Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
k (WilsonLisan memindahkan halaman Software di HPC Aleleon Mk.II ke Katalog Software ALELEON Supercomputer: Standarisasi penamaan ALELEON Supercomputer)
(→‎Daftar Software Komputasi: membuat tabel dukungan hardware)
(12 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.  
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.  
== '''Layanan Gratis Instalasi Software''' ==
== '''Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi''' ==
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. '''Layanan instalasi tersebut mencakup:'''
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan.  
* Instalasi software beserta optimasinya untuk HPC Aleleon Mk.II.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
|-
|Layanan mencakup:
 
* Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
* Membuat [[Module Environment|'''module environment''']] untuk software tersebut.
* Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
* Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di HPC Aleleon Mk.II.
'''Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:'''
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II.
* Tidak terdapat lisensi berbayar.
* Software diinstal secara '''global''' dimana '''dapat diakses oleh semua user.'''
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email:
'''support@efisonlt.com'''
== '''Menggunakan Software di HPC Aleleon Mk.II''' ==
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan kolom '''Nama Modul''' untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.
== '''Instalasi Software Mandiri''' ==
User dapat melakukan instalasi software secara mandiri di Login Node dimana dapat digunakan untuk melakukan komputasi di Compute Node melalui manajemen SLURM.
 
Terdapat dua metode bagi user untuk melakukan instalasi mandiri di Login Node:
{| class="wikitable"
!Metode dan Tutorial
!Penjelasan
!Dukungan Module Environment
|-
|-
|[[EasyBuild|'''Menggunakan EasyBuild''']]
|Persyaratan layanan:
|EasyBuild adalah software framework untuk melakukan instalasi software HPC secara otomatis dan efisien.
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
|Ya, melalui bawaan EasyBuild.
* Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
|-
|-
|Instalasi manual di HOME
|User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email '''support@efisonlt.com'''.
|Instalasi manual dari user sendiri.
|Tidak ada secara default, user harus inisiasi PATH atau LIB sendiri.
|}
|}
=='''Daftar Software Komputasi (Global)'''==
 
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
=='''Daftar Software Komputasi''' ==
Software komputasi berikut dapat digunakan melalui '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#3B._Job_Composer_dan_Interactive_Apps Job Composer atau Interactive Apps]''' EFIRO.
 
* Untuk info tutorial penggunaan masing-masing software lihat:
 
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Bidang
!Bidang
!Software dan
!Software  
Tutorial Penggunaan
!Versi
!Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
!Dukungan MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|'''[[GROMACS]]'''
|'''GROMACS''' (CPU)
|2021.1
|multi-node CPU
|-
|Kimia Komputasi
|'''GROMACS''' (GPU)
|2021.1
|2021.1
|'''gromacs'''
|single-node GPU
|CPU - GPU, parallel multi-node
|Hybrid MPI/OMP
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|'''[[NWChem]]'''
|'''NWChem'''
|7.0.2
|7.0.2
|'''nwchem'''
|multi-node CPU
|CPU - GPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|'''[[Quantum ESPRESSO]]'''
|'''Quantum ESPRESSO'''
|6.7
|6.7
|'''qe'''
 
|CPU, parallel multi-node
6.8
|Pure MPI
|multi-node CPU
|-
|-
|Statistika
|Statistika
|'''[[R]]'''
|'''R'''
|4.0.4
|4.0.4,
|'''R/4.0.4-GCC10-MKL'''
 
|CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node
4.1.0,
| Ya melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI'''].
 
