Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Daftar Software Python: menambahkan versi python default di anaconda) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Daftar Software Komputasi: membuat tabel dukungan hardware) |
||
(41 revisi perantara oleh 2 pengguna tidak ditampilkan) | |||
Baris 1: | Baris 1: | ||
Halaman ini memuat daftar software | Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus. | ||
== '''Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi''' == | |||
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. | |||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | |||
!Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan | |||
|- | |||
|Layanan mencakup: | |||
* Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer. | |||
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut. | |||
* Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer. | |||
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di | |- | ||
|Persyaratan layanan: | |||
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer. | |||
* Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user. | |||
|- | |||
|User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email '''support@efisonlt.com'''. | |||
|} | |||
=='''Daftar Software Komputasi''' == | |||
Software komputasi berikut dapat digunakan melalui '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#3B._Job_Composer_dan_Interactive_Apps Job Composer atau Interactive Apps]''' EFIRO. | |||
* | * Untuk info tutorial penggunaan masing-masing software lihat: | ||
== | [[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]] | ||
Tutorial | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
!Bidang | !Bidang | ||
!Software | !Software | ||
!Versi | !Versi | ||
!Dukungan Hardware | !Dukungan Hardware | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|''' | |'''GROMACS''' (CPU) | ||
|2021.1 | |2021.1 | ||
| | |multi-node CPU | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|''' | |'''GROMACS''' (GPU) | ||
|2021.1 | |||
|single-node GPU | |||
|- | |||
|Kimia Komputasi | |||
|'''NWChem''' | |||
|7.0.2 | |7.0.2 | ||
| | |multi-node CPU | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|''' | |'''Quantum ESPRESSO''' | ||
|6.7 | |6.7 | ||
| | 6.8 | ||
|multi-node CPU | |||
|- | |- | ||
|Statistika | |Statistika | ||
|''' | |'''R''' | ||
|4.0.4 | |4.0.4, | ||
|CPU | 4.1.0, | ||
4.1.2 | |||
|'''default:''' single-node CPU | |||
multi-node CPU dengan coding '''RMPI''' | |||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|''' | |'''GAMESS''' | ||
|2020.2 | |2020.2 | ||
| | |multi-node CPU | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
| | |'''NAMD''' (CPU) | ||
|2.14 | |2.14 | ||
| | |multi-node CPU | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
| | |'''NAMD''' (GPU) | ||
|2.14 | |2.14 | ||
| | |single-node GPU | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|''' | |'''ORCA''' | ||
|4.2.1 | |4.2.1 | ||
| | |multi-node CPU | ||
|- | |- | ||
|Machine Learning | |Machine Learning | ||
| | |'''TensorFlow''' | ||
| - | | - | ||
| - | |multi-node GPU & CPU | ||
|CPU & GPU | <nowiki>*</nowiki>dengan coding yang tepat | ||
|- | |||
|Pemodelan Tsunami | |||
|'''COMCOT''' (CPU) | |||
|1.7 | |||
|single-node CPU | |||
|- | |||
|Pemodelan Tsunami | |||
|'''COMCOT''' (GPU) | |||
|1.7 | |||
|single-node GPU | |||
|- | |||
|Fisika Komputasi | |||
|'''PHASE/0''' | |||
|2021.01 | |||
|multi-node CPU | |||
|- | |||
|MPI | |||
|'''''Program MPI umum''''' | |||
|<nowiki>-</nowiki> | |||
|multi-node CPU & GPU | |||
|- | |||
|Python | |||
|'''''Program Python umum''''' | |||
|<nowiki>-</nowiki> | |||
