Katalog Software ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Daftar Software Komputasi (Global): mengubah desain tabel software komputasi) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (reformat part 1) |
||
Baris 1: | Baris 1: | ||
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus. | Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus. | ||
== '''Layanan Gratis Instalasi Software''' == | == '''Layanan Gratis Instalasi Software''' == | ||
Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. | Admin EFISON memberikan '''layanan instalasi software gratis beserta optimasinya''' kepada user yang membutuhkan. | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | |||
!Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan | |||
|- | |||
|Layanan mencakup: | |||
* Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer. | * Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer. | ||
* Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut. | * Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut. | ||
* | * Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer. | ||
|- | |||
|Persyaratan layanan: | |||
* Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer. | * Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer. | ||
* Software diinstal secara | * Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user. | ||
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email | |- | ||
|User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email '''support@efisonlt.com'''. | |||
|} | |||
=='''Daftar Software Komputasi''' == | |||
Software komputasi berikut dapat digunakan melalui [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#Job_Composer_dan_Interactive_Apps '''Job Composer atau Interactive Apps'''] EFIRO. | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
!Bidang | !Bidang | ||
!Software | !Software | ||
!Versi | !Versi | ||
!Dukungan | !Dukungan | ||
!Dukungan | Job Composer | ||
!Dukungan | |||
Interactive Apps | |||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|''' | |'''GROMACS''' (CPU) | ||
|2021.1 | |2021.1 | ||
| | |v | ||
| | | - | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|''' | |'''GROMACS''' (GPU) | ||
|2021.1 | |2021.1 | ||
| | |v | ||
| | | - | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|''' | |'''NWChem''' | ||
|7.0.2 | |7.0.2 | ||
| | |v | ||
| | | - | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|''' | |'''Quantum ESPRESSO''' | ||
|6.7 | |6.7 | ||
6.8 | 6.8 | ||
| | |v | ||
| | | - | ||
|- | |- | ||
|Statistika | |Statistika | ||
|''' | |'''R''' | ||
|4.0.4, | |4.0.4, | ||
Baris 59: | Baris 63: | ||
4.1.2 | 4.1.2 | ||
| | |v | ||
|Jupyter Notebook | |||
| | |||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|''' | |'''GAMESS''' | ||
|2020.2 | |2020.2 | ||
| | |v | ||
| | | - | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|'''NAMD (CPU)''' | |||
|2.14 | |2.14 | ||
| | |v | ||
| | | - | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|'''NAMD (GPU)''' | |||
|2.14 | |2.14 | ||
| | |v | ||
| | | - | ||
|- | |- | ||
|Kimia Komputasi | |Kimia Komputasi | ||
|''' | |'''ORCA''' | ||
|4.2.1 | |4.2.1 | ||
| | |v | ||
| | | - | ||
|- | |- | ||
|Machine Learning | |Machine Learning | ||
|''' | |'''TensorFlow''' | ||
| - | | - | ||
|v | |||
|Jupyter Notebook | |||
|- | |- | ||
|Pemodelan Tsunami | |Pemodelan Tsunami | ||
|''' | |'''COMCOT''' (GPU) | ||
|1.7 | |1.7 | ||
| | |v | ||
| | | - | ||
|- | |- | ||
|Pemodelan Tsunami | |Pemodelan Tsunami | ||
|''' | |'''COMCOT''' (CPU) | ||
|1.7 | |1.7 | ||
| | |v | ||
| | | - | ||
|- | |- | ||
|Fisika Komputasi | |Fisika Komputasi | ||
|''' | |'''PHASE/0''' | ||
|2021.01 | |2021.01 | ||
| | |v | ||
| | | - | ||
