diakses oleh semua user. | |||
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email: | |||
'''support@efisonlt.com''' | |||
== '''Instalasi Software Mandiri''' == | |||
User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori HOME masing-masing dimana dapat dijalankan via [[Manajemen SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] ke Compute Node. | |||
Parent folder untuk instalasi adalah: | |||
'''$HOME''' | |||
// atau: | |||
'''/work/<user>''' | |||
== '''Daftar Software Komputasi''' == | =='''Daftar Software Komputasi (Global)'''== | ||
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik. | Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik. | ||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
Baris 22: | Baris 34: | ||
![[Module Environment|Nama Modul]] | ![[Module Environment|Nama Modul]] | ||
!Dukungan Hardware | !Dukungan Hardware | ||
!Dukungan MPI | |||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
Baris 28: | Baris 41: | ||
|gromacs | |gromacs | ||
|CPU - GPU, parallel multi-node | |CPU - GPU, parallel multi-node | ||
|Hybrid MPI/OMP | |||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
Baris 34: | Baris 48: | ||
|nwchem | |nwchem | ||
|CPU - GPU, parallel multi-node | |CPU - GPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
Baris 40: | Baris 55: | ||
|qe | |qe | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |||
|- | |- | ||
|Statistika | |Statistika | ||
Baris 46: | Baris 62: | ||
|R | |R | ||
|CPU, single-node | |CPU, single-node | ||
| - | |||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
Baris 52: | Baris 69: | ||
|gamess | |gamess | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
Baris 58: | Baris 76: | ||
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX | |namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
Baris 64: | Baris 83: | ||
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 | |namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 | ||
|CPU - GPU, single-node | |CPU - GPU, single-node | ||
|Pure MPI | |||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
Baris 70: | Baris 90: | ||
|orca | |orca | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |||
|- | |- | ||
|Machine Learning | |Machine Learning | ||
Baris 76: | Baris 97: | ||
| - | | - | ||
|CPU & GPU | |CPU & GPU | ||
| - | |||
|- | |- | ||
|IDE | |IDE | ||
Baris 82: | Baris 104: | ||
| - | | - | ||
|CPU & GPU | |CPU & GPU | ||
| - | |||
|- | |- | ||
|Pemodelan Tsunami | |Pemodelan Tsunami | ||
Baris 88: | Baris 111: | ||
|comcot/1.7gpu | |comcot/1.7gpu | ||
|CPU - GPU, single-node | |CPU - GPU, single-node | ||
| - | |||
|- | |- | ||
|Pemodelan Tsunami | |Pemodelan Tsunami | ||
Baris 94: | Baris 118: | ||
|comcot/1.7cpu | |comcot/1.7cpu | ||
|CPU, single-node | |CPU, single-node | ||
| - | |||
|- | |- | ||
|Fisika Komputasi | |Fisika Komputasi | ||
Baris 100: | Baris 125: | ||
|phase0 | |phase0 | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|Pure MPI | |||
|} | |} | ||
Revisi per 13 September 2021 07.33
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.
Layanan Gratis Instalasi Software
Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Layanan instalasi tersebut mencakup:
- Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II.
- Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
- Membuat module environment untuk software tersebut.
- Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II.
Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:
- Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II.
- Tidak terdapat lisensi berbayar.
- Software diinstal secara global dan dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com
Instalasi Software Mandiri
User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori HOME masing-masing dimana dapat dijalankan via manajemen SLURM ke Compute Node.
Parent folder untuk instalasi adalah:
$HOME // atau: /work/<user>
Daftar Software Komputasi (Global)
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
Bidang | Software dan
Tutorial Penggunaan |
Versi | Nama Modul | Dukungan Hardware | Dukungan MPI |
---|---|---|---|---|---|
Kimia Komputasi | GROMACS | 2021.1 | gromacs | CPU - GPU, parallel multi-node | Hybrid MPI/OMP |
Kimia Komputasi | NWChem | 7.0.2 | nwchem | CPU - GPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | Quantum ESPRESSO | 6.7 | qe | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Statistika | R | 4.0.4 | R | CPU, single-node | - |
Kimia Komputasi | GAMESS | 2020.2 | gamess | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | NAMD (CPU) | 2.14 | namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | NAMD (GPU) | 2.14 | namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 | CPU - GPU, single-node | Pure MPI |
Kimia Komputasi | ORCA | 4.2.1 | orca | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Machine Learning | Tensorflow dengan Anaconda | - | - | CPU & GPU | - |
IDE | Jupyter Notebook | - | - | CPU & GPU | - |
Pemodelan Tsunami | COMCOT (GPU) | 1.7 | comcot/1.7gpu | CPU - GPU, single-node | - |
Pemodelan Tsunami | COMCOT (CPU) | 1.7 | comcot/1.7cpu | CPU, single-node | - |
Fisika Komputasi | PHASE/0 | 2020.01 | phase0 | CPU, parallel multi-node | Pure MPI |
Daftar Compiler
Kategori | Compiler | Versi dan optimasi | Nama Modul |
---|---|---|---|
C/C++/Fortran | GNU GCC (default OS) | 9.3.1 RHEL | - (default OS) |
C/C++/Fortran | GNU GCC | 10.2.0 | GCC/10.2.0 |
C/C++/Fortran | GNU GCC | 8.4.0 | GCC/8.4.0 |
MPI | OpenMPI | 4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II | openmpi |
CUDA C/C++ | NVIDIA CUDA Compiler | 11.2 | cuda |
Daftar Library Matematika
Kategori | Library | Versi dan optimasi | Nama Modul |
---|---|---|---|
BLAS | OpenBLAS | 0.3.13, TARGET=ZEN | openblas |
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 | Intel MKL | 2021.1.0.2659 | oneapi |
Accelerator math library | AMD LibM | 3.6 AOCL 2.2 | LibM |
BLAS | AMD BLIS | 3.0 AOCL | blis |
FFTW3 | AMD FFTW | 3.0 AOCL | fftw |
LAPACK | AMD libFLAME | 3.0 AOCL | libflame |
LAPACK | Netlib LAPACK | 3.9, LibFLAME optimized | lapack |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK | 2.1, LibFLAME optimized | scalapack |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK | 2.1, LAPACK optimized | scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10 |
Eigenvalue Solvers | ELPA | 2020.11, Intel MKL + CUDA supported | elpa |
Eigenvalue Solvers | ELPA | 2018.11, Intel MKL + CUDA supported | elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.
Daftar Software NVIDIA
Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
---|---|---|---|
CUDA Toolkit | NVIDIA CUDA & cuDNN | 11.2 & 8.1.1 | cuda |
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
Daftar Software Python
Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
---|---|---|---|
Python intepreter | Python2 | 2.7.5 | - (default OS) |
Python intepreter | Python3 | 3.6 | - (default OS) |
Python intepreter | Python3 | 3.8.6 | Python |
Python & R distribution | Anaconda 3 | 2020.11 (Python default 3.8.5) | Anaconda3/2020.11 |
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.