|'''default:''' single-node CPU & GPU | |||
multi-node CPU & GPU dengan coding '''mpi4py''' | |||
|} | |} | ||
=='''Daftar Compiler''' == | |||
User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan nama modul pada semua tabel. | |||
* Optimasi penggunaan compiler pada ALELEON Supercomputer silahkan baca [[Compiler AMD ALELEON Supercomputer|'''Compiler AMD ALELEON Supercomputer''']]. | |||
=== Compiler GNU GCC (C/C++/Fortran) === | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
! | !Nama dan Versi | ||
!Compiler | !Nama Modul | ||
!Versi | |- | ||
|'''GCC 8.4.0''' | |||
|GCC/8.4.0 | |||
|- | |||
|'''GCC 10.2.0 (DEFAULT)''' | |||
|GCC/10.2.0 | |||
|- | |||
|'''GCC 11.2.0''' | |||
|GCC/11.2.0 | |||
|} | |||
=== Compiler MPI (C/C++/Fortran) === | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | |||
!Nama dan Versi | |||
!Nama Modul | !Nama Modul | ||
|- | |- | ||
| | |'''Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0)''' | ||
|OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0 | |||
|9.3. | |- | ||
|( | |'''Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0)''' | ||
|OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0 | |||
|- | |- | ||
| | |'''Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0)''' | ||
|OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0 | |||
|GCC | |||
|- | |- | ||
|MPI | |'''Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0)''' | ||
|OpenMPI | |OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0 | ||
|} | |||
| | |||
=== Compiler CUDA C/C++ === | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | |||
!Nama dan Versi | |||
!Nama Modul | |||
|- | |- | ||
|CUDA | |'''CUDA 11.2''' | ||
|cuda/11.2-cuDNN8.1.1 | |||
|cuda | |||
|} | |} | ||
=='''Daftar Library CPU Matematika''' == | |||
User dapat mengaktifkan library CPU matematika yang akan digunakan melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan nama modul pada semua tabel. | |||
* Optimasi penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer silahkan baca [[Compiler AMD ALELEON Supercomputer|'''Compiler AMD ALELEON Supercomputer''']]. | |||
== | === Library AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) === | ||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
!Kategori | !Kategori | ||
! | !Nama dan Versi | ||
!Nama Modul | !Nama Modul | ||
|- | |- | ||
| | |Accelerated math library | ||
| | |'''AOCL LibM 3.6''' | ||
| | * dari AOCL 2.2 | ||
|LibM/3.6-AOCL2.2-GCC | |||
|- | |- | ||
| | |Accelerated math library | ||
| | |'''AOCL LibM 3.7''' | ||
| | |LibM/3.7-GCC11 | ||
|- | |- | ||
| | |BLAS | ||
| | |'''AOCL BLIS 3.0''' | ||
|3. | |blis/3.0-AOCL-GCC10 | ||
|- | |- | ||
|BLAS | |BLAS | ||
| | |'''AOCL BLIS 3.0.1''' | ||
|3.0 AOCL | |blis/3.0.1-AOCL-GCC11 | ||
|- | |- | ||
|FFTW3 | |FFTW3 | ||
| | |'''AOCL FFTW 3.0''' | ||
|3.0 AOCL | |fftw/3.0-AOCL-GCC10 | ||
|fftw | |- | ||
|FFTW3 | |||
|'''AOCL FFTW 3.0.1''' | |||
|fftw/3.0.1-AOCL-GCC11 | |||
|- | |- | ||
|LAPACK | |LAPACK | ||
| | |'''AOCL libFLAME 3.0''' | ||
|3.0 AOCL | |libflame/3.0-AOCL-GCC10 | ||
|- | |- | ||
|LAPACK | |LAPACK | ||
| | |'''AOCL libFLAME 3.0.1''' | ||
|3. | |libflame/3.0.1-AOCL-GCC11 | ||
|- | |- | ||
|scaLAPACK | |scaLAPACK | ||
| | |'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:''' | ||
* AOCL BLIS 3.0.1 | |||
|scalapack | * AOCL libFLAME 3.0.1 | ||
|scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10 | |||
|- | |- | ||
|scaLAPACK | |scaLAPACK | ||
| | |'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:''' | ||
* AOCL BLIS 3.0.1 | |||
|scalapack/ | * Netlib LAPACK 3.10 | ||
|scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10 | |||