|-
4.1.2
|Statistika
|'''default:''' single-node CPU
|'''[[R]]'''
multi-node CPU dengan coding '''RMPI'''
|4.1.0
|'''R/4.1.0-GCC10-MKL'''
|CPU, single-node (default). RMPI CPU, parallel multi-node
|Ya melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI'''].
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|'''[[GAMESS]]'''
|'''GAMESS'''
|2020.2
|2020.2
|'''gamess'''
|multi-node CPU
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|[[NAMD|'''NAMD (CPU)''']]
|'''NAMD''' (CPU)
|2.14
|2.14
|'''namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX'''
|multi-node CPU
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|[[NAMD|'''NAMD (GPU)''']]
|'''NAMD''' (GPU)
|2.14
|2.14
|'''namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11'''
|single-node GPU
|CPU - GPU, single-node
|Pure MPI
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|'''[[ORCA]]'''
|'''ORCA'''
|4.2.1
|4.2.1
|'''orca'''
|multi-node CPU
|CPU, parallel multi-node
|Pure MPI
|-
|-
|Machine Learning
|Machine Learning
|'''[[TensorFlow (dengan Anaconda)|TensorFlow dengan Anaconda]]'''
|'''TensorFlow'''  
| -
| -
| '''-'''
|multi-node GPU & CPU
|CPU & GPU
<nowiki>*</nowiki>dengan coding yang tepat
| -
|-
|IDE
|'''[[Jupyter Notebook]]'''
| -
| '''-'''
|CPU & GPU
| -
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|Pemodelan Tsunami
|'''[[COMCOT]]''' (GPU)
|'''COMCOT''' (CPU)
|1.7
|1.7
|'''comcot/1.7gpu'''
|single-node CPU
|CPU - GPU, single-node
| -
|-
|-
|Pemodelan Tsunami
|Pemodelan Tsunami
|'''[[COMCOT]]''' (CPU)
|'''COMCOT''' (GPU)
|1.7
|1.7
|'''comcot/1.7cpu'''
|single-node GPU
|CPU, single-node
| -
|-
|-
|Fisika Komputasi
|Fisika Komputasi
|'''[[PHASE/0]]'''
|'''PHASE/0'''
|2021.01
|2021.01
|'''phase0'''
|multi-node CPU
|CPU, parallel multi-node
|-
|Pure MPI
|MPI
|'''''Program MPI umum'''''
|<nowiki>-</nowiki>
|multi-node CPU & GPU
|-
|Python
|'''''Program Python umum'''''
|<nowiki>-</nowiki>
|'''default:''' single-node CPU & GPU
multi-node CPU & GPU dengan coding '''mpi4py'''
|}
|}
== '''Daftar Compiler (Global)''' ==
=='''Daftar Compiler''' ==
User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan nama modul pada semua tabel.
 
* Optimasi penggunaan compiler pada ALELEON Supercomputer silahkan baca [[Compiler AMD ALELEON Supercomputer|'''Compiler AMD ALELEON Supercomputer''']].
 
=== Compiler GNU GCC (C/C++/Fortran) ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Nama dan Versi
!Compiler
!Nama Modul
!Versi dan optimasi
![[Module Environment|Nama Modul]]
|-
|-
|C/C++/Fortran
|'''GCC 8.4.0'''
|GNU GCC (default OS)
|GCC/8.4.0
|9.3.1 RHEL
| - (default OS)
|-
|-
|C/C++/Fortran
|'''GCC 10.2.0 (DEFAULT)'''
|GNU GCC  
|GCC/10.2.0  
|8.4.0
|'''GCC/8.4.0'''
|-
|-
|C/C++/Fortran
|'''GCC 11.2.0'''
|GNU GCC
|GCC/11.2.0
|10.2.0
|}
|'''GCC/10.2.0'''
 
=== Compiler MPI (C/C++/Fortran) ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|C/C++/Fortran
|'''Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0)'''  
|GNU GCC
|OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
|11.2.0
|'''GCC/11.2.0'''
|-
|-
|MPI
|'''Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0)'''
|OpenMPI
|OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
|4.0.5 built with GCC 9.3.0
|'''OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0'''
|-
|-
|MPI
|'''Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0)'''
|OpenMPI
|OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
|4.1.0 built with GCC 10.2.0
|'''openmpi'''
|-
|-
|MPI
|'''Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0)'''
|OpenMPI
|OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
|4.1.1 built with GCC 11.2.0
|}
|'''OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0'''
 
