Katalog Software ALELEON Supercomputer
Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.
Layanan Gratis Instalasi Software
Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan. Layanan instalasi tersebut mencakup:
- Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
- Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
- Membuat module environment untuk software tersebut.
- Untuk instalasi software komputasi diikuti dengan pembuatan tutorial untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
Adapun persyaratan untuk layanan gratis instalasi software adalah:
- Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
- Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com
Menggunakan Software di ALELEON Supercomputer
User dapat menggunakan software global (dapat diakses oleh semua user) yang tercatat pada halaman ini melalui:
- Template menjalankan software di Job Composer EFIRO.
- Module Environment. Perhatikan kolom Nama Modul untuk menggunakan software tersebut melalui perintah module load.
Daftar Software Komputasi (Global)
| Bidang | Software dan
Tutorial Penggunaan |
Versi | Dukungan Hardware | Dukungan MPI |
|---|---|---|---|---|
| Kimia Komputasi | GROMACS | 2021.1 | CPU - GPU
multi-node |
Hybrid MPI/OMP |
| Kimia Komputasi | NWChem | 7.0.2 | CPU - GPU
multi-node |
Pure MPI |
| Kimia Komputasi | Quantum ESPRESSO |
|
CPU
multi-node |
Pure MPI |
| Statistika | R |
|
CPU
single-node (default) multi-node melalui RMPI. |
Ya melalui RMPI. |
| Kimia Komputasi | GAMESS | 2020.2 | CPU
multi-node |
Pure MPI |
| Kimia Komputasi | NAMD (CPU) | 2.14 | CPU
multi-node |
Pure MPI |
| Kimia Komputasi | NAMD (GPU) | 2.14 | CPU - GPU
single-node |
Pure MPI |
| Kimia Komputasi | ORCA | 4.2.1 | CPU
multi-node |
Pure MPI |
| Machine Learning | TensorFlow dengan Anaconda | - | CPU & GPU | - |
| IDE | Jupyter Notebook | - | CPU & GPU | - |
| Pemodelan Tsunami | COMCOT (GPU) | 1.7 | CPU - GPU
single-node |
- |
| Pemodelan Tsunami | COMCOT (CPU) | 1.7 | CPU
single-node |
- |
| Fisika Komputasi | PHASE/0 | 2021.01 | CPU
multi-node |
Pure MPI |
Daftar Compiler (Global)
| Kategori | Compiler | Versi dan optimasi | Nama Modul |
|---|---|---|---|
| C/C++/Fortran | GNU GCC (default OS) | 9.3.1 RHEL | - (default OS) |
| C/C++/Fortran | GNU GCC | 8.4.0 | GCC/8.4.0 |
| C/C++/Fortran | GNU GCC | 10.2.0 | GCC/10.2.0 |
| C/C++/Fortran | GNU GCC | 11.2.0 | GCC/11.2.0 |
| MPI | OpenMPI | 4.0.5 built with GCC 9.3.0 | OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0 |
| MPI | OpenMPI | 4.1.0 built with GCC 10.2.0 | openmpi |
| MPI | OpenMPI | 4.1.1 built with GCC 11.2.0 | OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0 |
| CUDA C/C++ | NVIDIA CUDA Compiler | 11.2 | cuda |
Daftar Library Matematika (Global)
| Kategori | Library | Versi dan optimasi | Nama Modul |
|---|---|---|---|
| BLAS | OpenBLAS | 0.3.13, TARGET=ZEN | openblas |
| BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 | OneAPI MKL | 2021.1.0.2659 | oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly |
| BLAS/LAPACK/scaLAPACK/FFTW3 | OneAPI MKL | 2021.3.0.3219 | oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly |
| Accelerated math library | AMD LibM | 3.6 AOCL 2.2 | LibM/3.6-AOCL2.2-GCC |
| Accelerated math library | AMD LibM | 3.7 | LibM/3.7-GCC11 |
| BLAS | AMD BLIS | 3.0 AOCL | blis/3.0-AOCL-GCC10 |
| BLAS | AMD BLIS | 3.0.1 AOCL | blis/3.0.1-AOCL-GCC11 |
| FFTW3 | AMD FFTW | 3.0 AOCL | fftw/3.0-AOCL-GCC10 |
| FFTW3 | AMD FFTW | 3.0.1 AOCL | fftw/3.0.1-AOCL-GCC11 |
| LAPACK | AMD libFLAME | 3.0 AOCL | libflame/3.0-AOCL-GCC10 |
| LAPACK | AMD libFLAME | 3.0.1 AOCL | libflame/3.0.1-AOCL-GCC11 |
| LAPACK | Netlib LAPACK | 3.9, linked with BLIS 3.0 AOCL | lapack/3.9-BLIS-GCC10 |
| LAPACK | Netlib LAPACK | 3.10, linked with BLIS 3.0.1 AOCL | lapack/3.10-BLIS-GCC10 |
| scaLAPACK | AMD ScaLAPACK | 3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LibFLAME 3.0.1 AOCL | scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10 |
| scaLAPACK | AMD ScaLAPACK | 3.0, linked with BLIS 3.0.1 AOCL and LAPACK 3.10 | scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10 |
| scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK | 2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LibFLAME 3.0 AOCL | scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10 |
| scaLAPACK | Netlib ScaLAPACK | 2.1, linked with BLIS 3.0 AOCL and LAPACK 3.9 | scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10 |
| Eigenvalue Solvers | ELPA | 2020.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2 | elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
| Eigenvalue Solvers | ELPA | 2018.11, linked with OneAPI MKL 2021.1 and CUDA 11.2 | elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11 |
Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.
Daftar Software NVIDIA (Global)
| Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
|---|---|---|---|
| CUDA Toolkit | NVIDIA CUDA & cuDNN | 11.2 & 8.1.1 | cuda |
Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.
Daftar Software Python (Global)
| Kategori | Software | Versi | Nama Modul |
|---|---|---|---|
| Python intepreter | Python2 | 2.7.5 | - (default OS) |
| Python intepreter | Python3 | 3.6 | - (default OS) |
| Python intepreter | Python3 | 3.8.6 | Python |
| Anaconda | Anaconda 3 | 2020.11 (Python default 3.8.5) | Anaconda3/2020.11 |
| Anaconda | Anaconda 3 | 2021.05 (Python default 3.8.8) | Anaconda3/2021.05 |
User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.
