Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(Menambah persyaratan bantuan instalasi software)
(Melengkapi list software semua bidang)
Baris 18: Baris 18:
!Software
!Software
!Versi
!Versi
(default)
!Versi
(lainnya)
!Bidang
!Bidang
!Nama Module
!Nama Modul
(versi default)
!Tutorial
!Tutorial
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
Baris 29: Baris 25:
|GROMACS
|GROMACS
|2021.1
|2021.1
| -
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|gromacs
|gromacs
|[link]
|[link]
|CPU, paralel multi-node
|CPU - GPU, parallel multi-node
|-
|-
|NWChem
|NWChem
|7.0.2
|7.0.2
| -
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|nwchem
|nwchem
|[link]
|[link]
|CPU, paralel multi-node
|CPU - GPU, parallel multi-node
|-
|-
|Quantum Espresso
|Quantum Espresso
|6.7
|6.7
| -
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|qe
|qe
|[link]
|[link]
|CPU, paralel multi-node
|CPU, parallel multi-node
|-
|-
|R
|R
|4.0.4
|4.0.4
| -
|Statistika
|Statistika
|R
|R
|[link]
|[link]
|CPU, paralel single-node
|CPU, parallel single-node
|-
|GAMESS
|2020.2
|Kimia Komputasi
|gamess
|[link]
|CPU, parallel multi-node
|}
|}


Baris 63: Baris 62:
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Compiler
!Compiler
!Versi dan optimasi
!Kategori
!Kategori
!Versi
!Nama Modul
(default)
!Versi
(lainnya)
!Nama Module
(versi default)
|-
|-
|GCC (default OS)
|GNU GCC (default OS)
|9.3.1 RHEL
|C/C++/Fortran
|C/C++/Fortran
|9.3.1 RHEL
| -
|(default OS)
|(default OS)
|-
|-
|GCC (custom)
|GNU GCC  
|10.2.0
|C/C++/Fortran
|C/C++/Fortran
|10.2.0
| -
|GCC/10.2.0
|GCC/10.2.0
|-
|-
|OpenMPI
|OpenMPI
|4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II
|MPI
|MPI
|4.1.0
| -
|openmpi
|openmpi
|-
|NVIDIA CUDA Compiler
|11.2
|CUDA C/C++
|cuda
|}
|}


== '''Daftar Library Matematika''' ==
== '''Daftar Library Matematika''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Library
!Versi dan optimasi
!Kategori
!Nama Modul
|-
|OpenBLAS
|0.3.13, TARGET=ZEN
|BLAS
|openblas
|-
|Intel MKL
|2021.1.0.2659
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|oneapi
|-
|AMD LibM
|3.6 AOCL 2.2
|Accelerator math library
|LibM
|-
|AMD BLIS
|3.0 AOCL
|BLAS
|blis
|-
|AMD FFTW
|3.0 AOCL
|FFTW3
|fftw
|-
|AMD libFLAME
|3.0 AOCL
|LAPACK
|libflame
|-
|Netlib LAPACK
|3.9, LibFLAME optimized
|LAPACK
|lapack
|-
|Netlib ScaLAPACK
|2.1, LibFLAME optimized
|scaLAPACK
|scalapack
|-
|Netlib ScaLAPACK
|2.1, LAPACK optimized
|scaLAPACK
|scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
|-
|ELPA
|2020.11, Intel MKL + CUDA supported
|Eigenvalue Solvers
|elpa
|-
|ELPA
|2018.11, Intel MKL + CUDA supported
|Eigenvalue Solvers
|elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
|}
== '''Daftar Software NVIDIA''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Software
!Versi
!Kategori
!Nama Modul
|-
|NVIDIA CUDA & cuDNN
|11.2 & 8.1.1
|CUDA Toolkit
|cuda
|}


== '''Daftar Software Python''' ==
== '''Daftar Software Python''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Software
!Versi
!Kategori
!Nama Modul
|-
|Python
|3.8.6
|Python intepreter
|Python
|-
|Anaconda 3
|2020.11
|Python & R distribution
|Anaconda3/2020.11
|}

Revisi per 29 Maret 2021 10.49

Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II untuk user termasuk tautan tutorial untuk software komputasi. Pengguna dapat menggunakan semua katalog software di HPC Aleleon Mk.II dengan Module Environment.

Permohonan Instalasi Software

User dapat mengajukan permohonan ke admin EFISON apabila membutuhkan set software yang belum terinstal di HPC Aleleon Mk.II melalui email support@efisonlt.com. Tidak terdapat biaya untuk permohonan instalasi software beserta optimasinya. Adapun persyaratan untuk bantuan instalasi software adalah:

  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II dan scheduler SLURM.
  • Tidak terdapat lisensi berbayar.

Admin EFISON akan memastikan semua software untuk berjalan dengan efisien dan optimal di sistem HPC Aleleon Mk.II dengan pedoman:

  • Optimasi berdasarkan spesifikasi Compute Node (AMD EPYC untuk CPU node / NVIDIA Ampere untuk GPU node).
  • Software komputasi paralel akan diatur menggunakan protokol network RoCE / UCX untuk performa skalabilitas yang lebih baik.

User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori $HOME masing-masing dimana dapat dijalankan di Compute Node via scheduler SLURM.

Daftar Software Komputasi

Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.

Software Versi Bidang Nama Modul Tutorial Dukungan Hardware
GROMACS 2021.1 Kimia Komputasi gromacs [link] CPU - GPU, parallel multi-node
NWChem 7.0.2 Kimia Komputasi nwchem [link] CPU - GPU, parallel multi-node
Quantum Espresso 6.7 Kimia Komputasi qe [link] CPU, parallel multi-node
R 4.0.4 Statistika R [link] CPU, parallel single-node
GAMESS 2020.2 Kimia Komputasi gamess [link] CPU, parallel multi-node

Daftar Compiler

Compiler Versi dan optimasi Kategori Nama Modul
GNU GCC (default OS) 9.3.1 RHEL C/C++/Fortran (default OS)
GNU GCC 10.2.0 C/C++/Fortran GCC/10.2.0
OpenMPI 4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II MPI openmpi
NVIDIA CUDA Compiler 11.2 CUDA C/C++ cuda

Daftar Library Matematika

Library Versi dan optimasi Kategori Nama Modul
OpenBLAS 0.3.13, TARGET=ZEN BLAS openblas
Intel MKL 2021.1.0.2659 BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 oneapi
AMD LibM 3.6 AOCL 2.2 Accelerator math library LibM
AMD BLIS 3.0 AOCL BLAS blis
AMD FFTW 3.0 AOCL FFTW3 fftw
AMD libFLAME 3.0 AOCL LAPACK libflame
Netlib LAPACK 3.9, LibFLAME optimized LAPACK lapack
Netlib ScaLAPACK 2.1, LibFLAME optimized scaLAPACK scalapack
Netlib ScaLAPACK 2.1, LAPACK optimized scaLAPACK scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
ELPA 2020.11, Intel MKL + CUDA supported Eigenvalue Solvers elpa
ELPA 2018.11, Intel MKL + CUDA supported Eigenvalue Solvers elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Daftar Software NVIDIA

Software Versi Kategori Nama Modul
NVIDIA CUDA & cuDNN 11.2 & 8.1.1 CUDA Toolkit cuda

Daftar Software Python

Software Versi Kategori Nama Modul
Python 3.8.6 Python intepreter Python
Anaconda 3 2020.11 Python & R distribution Anaconda3/2020.11
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=44"