Katalog Software ALELEON Supercomputer

Dari ALELEON by EFISON

Revisi sejak 10 Maret 2022 08.07 oleh WilsonLisan (bicara | kontrib) (reformat part 1)

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan tutorial untuk menggunakan software komputasi dan compiler yang membutuhkan perhatian khusus.

Layanan Gratis Instalasi Software

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya kepada user yang membutuhkan.

Daftar layanan instalasi gratis, persyaratan, dan langkah mengajukan layanan
Layanan mencakup:
  • Instalasi software beserta optimasinya untuk ALELEON Supercomputer.
  • Memastikan software bekerja dengan baik. Pada tahap ini admin EFISON mengharapkan kolaborasi dengan user yang melakukan permohonan instalasi software tersebut.
  • Pembuatan halaman tutorial pada wiki untuk menjalankan software tersebut di ALELEON Supercomputer.
Persyaratan layanan:
  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
User dapat melakukan permohonan layanan instalasi software diatas dengan menghubungi admin EFISON melalui email support@efisonlt.com.

Daftar Software Komputasi

Software komputasi berikut dapat digunakan melalui Job Composer atau Interactive Apps EFIRO.

Bidang Software Versi Dukungan

Job Composer

Dukungan

Interactive Apps

Kimia Komputasi GROMACS (CPU) 2021.1 v -
Kimia Komputasi GROMACS (GPU) 2021.1 v -
Kimia Komputasi NWChem 7.0.2 v -
Kimia Komputasi Quantum ESPRESSO 6.7

6.8

v -
Statistika R 4.0.4,

4.1.0,

4.1.2

v Jupyter Notebook
Kimia Komputasi GAMESS 2020.2 v -
Kimia Komputasi NAMD (CPU) 2.14 v -
Kimia Komputasi NAMD (GPU) 2.14 v -
Kimia Komputasi ORCA 4.2.1 v -
Machine Learning TensorFlow - v Jupyter Notebook
Pemodelan Tsunami COMCOT (GPU) 1.7 v -
Pemodelan Tsunami COMCOT (CPU) 1.7 v -
Fisika Komputasi PHASE/0 2021.01 v -
MPI Program MPI umum v -
Python Program Python umum v Jupyter Notebook

Note:

Secara umum, user dapat menggunakan Interactive Apps Aleleon Desktop untuk menjalankan semua software diatas karena pada dasarnya adalah virtual desktop environment yang berjalan di Interactive Node. Akan tetapi admin EFISON tidak merekomendasikan hal tersebut karena:

  • Template job pada Job Composer telah dirancang untuk menjalankan software komputasi dengan mudah dan pada performa maksimal.
  • Interactive Node mempunyai spesifikasi terbatas.

Daftar Compiler

User dapat mengaktifkan compiler yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.

Compiler GNU GCC (C/C++/Fortran)

Nama dan Versi Nama Modul
GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
GCC 10.2.0 (DEFAULT) GCC/10.2.0
GCC 11.2.0 GCC/11.2.0

Compiler MPI

Nama dan Versi Nama Modul
Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0) OpenMPI/4.1.0-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0

Compiler CUDA C/C++

Nama dan Versi Nama Modul
CUDA 11.2 cuda/11.2-cuDNN8.1.1

Daftar Library CPU Matematika

User dapat mengaktifkan library CPU matematika yang akan digunakan melalui Module Environment. Perhatikan nama modul pada semua tabel.

Suite HPC AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Accelerated math library AOCL LibM 3.6
  • dari AOCL 2.2
 LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Accelerated math library AOCL LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
BLAS AOCL BLIS 3.0 blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AOCL BLIS 3.0.1 blis/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 3.0 fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AOCL FFTW 3.0.1 fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AOCL libFLAME 3.0 libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AOCL libFLAME 3.0.1 libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • AOCL libFLAME 3.0.1
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • Netlib LAPACK 3.10
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10

Library CPU Intel OneAPI MKL

Intel OneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, scaLAPACK, dan FFTW3.

Nama dan Versi Nama Modul
OneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
OneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly

Library CPU lainnya

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
BLAS OpenBLAS 0.3.13 openblas
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked:
  • AMD BLIS 3.0
 lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked:
  • AMD BLIS 3.0.1
 lapack/3.10-BLIS-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • AOCL libFLAME 3.0
 scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
scaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • Netlib LAPACK 3.9
 scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10

Eigenvalue Solvers

Nama dan Versi Nama Modul
ELPA 2020.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2018.11, linked:
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11

Penjelasan lebih lanjut untuk menggunakan AMD AOCL silahkan lihat Software HPC AMD.

Daftar Software NVIDIA

Kategori Software Versi Nama Modul
CUDA Toolkit NVIDIA CUDA & cuDNN 11.2 & 8.1.1 cuda

Perlu diketahui bahwa CUDA versi lebih rendah dari 11 tidak mendukung NVIDIA Ampere yang terpasang di GPU Node.

Daftar Software Python (Global)

Kategori Software Versi Nama Modul
Python intepreter Python2 2.7.5 - (default OS)
Python intepreter Python3 3.6 - (default OS)
Python intepreter Python3 3.8.6 Python
Anaconda Anaconda 3 2020.11 (Python default 3.8.5) Anaconda3/2020.11
Anaconda Anaconda 3 2021.05 (Python default 3.8.8) Anaconda3/2021.05

User dapat menginstal Python versi spesifik di direktori $HOME masing-masing, lihat Versi dan Instalasi Python.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=748"