|} | |||
=== Library CPU Intel OneAPI MKL === | |||
Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3. | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | |||
!Nama dan Versi | |||
!Nama Modul | |||
|- | |- | ||
| | |'''OneAPI MKL 2021.1.0.2659''' | ||
| | |oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly | ||
|- | |- | ||
| | |'''OneAPI MKL 2021.3.0.3219''' | ||
|oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly | |||
| | |||
|} | |} | ||
== | === Library CPU lainnya === | ||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
!Kategori | !Kategori | ||
! | !Nama dan Versi | ||
!Nama Modul | !Nama Modul | ||
|- | |- | ||
| | |BLAS | ||
| | |'''OpenBLAS 0.3.12''' | ||
| | |OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0 | ||
| | |- | ||
|BLAS | |||
|'''OpenBLAS 0.3.13''' | |||
|openblas/0.3.13-GCC10 | |||
|- | |||
|LAPACK | |||
|'''Netlib LAPACK 3.9, linked:''' | |||
* AMD BLIS 3.0 | |||
|lapack/3.9-BLIS-GCC10 | |||
|- | |||
|LAPACK | |||
|'''Netlib LAPACK 3.10, linked:''' | |||
* AMD BLIS 3.0.1 | |||
|lapack/3.10-BLIS-GCC10 | |||
|- | |||
|scaLAPACK | |||
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:''' | |||
* AOCL BLIS 3.0 | |||
* AOCL libFLAME 3.0 | |||
|scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10 | |||
|- | |||
|scaLAPACK | |||
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:''' | |||
* AOCL BLIS 3.0 | |||
* Netlib LAPACK 3.9 | |||
|scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10 | |||
|} | |} | ||
== '''Daftar Software | === Eigenvalue Solvers === | ||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | |||
!Nama dan Versi | |||
!Nama Modul | |||
|- | |||
|'''ELPA 2020.11, linked:''' | |||
* OneAPI MKL 2021.1 | |||
* CUDA 11.2 | |||
|elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11 | |||
|- | |||
|'''ELPA 2018.11, linked:''' | |||
* OneAPI MKL 2021.1 | |||
* CUDA 11.2 | |||
|elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11 | |||
|} | |||
== '''Daftar Software NVIDIA''' == | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
! | !Nama dan Versi | ||
!Nama Modul | !Nama Modul | ||
|- | |- | ||
| | |'''CUDA Toolkit 11.2''' | ||
* dan '''cuDNN 8.1.1''' | |||
|2. | |cuda/11.2-cuDNN8.1.1 | ||
|( | |} | ||
'''Note:''' | |||
CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node dan Interactive Node GPU (Partisi gpu_ampere dan tilla). | |||
=='''Daftar Software Python dan Anaconda'''== | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | |||
!Nama dan Versi | |||
![[Module Environment|Nama Modul]] | |||
|- | |- | ||
|Python | |'''Python 2.7.5''' | ||
| - (default OS) | |||
|(default OS) | |||
|- | |- | ||
|Python | |'''Python 3.6''' | ||
| | | - (default OS) | ||
|3.8.6 | |- | ||
|Python | |'''Python 3.8.6''' | ||
|Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0 | |||
|- | |- | ||
| | |'''Anaconda 3 2020.11''' | ||
* Python default 3.8.5 | |||
|Anaconda3/2020.11 | |Anaconda3/2020.11 | ||
|- | |||
|'''Anaconda 3 2021.05''' | |||
* Python default 3.8.8 | |||
|Anaconda3/2021.05 | |||
|} | |} | ||
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']]. | |||
Revisi per 15 Maret 2022 05.41
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.
Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi
Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan.
Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan |
---|
Layanan mencakup:
|
Persyaratan layanan:
|
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email support@efisonlt.com. |
Daftar Software Komputasi
Software komputasi berikut dapat digunakan melalui Job Composer atau Interactive Apps EFIRO.