|- | |||
|MPI | |||
|'''Program MPI umum''' | |||
| | |||
|v | |||
| - | |||
|- | |||
|Python | |||
|'''Program Python umum''' | |||
| | |||
|v | |||
|Jupyter Notebook | |||
|} | |} | ||
== '''Daftar Compiler | '''Note:''' | ||
Secara umum, user dapat menggunakan Interactive Apps '''Aleleon Desktop''' untuk menjalankan semua software diatas karena pada dasarnya adalah virtual desktop environment yang berjalan di Interactive Node. Akan tetapi admin EFISON tidak merekomendasikan hal tersebut karena: | |||
* Template job pada Job Composer telah dirancang untuk menjalankan software komputasi dengan mudah dan pada performa maksimal. | |||
* Interactive Node mempunyai spesifikasi terbatas. | |||
=='''Daftar Compiler''' == | |||
User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan nama modul pada semua tabel. | |||
* Optimasi penggunaan compiler pada ALELEON Supercomputer silahkan baca [[Compiler AMD ALELEON Supercomputer|'''Compiler AMD ALELEON Supercomputer''']]. | |||
=== Compiler GNU GCC (C/C++/Fortran) === | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
! | !Nama dan Versi | ||
!Nama Modul | |||
! | |||
|- | |- | ||
| | |'''GCC 8.4.0''' | ||
| | |GCC/8.4.0 | ||
|- | |- | ||
| | |'''GCC 10.2.0 (DEFAULT)''' | ||
|GCC/10.2.0 | |||
|- | |- | ||
| | |'''GCC 11.2.0''' | ||
|GCC/11.2.0 | |||
|} | |||
=== Compiler MPI === | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | |||
!Nama dan Versi | |||
!Nama Modul | |||
|- | |- | ||
| | |'''Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0)''' | ||
|OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0 | |||
|- | |- | ||
|MPI | |'''Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0)''' | ||
|OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0 | |||
|- | |- | ||
|MPI | |'''Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0)''' | ||
|OpenMPI | |OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0 | ||
|- | |- | ||
|MPI | |'''Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0)''' | ||
|OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0 | |||
|} | |||
=== Compiler CUDA C/C++ === | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | |||
!Nama dan Versi | |||
!Nama Modul | |||
|- | |- | ||
|CUDA | |'''CUDA 11.2''' | ||
|cuda/11.2-cuDNN8.1.1 | |||
|} | |} | ||
== '''Daftar Library Matematika | =='''Daftar Library CPU Matematika''' == | ||
User dapat mengaktifkan library CPU matematika yang akan digunakan melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. Perhatikan nama modul pada semua tabel. | |||
* Optimasi penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer silahkan baca [[Compiler AMD ALELEON Supercomputer|'''Compiler AMD ALELEON Supercomputer''']]. | |||
=== Suite HPC AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL) === | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
!Kategori | !Kategori | ||
! | !Nama dan Versi | ||
![[Module Environment|Nama Modul]] | ![[Module Environment|Nama Modul]] | ||
|- | |- | ||
|Accelerated math library | |Accelerated math library | ||
| | |'''AOCL LibM 3.6''' | ||
* dari AOCL 2.2 | |||
| | |LibM/3.6-AOCL2.2-GCC | ||
|- | |- | ||
|Accelerated math library | |Accelerated math library | ||
| | |'''AOCL LibM 3.7''' | ||
|LibM/3.7-GCC11 | |||
|- | |- | ||
|BLAS | |BLAS | ||
| | |'''AOCL BLIS 3.0''' | ||
|blis/3.0-AOCL-GCC10 | |||
|- | |- | ||
|BLAS | |BLAS | ||
| | |'''AOCL BLIS 3.0.1''' | ||
|blis/3.0.1-AOCL-GCC11 | |||
|- | |- | ||
|FFTW3 | |FFTW3 | ||
| | |'''AOCL FFTW 3.0''' | ||
|fftw/3.0-AOCL-GCC10 | |||
|- | |- | ||
|FFTW3 | |FFTW3 | ||
| | |'''AOCL FFTW 3.0.1''' | ||
|fftw/3.0.1-AOCL-GCC11 | |||
|- | |- | ||
|LAPACK | |LAPACK | ||
| | |'''AOCL libFLAME 3.0''' | ||
|libflame/3.0-AOCL-GCC10 | |||
|- | |- | ||
