MPI ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Bagaimana SLURM ALELEON Membagi Core Fisik dan Thread: paraphrasing) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (Menghapus flag UCX MPI) |
||
(9 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan) | |||
Baris 2: | Baris 2: | ||
== '''Open MPI UCX ALELEON Supercomputer''' == | == '''Open MPI UCX ALELEON Supercomputer''' == | ||
ALELEON Supercompter menggunakan Open MPI yang telah dioptimasi untuk arsitektur AMD Zen2. Berikut adalah sintak standar menjalankan program MPI di ALELEON Supercomputer melalui SLURM: | ALELEON Supercompter menggunakan Open MPI yang telah dioptimasi untuk arsitektur AMD Zen2. Berikut adalah sintak standar menjalankan program MPI di ALELEON Supercomputer melalui SLURM: <syntaxhighlight lang="bash"> | ||
mpirun -np $SLURM_NTASKS <program-MPI-user...> | |||
Keterangan: | </syntaxhighlight>'''''Keterangan:''''' | ||
*Variabel <code>SLURM_NTASKS</code> menangkap jumlah ntasks (CPU) pada SLURM Submit Script sehingga user tidak perlu memasukkan jumlah proses MPI secara manual. | |||
=='''Bagaimana SLURM ALELEON Membagi Core Fisik dan Thread'''== | =='''Bagaimana SLURM ALELEON Membagi Core Fisik dan Thread'''== | ||
SLURM ALELEON Supercomputer menjalankan proses Open MPI untuk '''selalu mengisi penuh core thread per core fisik''', contoh: | SLURM ALELEON Supercomputer menjalankan proses Open MPI untuk '''selalu mengisi penuh core thread per core fisik''', contoh: | ||
*32 proses MPI dijalankan oleh 16 core fisik / 32 core thread CPU. | *32 proses MPI dijalankan oleh 16 core fisik / 32 core thread CPU. | ||
*64 proses MPI dijalankan oleh 32 core fisik / 64 core thread CPU | *64 proses MPI dijalankan oleh 32 core fisik / 64 core thread CPU; dan seterusnya ... | ||
Pembagian ini didasarkan pada pengelompokan core CPU pada grup CCX dan CCD AMD Zen2 supaya memastikan penyebaran proses MPI selalu berdekatan antar grup CCX / CCD ''(tightly coupled)'' dan menghasilkan performa terbaik. Semua software komputasi ALELEON Supercomputer telah dioptimasi untuk berjalan dengan skema ini. | |||
Pembagian ini didasarkan pada pengelompokan core CPU pada grup CCX dan CCD AMD Zen2 supaya memastikan penyebaran proses MPI selalu berdekatan antar grup CCX / CCD | |||
[[Berkas:Zen2-uarch-1536x1256.jpg|nir|jmpl|Skema grup CCX dan CCD pada CPU AMD yang digunakan oleh ALELEON Supercomputer]] | [[Berkas:Zen2-uarch-1536x1256.jpg|nir|jmpl|Skema grup CCX dan CCD pada CPU AMD yang digunakan oleh ALELEON Supercomputer]] | ||
Baris 18: | Baris 16: | ||
Berdasarkan jumlah core dan grup pada gambar skema CPU diatas, kami menyarankan untuk '''memilih ntasks (alokasi CPU) dengan kelipatan 2 atau 4''' untuk memastikan proses MPI mengisi grup CCX dan CCD yang berdekatan. | Berdasarkan jumlah core dan grup pada gambar skema CPU diatas, kami menyarankan untuk '''memilih ntasks (alokasi CPU) dengan kelipatan 2 atau 4''' untuk memastikan proses MPI mengisi grup CCX dan CCD yang berdekatan. | ||
== '''Memilih Jumlah Alokasi Komputasi | == '''(Versi Mudah) Memilih Jumlah Alokasi Komputasi SLURM untuk Job MPI''' == | ||
Bagian ini menjelaskan karakteristik SLURM ALELEON Supercomputer menjalankan alokasi komputasi | Bagian ini menjelaskan bagaimana karakteristik ''default'' SLURM ALELEON Supercomputer menjalankan alokasi komputasi untuk job MPI dan panduan menulis '''[[Submit Script ALELEON Supercomputer|SLURM Submit Script]]'''. | ||
