Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Daftar Software Komputasi: menambah link page tutorial semua software)
Baris 24: Baris 24:
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|GROMACS
|'''[[GROMACS]]'''
|2021.1
|2021.1
|gromacs
|gromacs
Baris 30: Baris 30:
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|NWChem
|'''[[NWChem]]'''
|7.0.2
|7.0.2
|nwchem
|nwchem
Baris 36: Baris 36:
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|Quantum Espresso
|[[Quantum Espresso|'''Quantum Espresso''']]
|6.7
|6.7
|qe
|qe
Baris 48: Baris 48:
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|GAMESS
|'''[[GAMESS]]'''
|2020.2
|2020.2
|gamess
|gamess
Baris 54: Baris 54:
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|NAMD (CPU)
|[[NAMD|'''NAMD (CPU)''']]
|2.14
|2.14
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX
Baris 60: Baris 60:
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|NAMD (GPU)
|[[NAMD|'''NAMD (GPU)''']]
|2.14
|2.14
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11
|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11
Baris 66: Baris 66:
|-
|-
|Kimia Komputasi
|Kimia Komputasi
|ORCA
|'''[[ORCA]]'''
|4.2.1
|4.2.1
|orca
|orca

Revisi per 5 April 2021 03.20

Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II untuk user termasuk tautan tutorial untuk software komputasi. Pengguna dapat menggunakan semua katalog software di HPC Aleleon Mk.II dengan Module Environment.

Permohonan Instalasi Software

User dapat mengajukan permohonan ke admin EFISON apabila membutuhkan set software yang belum terinstal di HPC Aleleon Mk.II melalui email support@efisonlt.com. Tidak terdapat biaya untuk permohonan instalasi software beserta optimasinya. Adapun persyaratan untuk bantuan instalasi software adalah:

  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II dan scheduler SLURM.
  • Tidak terdapat lisensi berbayar.

Admin EFISON akan memastikan semua software untuk berjalan dengan efisien dan optimal di sistem HPC Aleleon Mk.II dengan pedoman:

  • Optimasi berdasarkan spesifikasi Compute Node (AMD EPYC untuk CPU node / NVIDIA Ampere untuk GPU node).
  • Software komputasi paralel akan diatur menggunakan protokol network RoCE / UCX untuk performa skalabilitas yang lebih baik.

User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori $HOME masing-masing dimana dapat dijalankan via scheduler SLURM ke Compute Node.

Daftar Software Komputasi

Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.

Bidang Software dan

Tutorial Penggunaan

Versi Nama Modul Dukungan Hardware
Kimia Komputasi GROMACS 2021.1 gromacs CPU - GPU, parallel multi-node
Kimia Komputasi NWChem 7.0.2 nwchem CPU - GPU, parallel multi-node
Kimia Komputasi Quantum Espresso 6.7 qe CPU, parallel multi-node
Statistika R 4.0.4 R CPU, parallel single-node
Kimia Komputasi GAMESS 2020.2 gamess CPU, parallel multi-node
Kimia Komputasi NAMD (CPU) 2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX CPU, parallel multi-node
Kimia Komputasi NAMD (GPU) 2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 CPU - GPU, single-node
Kimia Komputasi ORCA 4.2.1 orca CPU, parallel multi-node

Daftar Compiler

Kategori Compiler Versi dan optimasi Nama Modul
C/C++/Fortran GNU GCC (default OS) 9.3.1 RHEL (default OS)
C/C++/Fortran GNU GCC 10.2.0 GCC/10.2.0
MPI OpenMPI 4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II openmpi
CUDA C/C++ NVIDIA CUDA Compiler 11.2 cuda

Daftar Library Matematika

Kategori Library Versi dan optimasi Nama Modul
BLAS OpenBLAS 0.3.13, TARGET=ZEN openblas
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 Intel MKL 2021.1.0.2659 oneapi
Accelerator math library AMD LibM 3.6 AOCL 2.2 LibM
BLAS AMD BLIS 3.0 AOCL blis
FFTW3 AMD FFTW 3.0 AOCL fftw
LAPACK AMD libFLAME 3.0 AOCL libflame
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, LibFLAME optimized lapack
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, LibFLAME optimized scalapack
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, LAPACK optimized scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
Eigenvalue Solvers ELPA 2020.11, Intel MKL + CUDA supported elpa
Eigenvalue Solvers ELPA 2018.11, Intel MKL + CUDA supported elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.

Daftar Software NVIDIA

Kategori Software Versi Nama Modul
CUDA Toolkit NVIDIA CUDA & cuDNN 11.2 & 8.1.1 cuda

Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.

Daftar Software Python

Kategori Software Versi Nama Modul
Python intepreter Python 2.7.5 (default OS)
Python intepreter Python 3.8.6 Python
Python & R distribution Anaconda 3 2020.11 Anaconda3/2020.11

Keterangan tambahan:

  • Anaconda 3 2020.11 memuat Python 3.8.5.