|LAPACK | |LAPACK | ||
| | |'''AOCL libFLAME 3.0.1''' | ||
|3.0.1 AOCL | |libflame/3.0.1-AOCL-GCC11 | ||
|''' | |- | ||
|scaLAPACK | |||
|'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:''' | |||
* AOCL BLIS 3.0.1 | |||
* AOCL libFLAME 3.0.1 | |||
|scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10 | |||
|- | |||
|scaLAPACK | |||
|'''AMD ScaLAPACK 3.0, linked:''' | |||
* AOCL BLIS 3.0.1 | |||
* Netlib LAPACK 3.10 | |||
|scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10 | |||
|} | |||
=== Library CPU Intel OneAPI MKL === | |||
Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3. | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | |||
!Nama dan Versi | |||
![[Module Environment|Nama Modul]] | |||
|- | |||
|'''OneAPI MKL 2021.1.0.2659''' | |||
|oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly | |||
|- | |||
|'''OneAPI MKL 2021.3.0.3219''' | |||
|oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly | |||
|} | |||
=== Library CPU lainnya === | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | |||
!Kategori | |||
!Nama dan Versi | |||
![[Module Environment|Nama Modul]] | |||
|- | |||
|BLAS | |||
|'''OpenBLAS 0.3.13''' | |||
|'''openblas''' | |||
|- | |- | ||
|LAPACK | |LAPACK | ||
|Netlib LAPACK | |'''Netlib LAPACK 3.9, linked:''' | ||
* AMD BLIS 3.0 | |||
|'''lapack/3.9-BLIS-GCC10''' | |'''lapack/3.9-BLIS-GCC10''' | ||
|- | |- | ||
|LAPACK | |LAPACK | ||
|Netlib LAPACK | |'''Netlib LAPACK 3.10, linked:''' | ||
* AMD BLIS 3.0.1 | |||
|'''lapack/3.10-BLIS-GCC10''' | |'''lapack/3.10-BLIS-GCC10''' | ||
|- | |- | ||
|scaLAPACK | |scaLAPACK | ||
|'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:''' | |||
* AOCL BLIS 3.0 | |||
|''' | * AOCL libFLAME 3.0 | ||
|'''scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10''' | |'''scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10''' | ||
|- | |- | ||
|scaLAPACK | |scaLAPACK | ||
|Netlib ScaLAPACK | |'''Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:''' | ||
* AOCL BLIS 3.0 | |||
* Netlib LAPACK 3.9 | |||
|'''scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10''' | |'''scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10''' | ||
|} | |||
=== Eigenvalue Solvers === | |||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | |||
!Nama dan Versi | |||
![[Module Environment|Nama Modul]] | |||
|- | |- | ||
| | |'''ELPA 2020.11, linked:''' | ||
* OneAPI MKL 2021.1 | |||
* CUDA 11.2 | |||
|'''elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11''' | |'''elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11''' | ||
|- | |- | ||
| | |'''ELPA 2018.11, linked:''' | ||
* OneAPI MKL 2021.1 | |||
* CUDA 11.2 | |||
|'''elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11''' | |'''elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11''' | ||
|} | |} | ||
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat [[Software HPC AMD|'''Software HPC AMD''']]. | Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat [[Software HPC AMD|'''Software HPC AMD''']]. | ||
== '''Daftar Software NVIDIA | == '''Daftar Software NVIDIA''' == | ||
{| class="wikitable sortable mw-collapsible" | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" | ||
!Kategori | !Kategori |
Revisi per 10 Maret 2022 08.07
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.
Layanan Gratis Instalasi Software
Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan.
Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan |
---|
Layanan mencakup:
|
Persyaratan layanan:
|
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email support@efisonlt.com. |
Daftar Software Komputasi
Software komputasi berikut dapat digunakan melalui Job Composer atau Interactive Apps EFIRO.