=== Menjalankan MPI | === Menjalankan job MPI satu node dan multi-node secara otomatis === | ||
SLURM ALELEON '''secara otomatis''' dapat menjalankan job MPI baik pada satu node atau multi-node berdasarkan jumlah ntasks sehingga user cukup mendefinisikan jumlah ntasks tanpa perlu mengatur jumlah nodes.<syntaxhighlight lang="bash" line="1"> | |||
#!/bin/bash | |||
# Isi bagian yang ditandai 4 garing (////) | |||
# Alokasi jumlah core thread CPU dan jumlah proses MPI | |||
#SBATCH --ntasks=//// | |||
# Alokasi jumlah memori RAM per node | |||
#SBATCH --mem=//// | |||
# Parameter SBATCH lainnya ... | |||
#SBATCH --time=//// | |||
#SBATCH --output=//// | |||
#SBATCH --error=//// | |||
# Alur jalannya program ... | |||
mpirun -np $SLURM_NTASKS <program-MPI-user...> | |||
</syntaxhighlight>'''Keterangan:''' | |||
* Jumlah ntasks maksimal untuk Partisi epyc (Compute Node CPU) adalah '''384'''. | |||
* Jumlah ntasks maksimal untuk Partisi ampere (Compute Node GPU) adalah '''32'''. | |||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | |||
! colspan="3" |Jumlah node yang dipilih SLURM secara otomatis | |||
|- | |||
!Jumlah ntasks | |||
!Partisi epyc (CPU) | |||
<nowiki>*</nowiki>''jumlah node naik setiap kelipatan 128'' | |||
!Partisi ampere (GPU) | |||
<nowiki>*</nowiki>''maks 32 core'' | |||
|- | |||
|1 - 32 | |||
|1 | |||
|1 | |||
|- | |||
|33 - 128 | |||
|1 | |||
|X | |||
|- | |||
|129 - 256 | |||
|2 | |||
|X | |||
|- | |||
|257 - 384 | |||
|3 | |||
|X | |||
|} | |||
--- | --- | ||
=== | === SBATCH mem = alokasi RAM per node === | ||
Parameter SBATCH <code>mem</code> mengalokasikan jumlah RAM per node baik pada job MPI satu node dan multi-node. Ambil contoh alokasi SBATCH berikut: <syntaxhighlight lang="bash" line="1"> | |||
#!/bin/bash | |||
#SBATCH --ntasks=192 | |||
#SBATCH --mem=64GB | |||
# ntasks 192 menggunakan 2 node secara otomatis | |||
# Dengan alokasi RAM 64GB per node sehingga total 128GB untuk 2 node | |||
</syntaxhighlight>Job MPI mempunyai kapasitas mem maksimal: | |||
* Compute Node CPU (epyc): '''240GB''' (per node). | |||
* Compute Node GPU (ampere): '''120GB''' | |||
--- | --- | ||
=== Menjalankan Job Hybrid MPI / OpenMP (OMP) === | |||
SLURM dapat menjalankan job hybrid MPI / OMP dengan SBATCH <code>cpus-per-task</code> dan variabel <code>SLURM_CPUS_PER_TASK</code> seperti contoh format berikut: <syntaxhighlight lang="bash" line="1"> | |||
#!/bin/bash | |||
# Isi bagian yang ditandai 4 garing (////) | |||
# Alokasi jumlah core thread CPU dan jumlah proses MPI | |||
#SBATCH --ntasks=//// | |||
# cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP per proses MPI | |||
#SBATCH --cpus-per-task=//// | |||
# Alokasi jumlah memori RAM per node | |||
# SBATCH --mem=//// | |||
# Parameter SBATCH lainnya ... | |||
#SBATCH --time=//// | |||
#SBATCH --output=//// | |||
#SBATCH --error=//// | |||
# Alur jalannya program ... | |||
# Definisi threading OMP | |||
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK} | |||
mpirun -np $SLURM_NTASKS <program-MPI-user...> | |||
</syntaxhighlight>'''''Keterangan:''''' | |||
* Total core CPU yang digunakan adalah '''ntasks * cpus-per-task.''' | |||
* Variabel SLURM_NTASKS menangkap total penghitungan core CPU diatas. | |||
== '''(Versi ''Advanced'') Memilih Jumlah Alokasi Komputasi SLURM untuk Job MPI''' == | |||
Bagian ini menjelaskan bagaimana user secara manual dapat mengatur parameter SBATCH SLURM ALELEON Supercomputer untuk menjalankan job MPI. | |||
