Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(paraphrasing major untuk layanan instalasi software)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II untuk user termasuk tautan tutorial untuk software komputasi. Pengguna dapat menggunakan semua katalog software di HPC Aleleon Mk.II dengan [[Module Environment]].
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.  


== '''Permohonan Instalasi Software''' ==
== '''Layanan Gratis Instalasi Software''' ==
User dapat mengajukan permohonan ke admin EFISON apabila membutuhkan set software yang belum terinstal di HPC Aleleon Mk.II melalui email '''support@efisonlt.com.''' '''Tidak terdapat biaya untuk permohonan instalasi software beserta optimasinya'''. Adapun persyaratan untuk bantuan instalasi software adalah:
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. '''Layanan instalasi tersebut mencakup:'''  


* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II dan [[Scheduler SLURM Aleleon|scheduler SLURM]].
* Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II.
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
* Membuat [[Module Environment|'''module environment''']] untuk software tersebut.
* Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II.
 
'''Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:'''
 
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II.
* Tidak terdapat lisensi berbayar.
* Tidak terdapat lisensi berbayar.
* Software diinstal secara global dan dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email:
'''support@efisonlt.com'''


Admin EFISON akan memastikan semua software untuk berjalan dengan efisien dan optimal di sistem HPC Aleleon Mk.II dengan pedoman:
== '''Instalasi Software Mandiri''' ==
User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori HOME masing-masing dimana dapat dijalankan via [[Manajemen SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] ke Compute Node.


* Optimasi berdasarkan spesifikasi Compute Node (AMD EPYC untuk CPU node / NVIDIA Ampere untuk GPU node).
Parent folder untuk instalasi adalah:
* Software komputasi paralel akan diatur menggunakan protokol network RoCE / UCX untuk performa skalabilitas yang lebih baik.
'''$HOME'''
User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori $HOME masing-masing dimana dapat dijalankan via scheduler SLURM ke Compute Node.
// atau:
'''/work/<user>'''


== '''Daftar Software Komputasi''' ==
=='''Daftar Software Komputasi (Global)'''==
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
Baris 22: Baris 34:
![[Module Environment|Nama Modul]]
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
!Dukungan MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
Baris 28: Baris 41:
|gromacs
|gromacs
|CPU - GPU, parallel multi-node
|CPU - GPU, parallel multi-node
|Hybrid MPI/OMP
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
Baris 34: Baris 48:
|nwchem
|nwchem
|CPU - GPU, parallel multi-node
|CPU - GPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
Baris 40: Baris 55:
|qe
|qe
|CPU, parallel multi-node
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Statistika
|Statistika
Baris 46: Baris 62:
|R
|R
|CPU, single-node
|CPU, single-node
| -
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
Baris 52: Baris 69:
|gamess
|gamess
|CPU, parallel multi-node
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
Baris 58: Baris 76:
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX
|CPU, parallel multi-node
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
Baris 64: Baris 83:
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11
|CPU - GPU, single-node
|CPU - GPU, single-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
Baris 70: Baris 90:
|orca
|orca
|CPU, parallel multi-node
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Machine Learning
|Machine Learning
Baris 76: Baris 97:
| -
| -
|CPU & GPU  
|CPU & GPU  
| -
|-
|-
|IDE
|IDE
Baris 82: Baris 104:
| -
| -
|CPU & GPU
|CPU & GPU
| -
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|Pemodelan Tsunami
Baris 88: Baris 111:
|comcot/1.7gpu
|comcot/1.7gpu
|CPU - GPU, single-node
|CPU - GPU, single-node
| -
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|Pemodelan Tsunami
Baris 94: Baris 118:
|comcot/1.7cpu
|comcot/1.7cpu
|CPU, single-node
|CPU, single-node
| -
|-
|-
|Fisika Komputasi
|Fisika Komputasi
Baris 100: Baris 125:
|phase0
|phase0
|CPU, parallel multi-node
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|}
|}


Revisi per 13 September 2021 07.33

Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.

