Katalog Software ALELEON Supercomputer

Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.

Layanan Gratis Instalasi Software

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Layanan instalasi tersebut mencakup:

• Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II.
• Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
• Membuat module environment untuk software tersebut.
• Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II.

Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:

• Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II.
• Tidak terdapat lisensi berbayar.
• Software diinstal secara global dan dapat diakses oleh semua user.

User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

Instalasi Software Mandiri

User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori HOME masing-masing dimana dapat dijalankan via manajemen SLURM ke Compute Node.

Parent folder untuk instalasi adalah:

$HOME
// atau:
/work/<user>

Daftar Software Komputasi (Global)

Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.

Bidang	Software dan Tutorial Penggunaan	Versi	Nama Modul	Dukungan Hardware	Dukungan MPI
Kimia Komputasi	GROMACS	2021.1	gromacs	CPU - GPU, parallel multi-node	Hybrid MPI/OMP
Kimia Komputasi	NWChem	7.0.2	nwchem	CPU - GPU, parallel multi-node	Pure MPI
Kimia Komputasi	Quantum ESPRESSO	6.7	qe	CPU, parallel multi-node	Pure MPI
Statistika	R	4.0.4	R	CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node	Ya melalui RMPI.
Kimia Komputasi	GAMESS	2020.2	gamess	CPU, parallel multi-node	Pure MPI
Kimia Komputasi	NAMD (CPU)	2.14	namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX	CPU, parallel multi-node	Pure MPI
Kimia Komputasi	NAMD (GPU)	2.14	namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11	CPU - GPU, single-node	Pure MPI
Kimia Komputasi	ORCA	4.2.1	orca	CPU, parallel multi-node	Pure MPI
Machine Learning	Tensorflow dengan Anaconda	-	-	CPU & GPU	-
IDE	Jupyter Notebook	-	-	CPU & GPU	-
Pemodelan Tsunami	COMCOT (GPU)	1.7	comcot/1.7gpu	CPU - GPU, single-node	-
Pemodelan Tsunami	COMCOT (CPU)	1.7	comcot/1.7cpu	CPU, single-node	-
Fisika Komputasi	PHASE/0	2020.01	phase0	CPU, parallel multi-node	Pure MPI

Daftar Compiler

Kategori	Compiler	Versi dan optimasi	Nama Modul
C/C++/Fortran	GNU GCC (default OS)	9.3.1 RHEL	- (default OS)
C/C++/Fortran	GNU GCC	10.2.0	GCC/10.2.0
C/C++/Fortran	GNU GCC	8.4.0	GCC/8.4.0
MPI	OpenMPI	4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II	openmpi
CUDA C/C++	NVIDIA CUDA Compiler	11.2	cuda

Daftar Library Matematika

Kategori	Library	Versi dan optimasi	Nama Modul
BLAS	OpenBLAS	0.3.13, TARGET=ZEN	openblas
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3	Intel MKL	2021.1.0.2659	oneapi
Accelerator math library	AMD LibM	3.6 AOCL 2.2	LibM
BLAS	AMD BLIS	3.0 AOCL	blis
FFTW3	AMD FFTW	3.0 AOCL	fftw
LAPACK	AMD libFLAME	3.0 AOCL	libflame
LAPACK	Netlib LAPACK	3.9, LibFLAME optimized	lapack
scaLAPACK	Netlib ScaLAPACK	2.1, LibFLAME optimized	scalapack
scaLAPACK	Netlib ScaLAPACK	2.1, LAPACK optimized	scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
Eigenvalue Solvers	ELPA	2020.11, Intel MKL + CUDA supported	elpa
Eigenvalue Solvers	ELPA	2018.11, Intel MKL + CUDA supported	elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.

Daftar Software NVIDIA

Kategori	Software	Versi	Nama Modul
CUDA Toolkit	NVIDIA CUDA & cuDNN	11.2 & 8.1.1	cuda

Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.

Daftar Software Python

Kategori	Software	Versi	Nama Modul
Python intepreter	Python2	2.7.5	- (default OS)
Python intepreter	Python3	3.6	- (default OS)
Python intepreter	Python3	3.8.6	Python
Python & R distribution	Anaconda 3	2020.11 (Python default 3.8.5)	Anaconda3/2020.11

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.