Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Daftar Software Komputasi (Global): Tambah link ke Jupyter Notebook)
(Rephrase many modules, softwares, and libraries)
Baris 129: Baris 129:
|Fisika Komputasi
|Fisika Komputasi
|'''[[PHASE/0]]'''
|'''[[PHASE/0]]'''
|2020.01
|2021.01
2021.01
|'''phase0'''
|'''phase0'''
|CPU, parallel multi-node
|CPU, parallel multi-node
Baris 150: Baris 149:
|GNU GCC  
|GNU GCC  
|8.4.0
|8.4.0
10.2.0
11.2.0
|'''GCC/8.4.0'''
|'''GCC/8.4.0'''
'''GCC/10.2.0'''
|-
 
|C/C++/Fortran
'''GCC/11.2.0'''
|GNU GCC
|10.2.0
|'''GCC/10.2.0'''  
|-
|C/C++/Fortran
|GNU GCC
|11.2.0
|'''GCC/11.2.0'''
|-
|MPI
|OpenMPI
|4.0.5 built with GCC 9.3.0
|'''OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0'''
|-
|-
|MPI
|MPI
|OpenMPI
|OpenMPI
|4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II
|4.1.0 built with GCC 10.2.0
|'''openmpi'''
|'''openmpi'''
|-
|MPI
|OpenMPI
|4.1.1 built with GCC 11.2.0
|'''OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0'''
|-
|-
|CUDA C/C++
|CUDA C/C++
Baris 181: Baris 194:
|-
|-
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|Intel MKL
|OneAPI MKL
|2021.1.0.2659
|2021.1.0.2659
2021.3.0.3219
|'''oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly'''
|'''oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly'''
'''oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly'''
|-
|-
|Accelerator math library
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|OneAPI MKL
|2021.3.0.3219
|'''oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly'''
|-
|Accelerated math library
|AMD LibM
|AMD LibM
|3.6 AOCL 2.2
|3.6 AOCL 2.2
3.7
|'''LibM/3.6-AOCL2.2-GCC'''
|'''LibM/3.6-AOCL2.2-GCC'''
'''LibM/3.7-GCC11'''
|-
|Accelerated math library
|AMD LibM
|3.7
|'''LibM/3.7-GCC11'''
|-
|-
|BLAS
|BLAS
|AMD BLIS  
|AMD BLIS
|3.0 AOCL
|3.0 AOCL
3.0.1 AOCL
|'''blis/3.0-AOCL-GCC10'''
|'''blis/3.0-AOCL-GCC10'''
'''blis/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|-
|BLAS
|AMD BLIS
|3.0.1 AOCL
|'''blis/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|-
|-
|FFTW3
|FFTW3
|AMD FFTW
|AMD FFTW
|3.0 AOCL
|3.0 AOCL
3.0.1 AOCL
|'''fftw/3.0-AOCL-GCC10'''
|'''fftw/3.0-AOCL-GCC10'''
'''fftw/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|-
|FFTW3
|AMD FFTW
|3.0.1 AOCL
|'''fftw/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|AMD libFLAME
|AMD libFLAME
|3.0 AOCL
|3.0 AOCL
3.0.1 AOCL
|'''libflame/3.0-AOCL-GCC10'''
|'''libflame/3.0-AOCL-GCC10'''
'''libflame/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|Netlib LAPACK  
|AMD libFLAME
|3.9, LibFLAME optimized
|3.0.1 AOCL
|'''lapack'''
|'''libflame/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|-
|LAPACK
|Netlib LAPACK
|3.9, linked with BLIS 3.0 AOCL
|'''lapack/3.9-BLIS-GCC10'''
|-
|LAPACK
|Netlib LAPACK
|3.10, linked with BLIS 3.0.1 AOCL
|'''lapack/3.10-BLIS-GCC10'''
|-
|scaLAPACK
|AMD ScaLAPACK
|3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LibFLAME 3.0.1 AOCL
|'''scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10'''
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
|Netlib ScaLAPACK  
|AMD ScaLAPACK
|2.1, LibFLAME optimized
|3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LAPACK 3.10
|'''scalapack'''
|'''scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10'''
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
|Netlib ScaLAPACK
|Netlib ScaLAPACK
|2.1, LAPACK optimized
|2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LibFLAME 3.0 AOCL
|'''scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10'''
|-
|scaLAPACK
|Netlib ScaLAPACK
|2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LAPACK 3.9
|'''scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10'''
|'''scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10'''
|-
|-
|Eigenvalue Solvers
|Eigenvalue Solvers
|ELPA  
|ELPA
|2020.11, Intel MKL + CUDA supported
|2020.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2
|'''elpa'''
|'''elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
|-
|-
|Eigenvalue Solvers
|Eigenvalue Solvers
|ELPA
|ELPA
|2018.11, Intel MKL + CUDA supported
|2018.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2
|'''elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
|'''elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
|}
|}

Revisi per 27 Oktober 2021 09.11

Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.