Layanan Gratis Instalasi Software

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Layanan instalasi tersebut mencakup:

  • Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II.
  • Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
  • Membuat module environment untuk software tersebut.
  • Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II.

Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:

  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II.
  • Tidak terdapat lisensi berbayar.
  • Software diinstal secara global dan dapat diakses oleh semua user.

User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com

Instalasi Software Mandiri

User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori HOME masing-masing dimana dapat dijalankan via manajemen SLURM ke Compute Node.

Parent folder untuk instalasi adalah: 

$HOME
// atau:
/work/<user>

Daftar Software Komputasi (Global)

Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.

Bidang Software dan

Tutorial Penggunaan

Versi Nama Modul Dukungan Hardware Dukungan MPI
Kimia Komputasi GROMACS 2021.1 gromacs CPU - GPU, parallel multi-node Hybrid MPI/OMP
Kimia Komputasi NWChem 7.0.2 nwchem CPU - GPU, parallel multi-node Pure MPI
Kimia Komputasi Quantum ESPRESSO 6.7 qe CPU, parallel multi-node Pure MPI
Statistika R 4.0.4 R CPU, single-node -
Kimia Komputasi GAMESS 2020.2 gamess CPU, parallel multi-node Pure MPI
Kimia Komputasi NAMD (CPU) 2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX CPU, parallel multi-node Pure MPI
Kimia Komputasi NAMD (GPU) 2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 CPU - GPU, single-node Pure MPI
Kimia Komputasi ORCA 4.2.1 orca CPU, parallel multi-node Pure MPI
Machine Learning Tensorflow dengan Anaconda - - CPU & GPU -
IDE Jupyter Notebook - - CPU & GPU -
Pemodelan Tsunami COMCOT (GPU) 1.7 comcot/1.7gpu CPU - GPU, single-node -
Pemodelan Tsunami COMCOT (CPU) 1.7 comcot/1.7cpu CPU, single-node -
Fisika Komputasi PHASE/0 2020.01 phase0 CPU, parallel multi-node Pure MPI

Daftar Compiler

Kategori Compiler Versi dan optimasi Nama Modul
C/C++/Fortran GNU GCC (default OS) 9.3.1 RHEL - (default OS)
C/C++/Fortran GNU GCC 10.2.0 GCC/10.2.0
C/C++/Fortran GNU GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
MPI OpenMPI 4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II openmpi
CUDA C/C++ NVIDIA CUDA Compiler 11.2 cuda

Daftar Library Matematika

Kategori Library Versi dan optimasi Nama Modul
BLAS OpenBLAS 0.3.13, TARGET=ZEN openblas
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 Intel MKL 2021.1.0.2659 oneapi
Accelerator math library AMD LibM 3.6 AOCL 2.2 LibM
BLAS AMD BLIS 3.0 AOCL blis
FFTW3 AMD FFTW 3.0 AOCL fftw
LAPACK AMD libFLAME 3.0 AOCL libflame
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, LibFLAME optimized lapack
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, LibFLAME optimized scalapack
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, LAPACK optimized scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
Eigenvalue Solvers ELPA 2020.11, Intel MKL + CUDA supported elpa
Eigenvalue Solvers ELPA 2018.11, Intel MKL + CUDA supported elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.

Daftar Software NVIDIA

Kategori Software Versi Nama Modul
CUDA Toolkit NVIDIA CUDA & cuDNN 11.2 & 8.1.1 cuda

Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.

Daftar Software Python

Kategori Software Versi Nama Modul
Python intepreter Python2 2.7.5 - (default OS)
Python intepreter Python3 3.6 - (default OS)
Python intepreter Python3 3.8.6 Python
Python & R distribution Anaconda 3 2020.11 (Python default 3.8.5) Anaconda3/2020.11

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=223"