=== Acuan Spesifikasi Compute Node dengan SBATCH SLURM === | |||
User dapat mengacu spesifikasi berikut untuk mengatur besar parameter SBATCH secara manual. | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Spesifikasi Compute Node berdasarkan SBATCH SLURM | |||
! | ! rowspan="2" |Parameter SBATCH | ||
! rowspan="2" |Hardware | |||
! | ! colspan="2" |Spesifikasi | ||
|- | |- | ||
!Partisi epyc (CPU) | |||
!Partisi ampere (GPU) | |||
|- | |||
|nodes | |||
|Jumlah node | |||
|3 | |||
|1 | |1 | ||
|- | |- | ||
|ntasks | |||
|Total core CPU | |||
|384 | |||
|32 | |||
|- | |||
|ntasks-per-node | |||
|Total core CPU per node | |||
|128 | |||
|32 | |||
|- | |||
|mem | |||
|Memori RAM per node | |||
|240GB | |||
|120GB | |||
|- | |||
|gpus | |||
|Jumlah GPU | |||
|0 | |||
|2 | |2 | ||
|} | |||
|} | |||
--- | --- | ||
=== SBATCH nodes dan ntasks-per-node === | |||
User dapat mengatur jumlah nodes dan ntasks per node secara manual dengan parameter SBATCH <code>nodes</code> dan <code>ntasks-per-node</code>: <syntaxhighlight lang="bash" line="1"> | |||
#!/bin/bash | |||
# Isi bagian yang ditandai 4 garing (////) | |||
# Jumlah node | |||
#SBATCH --nodes=//// | |||
# Jumlah ntasks per node | |||
#SBATCH --ntasks-per-node=//// | |||
# Alokasi jumlah memori RAM per node | |||
#SBATCH --mem=//// | |||
# Parameter SBATCH lainnya ... | |||
#SBATCH --time=//// | |||
#SBATCH --output=//// | |||
#SBATCH --error=//// | |||
# Alur jalannya program ... | |||
mpirun -np $SLURM_NTASKS <program-MPI-user...> | |||
</syntaxhighlight>'''''Keterangan:''''' | |||
* Total core CPU yang dipesan adalah '''nodes * ntasks-per-node''' | |||
* Variabel SLURM_NTASKS menangkap total CPU diatas. | |||
--- | --- | ||
* | === SBATCH nodes dan ntasks-per-node untuk Hybrid MPI / OMP === | ||
Hal sebelumnya juga dapat dilakukan untuk hybrid MPI / OMP sebagai berikut: <syntaxhighlight lang="bash" line="1"> | |||
#!/bin/bash | |||
# Isi bagian yang ditandai 4 garing (////) | |||
# Jumlah node | |||
#SBATCH --nodes=//// | |||
# Jumlah ntasks per node | |||
#SBATCH --ntasks-per-node=//// | |||
# Jumlah threading OMP per task MPI | |||
#SBATCH --cpus-per-task=//// | |||
# Alokasi jumlah memori RAM per node | |||
#SBATCH --mem=//// | |||
# Parameter SBATCH lainnya ... | |||
#SBATCH --time=//// | |||
#SBATCH --output=//// | |||
#SBATCH --error=//// | |||
# Alur jalannya program ... | |||
# Definisi threading OMP | |||
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK} | |||
mpirun -np $SLURM_NTASKS <program-MPI-user...> | |||
</syntaxhighlight>'''''Keterangan:''''' | |||
* Total core CPU yang dipesan adalah '''nodes * ntasks-per-node * cpus-per-task''' | |||
* Variabel SLURM_NTASKS menangkap total CPU diatas. | |||
--- | --- | ||
=== | |||
=== Menjalankan MPI pada Core Fisik saja === | |||
User dapat menjalankan program MPI sepenuhnya pada core fisik dengan mengalokasikan '''jumlah SBATCH ntasks 2 kali lipat dari proses MPI yang mau dijalankan'''. Contoh:<syntaxhighlight lang="bash" line="1"> | |||
#!/bin/bash | |||
#SBATCH --ntasks=64 | |||
# Parameter SBATCH lainnya dan alur jalannya program ... | |||
* | |||
# Jumlah proses MPI setengah dari ntasks | |||
mpirun -np 32 <program-MPI-user...> | |||
</syntaxhighlight>'''Keterangan:''' | |||
* Sistem akan tetap menghitung besar CPU Core Hour berdasarkan jumlah '''ntasks'''. |
Revisi terkini sejak 10 Januari 2024 04.39
Halaman ini menjelaskan teknis menjalankan program MPI di ALELEON Supercomputer.