Layanan Gratis Instalasi Software

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Layanan instalasi tersebut mencakup:

  • Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II.
  • Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
  • Membuat module environment untuk software tersebut.
  • Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II.

Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:

  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II.
  • Tidak terdapat lisensi berbayar.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.

User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email: 

[email protected]

Menggunakan Software di HPC Aleleon Mk.II

User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui Module Environment. Perhatikan kolom Nama Modul untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.

Instalasi Software Mandiri

User dapat melakukan instalasi software secara mandiri di Login Node dimana dapat digunakan untuk melakukan komputasi di Compute Node melalui manajemen SLURM.

Terdapat dua metode bagi user untuk melakukan instalasi mandiri di Login Node:

Metode dan Tutorial Penjelasan Dukungan Module Environment
Menggunakan Easybuild Easybuild adalah software framework untuk melakukan instalasi software HPC secara otomatis dan efisien. Ya, melalui bawaan Easybuild.
Instalasi manual di HOME Instalasi manual dari user sendiri. Tidak ada secara default, user harus inisiasi PATH atau LIB sendiri.

Daftar Software Komputasi (Global)

Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.

Bidang Software dan

Tutorial Penggunaan

Versi Nama Modul Dukungan Hardware Dukungan MPI
Kimia Komputasi GROMACS 2021.1 gromacs CPU - GPU, parallel multi-node Hybrid MPI/OMP
Kimia Komputasi NWChem 7.0.2 nwchem CPU - GPU, parallel multi-node Pure MPI
Kimia Komputasi Quantum ESPRESSO 6.7 qe CPU, parallel multi-node Pure MPI
Statistika R 4.0.4

4.1.0

R CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node Ya melalui RMPI.
Kimia Komputasi GAMESS 2020.2 gamess CPU, parallel multi-node Pure MPI
Kimia Komputasi NAMD (CPU) 2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX CPU, parallel multi-node Pure MPI
Kimia Komputasi NAMD (GPU) 2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 CPU - GPU, single-node Pure MPI
Kimia Komputasi ORCA 4.2.1 orca CPU, parallel multi-node Pure MPI
Machine Learning Tensorflow dengan Anaconda - - CPU & GPU -
IDE Jupyter Notebook - - CPU & GPU -
Pemodelan Tsunami COMCOT (GPU) 1.7 comcot/1.7gpu CPU - GPU, single-node -
Pemodelan Tsunami COMCOT (CPU) 1.7 comcot/1.7cpu CPU, single-node -
Fisika Komputasi PHASE/0 2021.01 phase0 CPU, parallel multi-node Pure MPI

Daftar Compiler (Global)

Kategori Compiler Versi dan optimasi Nama Modul
C/C++/Fortran GNU GCC (default OS) 9.3.1 RHEL - (default OS)
C/C++/Fortran GNU GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
C/C++/Fortran GNU GCC 10.2.0 GCC/10.2.0
C/C++/Fortran GNU GCC 11.2.0 GCC/11.2.0
MPI OpenMPI 4.0.5 built with GCC 9.3.0 OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
MPI OpenMPI 4.1.0 built with GCC 10.2.0 openmpi
MPI OpenMPI 4.1.1 built with GCC 11.2.0 OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
CUDA C/C++ NVIDIA CUDA Compiler 11.2 cuda

Daftar Library Matematika (Global)

Kategori Library Versi dan optimasi Nama Modul
BLAS OpenBLAS 0.3.13, TARGET=ZEN openblas
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 OneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 OneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
Accelerated math library AMD LibM 3.6 AOCL 2.2 LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Accelerated math library AMD LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
BLAS AMD BLIS 3.0 AOCL blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AMD BLIS 3.0.1 AOCL blis/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AMD FFTW 3.0 AOCL fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AMD FFTW 3.0.1 AOCL fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AMD libFLAME 3.0 AOCL libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AMD libFLAME 3.0.1 AOCL libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked with BLIS 3.0 AOCL lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked with BLIS 3.0.1 AOCL lapack/3.10-BLIS-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LibFLAME 3.0.1 AOCL scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LAPACK 3.10 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LibFLAME 3.0 AOCL scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LAPACK 3.9 scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
Eigenvalue Solvers ELPA 2020.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2 elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
Eigenvalue Solvers ELPA 2018.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2 elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.

Daftar Software NVIDIA (Global)

Kategori Software Versi Nama Modul
CUDA Toolkit NVIDIA CUDA & cuDNN 11.2 & 8.1.1 cuda

Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.

Daftar Software Python (Global)

Kategori Software Versi Nama Modul
Python intepreter Python2 2.7.5 - (default OS)
Python intepreter Python3 3.6 - (default OS)
Python intepreter Python3 3.8.6 Python
Anaconda Anaconda 3 2020.11 (Python default 3.8.5) Anaconda3/2020.11
Anaconda Anaconda 3 2021.05 (Python default 3.8.8) Anaconda3/2021.05

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=276"