Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(mengubah posisi kolom tabel)
Baris 16: Baris 16:
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Bidang
!Software
!Software
!Versi
!Versi
!Bidang
!Nama Modul
!Nama Modul
!Tutorial
!Tutorial
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
|-
|-
|Kimia Komputasi
|GROMACS
|GROMACS
|2021.1
|2021.1
|Kimia Komputasi
|gromacs
|gromacs
|[link]
|[link]
|CPU - GPU, parallel multi-node
|CPU - GPU, parallel multi-node
|-
|-
|Kimia Komputasi
|NWChem
|NWChem
|7.0.2
|7.0.2
|Kimia Komputasi
|nwchem
|nwchem
|[link]
|[link]
|CPU - GPU, parallel multi-node
|CPU - GPU, parallel multi-node
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Quantum Espresso
|Quantum Espresso
|6.7
|6.7
|Kimia Komputasi
|qe
|qe
|[link]
|[link]
|CPU, parallel multi-node
|CPU, parallel multi-node
|-
|-
|Statistika
|R
|R
|4.0.4
|4.0.4
|Statistika
|R
|R
|[link]
|[link]
|CPU, parallel single-node
|CPU, parallel single-node
|-
|-
|Kimia Komputasi
|GAMESS
|GAMESS
|2020.2
|2020.2
|Kimia Komputasi
|gamess
|gamess
|[link]
|[link]
Baris 61: Baris 61:
== '''Daftar Compiler''' ==
== '''Daftar Compiler''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Compiler
!Compiler
!Versi dan optimasi
!Versi dan optimasi
!Kategori
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
|-
|C/C++/Fortran
|GNU GCC (default OS)
|GNU GCC (default OS)
|9.3.1 RHEL
|9.3.1 RHEL
|C/C++/Fortran
|(default OS)
|(default OS)
|-
|-
|C/C++/Fortran
|GNU GCC  
|GNU GCC  
|10.2.0
|10.2.0
|C/C++/Fortran
|GCC/10.2.0
|GCC/10.2.0
|-
|-
|MPI
|OpenMPI
|OpenMPI
|4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II
|4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II
|MPI
|openmpi
|openmpi
|-
|-
|CUDA C/C++
|NVIDIA CUDA Compiler
|NVIDIA CUDA Compiler
|11.2
|11.2
|CUDA C/C++
|cuda
|cuda
|}
|}
Baris 89: Baris 89:
== '''Daftar Library Matematika''' ==
== '''Daftar Library Matematika''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Library
!Library
!Versi dan optimasi
!Versi dan optimasi
!Kategori
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
|-
|BLAS
|OpenBLAS  
|OpenBLAS  
|0.3.13, TARGET=ZEN
|0.3.13, TARGET=ZEN
|BLAS
|openblas
|openblas
|-
|-
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|Intel MKL
|Intel MKL
|2021.1.0.2659
|2021.1.0.2659
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|oneapi
|oneapi
|-
|-
|Accelerator math library
|AMD LibM
|AMD LibM
|3.6 AOCL 2.2
|3.6 AOCL 2.2
|Accelerator math library
|LibM
|LibM
|-
|-
|BLAS
|AMD BLIS  
|AMD BLIS  
|3.0 AOCL
|3.0 AOCL
|BLAS
|blis
|blis
|-
|-
|FFTW3
|AMD FFTW
|AMD FFTW
|3.0 AOCL
|3.0 AOCL
|FFTW3
|fftw
|fftw
|-
|-
|LAPACK
|AMD libFLAME
|AMD libFLAME
|3.0 AOCL
|3.0 AOCL
|LAPACK
|libflame
|libflame
|-
|-
|LAPACK
|Netlib LAPACK  
|Netlib LAPACK  
|3.9, LibFLAME optimized
|3.9, LibFLAME optimized
|LAPACK
|lapack
|lapack
|-
|-
|scaLAPACK
|Netlib ScaLAPACK  
|Netlib ScaLAPACK  
|2.1, LibFLAME optimized
|2.1, LibFLAME optimized
|scaLAPACK
|scalapack
|scalapack
|-
|-
|scaLAPACK
|Netlib ScaLAPACK
|Netlib ScaLAPACK
|2.1, LAPACK optimized
|2.1, LAPACK optimized
|scaLAPACK
|scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
|scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
|-
|-
|Eigenvalue Solvers
|ELPA  
|ELPA  
|2020.11, Intel MKL + CUDA supported
|2020.11, Intel MKL + CUDA supported
|Eigenvalue Solvers
|elpa
|elpa
|-
|-
|Eigenvalue Solvers
|ELPA
|ELPA
|2018.11, Intel MKL + CUDA supported
|2018.11, Intel MKL + CUDA supported
|Eigenvalue Solvers
|elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
|elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
|}
|}
Baris 152: Baris 152:
== '''Daftar Software NVIDIA''' ==
== '''Daftar Software NVIDIA''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Software
!Software
!Versi
!Versi
!Kategori
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
|-
|CUDA Toolkit
|NVIDIA CUDA & cuDNN
|NVIDIA CUDA & cuDNN
|11.2 & 8.1.1
|11.2 & 8.1.1
|CUDA Toolkit
|cuda
|cuda
|}
|}
Baris 165: Baris 165:
== '''Daftar Software Python''' ==
== '''Daftar Software Python''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Software
!Software
!Versi
!Versi
!Kategori
!Nama Modul
!Nama Modul
|-
|-
|Python intepreter
|Python
|Python
|3.8.6
|3.8.6
|Python intepreter
|Python
|Python
|-
|-
|Python & R distribution
|Anaconda 3
|Anaconda 3
|2020.11
|2020.11
|Python & R distribution
|Anaconda3/2020.11
|Anaconda3/2020.11
|}
|}