=== Compiler CUDA C/C++ ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|CUDA C/C++
|'''CUDA 11.2'''
|NVIDIA CUDA Compiler
|cuda/11.2-cuDNN8.1.1
|11.2
|'''cuda'''
|}
|}
== '''Daftar Library Matematika (Global)''' ==
=='''Daftar Library CPU Matematika''' ==
User dapat mengaktifkan library CPU matematika yang akan digunakan melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan nama modul pada semua tabel.
 
* Optimasi penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer silahkan baca [[Compiler AMD ALELEON Supercomputer|'''Compiler AMD ALELEON Supercomputer''']].
 
=== Library AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Kategori
!Library
!Nama dan Versi
!Versi dan optimasi
!Nama Modul
![[Module Environment|Nama Modul]]
|-
|BLAS
|OpenBLAS
|0.3.13, TARGET=ZEN
|'''openblas'''
|-
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|OneAPI MKL
|2021.1.0.2659
|'''oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly'''
|-
|BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3
|OneAPI MKL
|2021.3.0.3219
|'''oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly'''
|-
|-
|Accelerated math library
|Accelerated math library
|AMD LibM
|'''AOCL LibM 3.6'''
|3.6 AOCL 2.2
* dari AOCL 2.2
|'''LibM/3.6-AOCL2.2-GCC'''
|LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
|-
|-
|Accelerated math library
|Accelerated math library
|AMD LibM
|'''AOCL LibM 3.7'''
|3.7
|LibM/3.7-GCC11
|'''LibM/3.7-GCC11'''
|-
|-
|BLAS
|BLAS
|AMD BLIS
|'''AOCL BLIS 3.0'''
|3.0 AOCL
|blis/3.0-AOCL-GCC10
|'''blis/3.0-AOCL-GCC10'''
|-
|-
|BLAS
|BLAS
|AMD BLIS
|'''AOCL BLIS 3.0.1'''
|3.0.1 AOCL
|blis/3.0.1-AOCL-GCC11
|'''blis/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|-
|-
|FFTW3
|FFTW3
|AMD FFTW
|'''AOCL FFTW 3.0'''
|3.0 AOCL
|fftw/3.0-AOCL-GCC10
|'''fftw/3.0-AOCL-GCC10'''
|-
|-
|FFTW3
|FFTW3
|AMD FFTW
|'''AOCL FFTW 3.0.1'''
|3.0.1 AOCL
|fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
|'''fftw/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|AMD libFLAME
|'''AOCL libFLAME 3.0'''
|3.0 AOCL
|libflame/3.0-AOCL-GCC10
|'''libflame/3.0-AOCL-GCC10'''
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|AMD libFLAME
|'''AOCL libFLAME 3.0.1'''
|3.0.1 AOCL
|libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
|'''libflame/3.0.1-AOCL-GCC11'''
|-
|scaLAPACK
|'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:'''
* AOCL BLIS 3.0.1
* AOCL libFLAME 3.0.1
|scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
|-
|scaLAPACK
|'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:'''
* AOCL BLIS 3.0.1
* Netlib LAPACK 3.10
|scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10
|}
 
=== Library CPU Intel OneAPI MKL ===
Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|'''OneAPI MKL 2021.1.0.2659'''
|oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
|-
|'''OneAPI MKL 2021.3.0.3219'''
|oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
|}
 
