Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Daftar Software Komputasi: menambah link R) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Daftar Software Komputasi: meringkas tabel) |
||
Baris 17: | Baris 17: | ||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
!Bidang | !Bidang | ||
!Software | !Software dan | ||
Tutorial Penggunaan | |||
!Versi | !Versi | ||
!Nama Modul | !Nama Modul | ||
!Dukungan Hardware | !Dukungan Hardware | ||
|- | |- | ||
Baris 27: | Baris 27: | ||
|2021.1 | |2021.1 | ||
|gromacs | |gromacs | ||
|CPU - GPU, parallel multi-node | |CPU - GPU, parallel multi-node | ||
|- | |- | ||
Baris 34: | Baris 33: | ||
|7.0.2 | |7.0.2 | ||
|nwchem | |nwchem | ||
|CPU - GPU, parallel multi-node | |CPU - GPU, parallel multi-node | ||
|- | |- | ||
Baris 41: | Baris 39: | ||
|6.7 | |6.7 | ||
|qe | |qe | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|- | |- | ||
|Statistika | |Statistika | ||
|R | |'''[[R]]''' | ||
|4.0.4 | |4.0.4 | ||
|R | |R | ||
|CPU, parallel single-node | |CPU, parallel single-node | ||
|- | |- | ||
Baris 55: | Baris 51: | ||
|2020.2 | |2020.2 | ||
|gamess | |gamess | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU, parallel multi-node | ||
|} | |} |
Revisi per 31 Maret 2021 02.38
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II untuk user termasuk tautan tutorial untuk software komputasi. Pengguna dapat menggunakan semua katalog software di HPC Aleleon Mk.II dengan Module Environment.
Permohonan Instalasi Software
User dapat mengajukan permohonan ke admin EFISON apabila membutuhkan set software yang belum terinstal di HPC Aleleon Mk.II melalui email support@efisonlt.com. Tidak terdapat biaya untuk permohonan instalasi software beserta optimasinya. Adapun persyaratan untuk bantuan instalasi software adalah:
- Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II dan scheduler SLURM.
- Tidak terdapat lisensi berbayar.
Admin EFISON akan memastikan semua software untuk berjalan dengan efisien dan optimal di sistem HPC Aleleon Mk.II dengan pedoman:
- Optimasi berdasarkan spesifikasi Compute Node (AMD EPYC untuk CPU node / NVIDIA Ampere untuk GPU node).
- Software komputasi paralel akan diatur menggunakan protokol network RoCE / UCX untuk performa skalabilitas yang lebih baik.
User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori $HOME masing-masing dimana dapat dijalankan via scheduler SLURM ke Compute Node.
Daftar Software Komputasi
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
Bidang | Software dan
Tutorial Penggunaan |
Versi | Nama Modul | Dukungan Hardware |
---|---|---|---|---|
Kimia Komputasi | GROMACS | 2021.1 | gromacs | CPU - GPU, parallel multi-node |
Kimia Komputasi | NWChem | 7.0.2 | nwchem | CPU - GPU, parallel multi-node |
Kimia Komputasi | Quantum Espresso | 6.7 | qe | CPU, parallel multi-node |
Statistika | R | 4.0.4 | R | CPU, parallel single-node |
Kimia Komputasi | GAMESS | 2020.2 | gamess | CPU, parallel multi-node |
Daftar Compiler
Kategori | Compiler | Versi dan optimasi | Nama Modul |
---|---|---|---|
C/C++/Fortran | GNU GCC (default OS) | 9.3.1 RHEL | (default OS) |
C/C++/Fortran | GNU GCC | 10.2.0 | GCC/10.2.0 |
MPI | OpenMPI | 4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II | openmpi |
CUDA C/C++ | NVIDIA CUDA Compiler | 11.2 | cuda |
Daftar Library Matematika
Kategori | Library | Versi dan optimasi | Nama Modul |
---|---|---|---|
BLAS | OpenBLAS | 0.3.13, TARGET=ZEN | openblas |
BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 | Intel MKL | 2021.1.0.2659 | oneapi |
Accelerator math library | AMD LibM | 3.6 AOCL 2.2 | LibM |
BLAS | AMD BLIS | 3.0 AOCL | blis |
FFTW3 | AMD FFTW | 3.0 AOCL | fftw |
LAPACK | AMD libFLAME | 3.0 AOCL | libflame |
LAPACK | Netlib LAPACK | 3.9, LibFLAME optimized | lapack |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK | 2.1, LibFLAME optimized | scalapack |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK | 2.1, LAPACK optimized | scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10 |
Eigenvalue Solvers | ELPA | 2020.11, Intel MKL + CUDA supported | elpa |
Eigenvalue Solvers | ELPA | 2018.11, Intel MKL + CUDA supported | elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.
Daftar Software NVIDIA
Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
---|---|---|---|
CUDA Toolkit | NVIDIA CUDA & cuDNN | 11.2 & 8.1.1 | cuda |
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
Daftar Software Python
Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
---|---|---|---|
Python intepreter | Python | 2.7.5 | (default OS) |
Python intepreter | Python | 3.8.6 | Python |
Python & R distribution | Anaconda 3 | 2020.11 | Anaconda3/2020.11 |
Keterangan tambahan:
- Anaconda 3 2020.11 memuat Python 3.8.5.