Revisi per 30 Maret 2021 04.52

Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II untuk user termasuk tautan tutorial untuk software komputasi. Pengguna dapat menggunakan semua katalog software di HPC Aleleon Mk.II dengan Module Environment.

Permohonan Instalasi Software

User dapat mengajukan permohonan ke admin EFISON apabila membutuhkan set software yang belum terinstal di HPC Aleleon Mk.II melalui email support@efisonlt.com. Tidak terdapat biaya untuk permohonan instalasi software beserta optimasinya. Adapun persyaratan untuk bantuan instalasi software adalah:

  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II dan scheduler SLURM.
  • Tidak terdapat lisensi berbayar.

Admin EFISON akan memastikan semua software untuk berjalan dengan efisien dan optimal di sistem HPC Aleleon Mk.II dengan pedoman:

  • Optimasi berdasarkan spesifikasi Compute Node (AMD EPYC untuk CPU node / NVIDIA Ampere untuk GPU node).
  • Software komputasi paralel akan diatur menggunakan protokol network RoCE / UCX untuk performa skalabilitas yang lebih baik.

User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori $HOME masing-masing dimana dapat dijalankan via scheduler SLURM ke Compute Node.

Daftar Software Komputasi

Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.

Bidang Software Versi Nama Modul Tutorial Dukungan Hardware
Kimia Komputasi GROMACS 2021.1 gromacs [link] CPU - GPU, parallel multi-node
Kimia Komputasi NWChem 7.0.2 nwchem [link] CPU - GPU, parallel multi-node
Kimia Komputasi Quantum Espresso 6.7 qe [link] CPU, parallel multi-node
Statistika R 4.0.4 R [link] CPU, parallel single-node
Kimia Komputasi GAMESS 2020.2 gamess [link] CPU, parallel multi-node

Daftar Compiler

Kategori Compiler Versi dan optimasi Nama Modul
C/C++/Fortran GNU GCC (default OS) 9.3.1 RHEL (default OS)
C/C++/Fortran GNU GCC 10.2.0 GCC/10.2.0
MPI OpenMPI 4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II openmpi
CUDA C/C++ NVIDIA CUDA Compiler 11.2 cuda

Daftar Library Matematika

Kategori Library Versi dan optimasi Nama Modul
BLAS OpenBLAS 0.3.13, TARGET=ZEN openblas
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 Intel MKL 2021.1.0.2659 oneapi
Accelerator math library AMD LibM 3.6 AOCL 2.2 LibM
BLAS AMD BLIS 3.0 AOCL blis
FFTW3 AMD FFTW 3.0 AOCL fftw
LAPACK AMD libFLAME 3.0 AOCL libflame
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, LibFLAME optimized lapack
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, LibFLAME optimized scalapack
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, LAPACK optimized scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
Eigenvalue Solvers ELPA 2020.11, Intel MKL + CUDA supported elpa
Eigenvalue Solvers ELPA 2018.11, Intel MKL + CUDA supported elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Daftar Software NVIDIA

Kategori Software Versi Nama Modul
CUDA Toolkit NVIDIA CUDA & cuDNN 11.2 & 8.1.1 cuda

Daftar Software Python

Kategori Software Versi Nama Modul
Python intepreter Python 3.8.6 Python
Python & R distribution Anaconda 3 2020.11 Anaconda3/2020.11
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=50"