=== Library CPU lainnya ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|BLAS
|'''OpenBLAS 0.3.12'''
|OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
|-
|BLAS
|'''OpenBLAS 0.3.13'''
|openblas/0.3.13-GCC10
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|Netlib LAPACK
|'''Netlib LAPACK 3.9, linked:'''
|3.9, linked with BLIS 3.0 AOCL
* AMD BLIS 3.0
|'''lapack/3.9-BLIS-GCC10'''
|lapack/3.9-BLIS-GCC10
|-
|-
|LAPACK
|LAPACK
|Netlib LAPACK
|'''Netlib LAPACK 3.10, linked:'''
|3.10, linked with BLIS 3.0.1 AOCL
* AMD BLIS 3.0.1
|'''lapack/3.10-BLIS-GCC10'''
|lapack/3.10-BLIS-GCC10
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
|AMD ScaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
|3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LibFLAME 3.0.1 AOCL
* AOCL BLIS 3.0
|'''scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10'''
* AOCL libFLAME 3.0
|scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
|-
|-
|scaLAPACK
|scaLAPACK
|AMD ScaLAPACK
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:'''
|3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LAPACK 3.10
* AOCL BLIS 3.0
|'''scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10'''
* Netlib LAPACK 3.9
|scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
|}
 
=== Eigenvalue Solvers ===
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Nama dan Versi
!Nama Modul
|-
|-
|scaLAPACK
|'''ELPA 2020.11, linked:'''
|Netlib ScaLAPACK
* OneAPI MKL 2021.1
|2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LibFLAME 3.0 AOCL
* CUDA 11.2
|'''scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10'''
|elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|-
|scaLAPACK
|'''ELPA 2018.11, linked:'''
|Netlib ScaLAPACK
* OneAPI MKL 2021.1
|2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LAPACK 3.9
* CUDA 11.2
|'''scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10'''
|elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
|-
|Eigenvalue Solvers
|ELPA
|2020.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2
|'''elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
|-
|Eigenvalue Solvers
|ELPA
|2018.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2
|'''elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11'''
|}
|}
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat [[Software HPC AMD|'''Software HPC AMD''']].
== '''Daftar Software NVIDIA''' ==
== '''Daftar Software NVIDIA (Global)''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Nama dan Versi
!Software
!Nama Modul
!Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
|-
|-
|CUDA Toolkit
|'''CUDA Toolkit 11.2'''
|NVIDIA CUDA & cuDNN
* dan '''cuDNN 8.1.1'''
|11.2 & 8.1.1
|cuda/11.2-cuDNN8.1.1
|'''cuda'''
|}
|}
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
'''Note:'''
== '''Daftar Software Python (Global)''' ==
 
CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node dan Interactive Node GPU (Partisi gpu_ampere dan tilla).
=='''Daftar Software Python dan Anaconda'''==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Kategori
!Nama dan Versi
!Software
!Versi
![[Module Environment|Nama Modul]]
![[Module Environment|Nama Modul]]
|-
|-
|Python intepreter
|'''Python 2.7.5'''
|Python2
| - (default OS)
|2.7.5
| - (default OS)
|-
|-
|Python intepreter
|'''Python 3.6'''
|Python3
| - (default OS)
|3.6
| - (default OS)
|-
|-
|Python intepreter
|'''Python 3.8.6'''
|Python3
|Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
|3.8.6
|'''Python'''
|-
|-
|Anaconda
|'''Anaconda 3 2020.11'''
|Anaconda 3
* Python default 3.8.5
|2020.11 (Python default 3.8.5)
|Anaconda3/2020.11
|'''Anaconda3/2020.11'''
|-
|-
|Anaconda
|'''Anaconda 3 2021.05'''
|Anaconda 3
* Python default 3.8.8
|2021.05 (Python default 3.8.8)
|Anaconda3/2021.05
|'''Anaconda3/2021.05'''
|}
|}
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat [[Versi dan Instalasi Python|'''Versi dan Instalasi Python''']].

Revisi per 15 Maret 2022 05.41

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.

Layanan Gratis Instalasi Software dengan Optimasi

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan.

Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
Layanan mencakup:
  • Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
  • Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
  • Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
Persyaratan layanan:
  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email support@efisonlt.com.