Bidang | Software | Versi | Dukungan
Job Composer |
Dukungan
Interactive Apps |
---|---|---|---|---|
Kimia Komputasi | GROMACS (CPU) | 2021.1 | v | - |
Kimia Komputasi | GROMACS (GPU) | 2021.1 | v | - |
Kimia Komputasi | NWChem | 7.0.2 | v | - |
Kimia Komputasi | Quantum ESPRESSO | 6.7
6.8 |
v | - |
Statistika | R | 4.0.4,
4.1.0, 4.1.2 |
v | Jupyter Notebook |
Kimia Komputasi | GAMESS | 2020.2 | v | - |
Kimia Komputasi | NAMD (CPU) | 2.14 | v | - |
Kimia Komputasi | NAMD (GPU) | 2.14 | v | - |
Kimia Komputasi | ORCA | 4.2.1 | v | - |
Machine Learning | TensorFlow | - | v | Jupyter Notebook |
Pemodelan Tsunami | COMCOT (GPU) | 1.7 | v | - |
Pemodelan Tsunami | COMCOT (CPU) | 1.7 | v | - |
Fisika Komputasi | PHASE/0 | 2021.01 | v | - |
MPI | Program MPI umum | v | - | |
Python | Program Python umum | v | Jupyter Notebook |
Note:
Secara umum, user dapat menggunakan Interactive Apps Aleleon Desktop untuk menjalankan semua software diatas karena pada dasarnya adalah virtual desktop environment yang berjalan di Interactive Node. Akan tetapi admin EFISON tidak merekomendasikan hal tersebut karena:
- Template job pada Job Composer telah dirancang untuk menjalankan software komputasi dengan mudah dan pada performa maksimal.
- Interactive Node mempunyai spesifikasi terbatas.
Daftar Compiler
User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.
- Optimasi penggunaan compiler pada ALELEON Supercomputer silahkan baca Compiler AMD ALELEON Supercomputer.
Compiler GNU GCC (C/C++/Fortran)
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
GCC 8.4.0 | GCC/8.4.0 |
GCC 10.2.0 (DEFAULT) | GCC/10.2.0 |
GCC 11.2.0 | GCC/11.2.0 |
Compiler MPI
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0) | OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0 |
Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0) | OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0 |
Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0) | OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0 |
Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0) | OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0 |
Compiler CUDA C/C++
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
CUDA 11.2 | cuda/11.2-cuDNN8.1.1 |
Daftar Library CPU Matematika
User dapat mengaktifkan library CPU matematika yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.
- Optimasi penggunaan library CPU pada ALELEON Supercomputer silahkan baca Compiler AMD ALELEON Supercomputer.
Suite HPC AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)
Kategori | Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|---|
Accelerated math library | AOCL LibM 3.6
|
LibM/3.6-AOCL2.2-GCC |
Accelerated math library | AOCL LibM 3.7 | LibM/3.7-GCC11 |
BLAS | AOCL BLIS 3.0 | blis/3.0-AOCL-GCC10 |
BLAS | AOCL BLIS 3.0.1 | blis/3.0.1-AOCL-GCC11 |
FFTW3 | AOCL FFTW 3.0 | fftw/3.0-AOCL-GCC10 |
FFTW3 | AOCL FFTW 3.0.1 | fftw/3.0.1-AOCL-GCC11 |
LAPACK | AOCL libFLAME 3.0 | libflame/3.0-AOCL-GCC10 |
LAPACK | AOCL libFLAME 3.0.1 | libflame/3.0.1-AOCL-GCC11 |
scaLAPACK | AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
|
scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10 |
scaLAPACK | AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
|
scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10 |
Library CPU Intel OneAPI MKL
Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
OneAPI MKL 2021.1.0.2659 | oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly |
OneAPI MKL 2021.3.0.3219 | oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly |
Library CPU lainnya
Kategori | Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|---|
BLAS | OpenBLAS 0.3.13 | openblas |
LAPACK | Netlib LAPACK 3.9, linked:
|
lapack/3.9-BLIS-GCC10 |
LAPACK | Netlib LAPACK 3.10, linked:
|
lapack/3.10-BLIS-GCC10 |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
|
scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10 |
scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
|
scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10 |
Eigenvalue Solvers
Nama dan Versi | Nama Modul |
---|---|
ELPA 2020.11, linked:
|
elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
ELPA 2018.11, linked:
|
elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.
Daftar Software NVIDIA
Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
---|---|---|---|
CUDA Toolkit | NVIDIA CUDA & cuDNN | 11.2 & 8.1.1 | cuda |
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
Daftar Software Python (Global)
Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
---|---|---|---|
Python intepreter | Python2 | 2.7.5 | - (default OS) |
Python intepreter | Python3 | 3.6 | - (default OS) |
Python intepreter | Python3 | 3.8.6 | Python |
Anaconda | Anaconda 3 | 2020.11 (Python default 3.8.5) | Anaconda3/2020.11 |
Anaconda | Anaconda 3 | 2021.05 (Python default 3.8.8) | Anaconda3/2021.05 |
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.