- Untuk info tutorial penggunaan masing-masing software lihat:
Bidang | Software | Versi | Dukungan Hardware |
---|---|---|---|
Kimia Komputasi | GROMACS (CPU) | 2021.1 | multi-node CPU |
Kimia Komputasi | GROMACS (GPU) | 2021.1 | single-node GPU |
Kimia Komputasi | NWChem | 7.0.2 | multi-node CPU |
Kimia Komputasi | Quantum ESPRESSO | 6.7
6.8 |
multi-node CPU |
Statistika | R | 4.0.4,
4.1.0, 4.1.2 |
default: single-node CPU
multi-node CPU dengan coding RMPI |
Kimia Komputasi | GAMESS | 2020.2 | multi-node CPU |
Kimia Komputasi | NAMD (CPU) | 2.14 | multi-node CPU |
Kimia Komputasi | NAMD (GPU) | 2.14 | single-node GPU |
Kimia Komputasi | ORCA | 4.2.1 | multi-node CPU |
Machine Learning | TensorFlow | - | multi-node GPU & CPU
*dengan coding yang tepat |
Pemodelan Tsunami | COMCOT (CPU) | 1.7 | single-node CPU |
Pemodelan Tsunami | COMCOT (GPU) | 1.7 | single-node GPU |
Fisika Komputasi | PHASE/0 | 2021.01 | multi-node CPU |
MPI | Program MPI umum | - | multi-node CPU & GPU |
Python | Program Python umum | - | default: single-node CPU & GPU
multi-node CPU & GPU dengan coding mpi4py |
Daftar Compiler
User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.
- Optimasi penggunaan compiler pada ALELEON Supercomputer silahkan baca Compiler AMD ALELEON Supercomputer.
Compiler GNU GCC (C/C++/Fortran)
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
GCC 8.4.0 | GCC/8.4.0 |
GCC 10.2.0 (DEFAULT) | GCC/10.2.0 |
GCC 11.2.0 | GCC/11.2.0 |
Compiler MPI (C/C++/Fortran)
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0) | OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0 |
Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0) | OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0 |
Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0) | OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0 |
Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0) | OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0 |
Compiler CUDA C/C++
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
CUDA 11.2 | cuda/11.2-cuDNN8.1.1 |
Daftar Library CPU Matematika
User dapat mengaktifkan library CPU matematika yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.
- Optimasi penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer silahkan baca Compiler AMD ALELEON Supercomputer.
Library AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)
Kategori | Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|---|
Accelerated math library | AOCL LibM 3.6
|
LibM/3.6-AOCL2.2-GCC |
Accelerated math library | AOCL LibM 3.7 | LibM/3.7-GCC11 |
BLAS | AOCL BLIS 3.0 | blis/3.0-AOCL-GCC10 |
BLAS | AOCL BLIS 3.0.1 | blis/3.0.1-AOCL-GCC11 |
FFTW3 | AOCL FFTW 3.0 | fftw/3.0-AOCL-GCC10 |
FFTW3 | AOCL FFTW 3.0.1 | fftw/3.0.1-AOCL-GCC11 |
LAPACK | AOCL libFLAME 3.0 | libflame/3.0-AOCL-GCC10 |
LAPACK | AOCL libFLAME 3.0.1 | libflame/3.0.1-AOCL-GCC11 |
scaLAPACK | AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
|
scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10 |
scaLAPACK | AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
|
scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10 |
Library CPU Intel OneAPI MKL
Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
OneAPI MKL 2021.1.0.2659 | oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly |
OneAPI MKL 2021.3.0.3219 | oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly |
Library CPU lainnya
Kategori | Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|---|
BLAS | OpenBLAS 0.3.12 | OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0 |
BLAS | OpenBLAS 0.3.13 | openblas/0.3.13-GCC10 |
LAPACK | Netlib LAPACK 3.9, linked:
|
lapack/3.9-BLIS-GCC10 |
LAPACK | Netlib LAPACK 3.10, linked:
|
lapack/3.10-BLIS-GCC10 |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
|
scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10 |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
|
scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10 |
Eigenvalue Solvers
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
ELPA 2020.11, linked:
|
elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
ELPA 2018.11, linked:
|
elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
Daftar Software NVIDIA
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
CUDA Toolkit 11.2
|
cuda/11.2-cuDNN8.1.1 |
Note:
CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node dan Interactive Node GPU (Partisi gpu_ampere dan tilla).
Daftar Software Python dan Anaconda
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
Python 2.7.5 | - (default OS) |
Python 3.6 | - (default OS) |
Python 3.8.6 | Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0 |
Anaconda 3 2020.11
|
Anaconda3/2020.11 |
Anaconda 3 2021.05
|
Anaconda3/2021.05 |
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.