Daftar Software Komputasi

Software komputasi berikut dapat digunakan melalui Job Composer atau Interactive Apps EFIRO.

  • Untuk info tutorial penggunaan masing-masing software lihat:

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Bidang Software Versi Dukungan Hardware
Kimia Komputasi GROMACS (CPU) 2021.1 multi-node CPU
Kimia Komputasi GROMACS (GPU) 2021.1 single-node GPU
Kimia Komputasi NWChem 7.0.2 multi-node CPU
Kimia Komputasi Quantum ESPRESSO 6.7

6.8

multi-node CPU
Statistika R 4.0.4,

4.1.0,

4.1.2

default: single-node CPU

multi-node CPU dengan coding RMPI

Kimia Komputasi GAMESS 2020.2 multi-node CPU
Kimia Komputasi NAMD (CPU) 2.14 multi-node CPU
Kimia Komputasi NAMD (GPU) 2.14 single-node GPU
Kimia Komputasi ORCA 4.2.1 multi-node CPU
Machine Learning TensorFlow - multi-node GPU & CPU

*dengan coding yang tepat

Pemodelan Tsunami COMCOT (CPU) 1.7 single-node CPU
Pemodelan Tsunami COMCOT (GPU) 1.7 single-node GPU
Fisika Komputasi PHASE/0 2021.01 multi-node CPU
MPI Program MPI umum - multi-node CPU & GPU
Python Program Python umum - default: single-node CPU & GPU

multi-node CPU & GPU dengan coding mpi4py

Daftar Compiler

User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.

Compiler GNU GCC (C/C++/Fortran)

Nama dan Versi Nama Modul
GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
GCC 10.2.0 (DEFAULT) GCC/10.2.0
GCC 11.2.0 GCC/11.2.0

Compiler MPI (C/C++/Fortran)

Nama dan Versi Nama Modul
Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0) OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0

Compiler CUDA C/C++

Nama dan Versi Nama Modul
CUDA 11.2 cuda/11.2-cuDNN8.1.1

Daftar Library CPU Matematika

User dapat mengaktifkan library CPU matematika yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.

Library AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library AOCL LibM 3.6
  • dari AOCL 2.2
LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Accelerated math library AOCL LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
BLAS AOCL BLIS 3.0 blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AOCL BLIS 3.0.1 blis/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 3.0 fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AOCL FFTW 3.0.1 fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AOCL libFLAME 3.0 libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AOCL libFLAME 3.0.1 libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • AOCL libFLAME 3.0.1
scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • Netlib LAPACK 3.10
scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10

Library CPU Intel OneAPI MKL

Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.

Nama dan Versi Nama Modul
OneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
OneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly

Library CPU lainnya

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
BLAS OpenBLAS 0.3.12 OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
BLAS OpenBLAS 0.3.13 openblas/0.3.13-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked:
  • AMD BLIS 3.0
lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked:
  • AMD BLIS 3.0.1
lapack/3.10-BLIS-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • AOCL libFLAME 3.0
scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • Netlib LAPACK 3.9
scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10

Eigenvalue Solvers

Nama dan Versi Nama Modul
ELPA 2020.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2018.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Daftar Software NVIDIA

Nama dan Versi Nama Modul
CUDA Toolkit 11.2
  • dan cuDNN 8.1.1
cuda/11.2-cuDNN8.1.1

Note:

CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di Compute Node dan Interactive Node GPU (Partisi gpu_ampere dan tilla).

Daftar Software Python dan Anaconda

Nama dan Versi Nama Modul
Python 2.7.5 - (default OS)
Python 3.6 - (default OS)
Python 3.8.6 Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
Anaconda 3 2020.11
  • Python default 3.8.5
Anaconda3/2020.11
Anaconda 3 2021.05
  • Python default 3.8.8
Anaconda3/2021.05

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.