Katalog Software ALELEON Supercomputer
Halaman ini memuat daftar software esensial di HPC Aleleon Mk.II untuk user termasuk tautan tutorial untuk software komputasi. Pengguna dapat menggunakan semua katalog software di HPC Aleleon Mk.II dengan Module Environment.
Permohonan Instalasi Software
User dapat mengajukan permohonan ke admin EFISON apabila membutuhkan set software yang belum terinstal di HPC Aleleon Mk.II melalui email support@efisonlt.com. Tidak terdapat biaya untuk permohonan instalasi software beserta optimasinya. Adapun persyaratan untuk bantuan instalasi software adalah:
- Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di HPC Aleleon Mk.II dan scheduler SLURM.
- Tidak terdapat lisensi berbayar.
Admin EFISON akan memastikan semua software untuk berjalan dengan efisien dan optimal di sistem HPC Aleleon Mk.II dengan pedoman:
- Optimasi berdasarkan spesifikasi Compute Node (AMD EPYC untuk CPU node / NVIDIA Ampere untuk GPU node).
- Software komputasi paralel akan diatur menggunakan protokol network RoCE / UCX untuk performa skalabilitas yang lebih baik.
User juga dapat menginstal atau membangun software di direktori $HOME masing-masing dimana dapat dijalankan di Compute Node via scheduler SLURM.
Daftar Software Komputasi
Tutorial mencakup dual hal: menjalankan software komputasi melalui SLURM dan parameter optimasi supaya software dapat berjalan dengan performa terbaik.
| Software | Versi | Bidang | Nama Modul | Tutorial | Dukungan Hardware |
|---|---|---|---|---|---|
| GROMACS | 2021.1 | Kimia Komputasi | gromacs | [link] | CPU - GPU, parallel multi-node |
| NWChem | 7.0.2 | Kimia Komputasi | nwchem | [link] | CPU - GPU, parallel multi-node |
| Quantum Espresso | 6.7 | Kimia Komputasi | qe | [link] | CPU, parallel multi-node |
| R | 4.0.4 | Statistika | R | [link] | CPU, parallel single-node |
| GAMESS | 2020.2 | Kimia Komputasi | gamess | [link] | CPU, parallel multi-node |
Daftar Compiler
| Compiler | Versi dan optimasi | Kategori | Nama Modul |
|---|---|---|---|
| GNU GCC (default OS) | 9.3.1 RHEL | C/C++/Fortran | (default OS) |
| GNU GCC | 10.2.0 | C/C++/Fortran | GCC/10.2.0 |
| OpenMPI | 4.1.0, optimized for HPC Aleleon Mk.II | MPI | openmpi |
| NVIDIA CUDA Compiler | 11.2 | CUDA C/C++ | cuda |
Daftar Library Matematika
| Library | Versi dan optimasi | Kategori | Nama Modul |
|---|---|---|---|
| OpenBLAS | 0.3.13, TARGET=ZEN | BLAS | openblas |
| Intel MKL | 2021.1.0.2659 | BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 | oneapi |
| AMD LibM | 3.6 AOCL 2.2 | Accelerator math library | LibM |
| AMD BLIS | 3.0 AOCL | BLAS | blis |
| AMD FFTW | 3.0 AOCL | FFTW3 | fftw |
| AMD libFLAME | 3.0 AOCL | LAPACK | libflame |
| Netlib LAPACK | 3.9, LibFLAME optimized | LAPACK | lapack |
| Netlib ScaLAPACK | 2.1, LibFLAME optimized | scaLAPACK | scalapack |
| Netlib ScaLAPACK | 2.1, LAPACK optimized | scaLAPACK | scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10 |
| ELPA | 2020.11, Intel MKL + CUDA supported | Eigenvalue Solvers | elpa |
| ELPA | 2018.11, Intel MKL + CUDA supported | Eigenvalue Solvers | elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
Daftar Software NVIDIA
| Software | Versi | Kategori | Nama Modul |
|---|---|---|---|
| NVIDIA CUDA & cuDNN | 11.2 & 8.1.1 | CUDA Toolkit | cuda |
Daftar Software Python
| Software | Versi | Kategori | Nama Modul |
|---|---|---|---|
| Python | 3.8.6 | Python intepreter | Python |
| Anaconda 3 | 2020.11 | Python & R distribution | Anaconda3/2020.11 |