Open MPI UCX ALELEON Supercomputer
ALELEON Supercompter menggunakan Open MPI yang telah dioptimasi untuk arsitektur AMD Zen2. Berikut adalah sintak standar menjalankan program MPI di ALELEON Supercomputer melalui SLURM:
mpirun -np $SLURM_NTASKS <program-MPI-user...>
Keterangan:
- Variabel
SLURM_NTASKS
menangkap jumlah ntasks (CPU) pada SLURM Submit Script sehingga user tidak perlu memasukkan jumlah proses MPI secara manual.
Bagaimana SLURM ALELEON Membagi Core Fisik dan Thread
SLURM ALELEON Supercomputer menjalankan proses Open MPI untuk selalu mengisi penuh core thread per core fisik, contoh:
- 32 proses MPI dijalankan oleh 16 core fisik / 32 core thread CPU.
- 64 proses MPI dijalankan oleh 32 core fisik / 64 core thread CPU; dan seterusnya ...
Pembagian ini didasarkan pada pengelompokan core CPU pada grup CCX dan CCD AMD Zen2 supaya memastikan penyebaran proses MPI selalu berdekatan antar grup CCX / CCD (tightly coupled) dan menghasilkan performa terbaik. Semua software komputasi ALELEON Supercomputer telah dioptimasi untuk berjalan dengan skema ini.
Kelipatan 2 atau 4 untuk Jumlah ntasks (Alokasi CPU)
Berdasarkan jumlah core dan grup pada gambar skema CPU diatas, kami menyarankan untuk memilih ntasks (alokasi CPU) dengan kelipatan 2 atau 4 untuk memastikan proses MPI mengisi grup CCX dan CCD yang berdekatan.
(Versi Mudah) Memilih Jumlah Alokasi Komputasi SLURM untuk Job MPI
Bagian ini menjelaskan bagaimana karakteristik default SLURM ALELEON Supercomputer menjalankan alokasi komputasi untuk job MPI dan panduan menulis SLURM Submit Script.
Menjalankan job MPI satu node dan multi-node secara otomatis
SLURM ALELEON secara otomatis dapat menjalankan job MPI baik pada satu node atau multi-node berdasarkan jumlah ntasks sehingga user cukup mendefinisikan jumlah ntasks tanpa perlu mengatur jumlah nodes.
#!/bin/bash
# Isi bagian yang ditandai 4 garing (////)
# Alokasi jumlah core thread CPU dan jumlah proses MPI
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM per node
#SBATCH --mem=////
# Parameter SBATCH lainnya ...
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////
# Alur jalannya program ...
mpirun -np $SLURM_NTASKS <program-MPI-user...>
Keterangan:
- Jumlah ntasks maksimal untuk Partisi epyc (Compute Node CPU) adalah 384.
- Jumlah ntasks maksimal untuk Partisi ampere (Compute Node GPU) adalah 32.
Jumlah node yang dipilih SLURM secara otomatis | ||
---|---|---|
Jumlah ntasks | Partisi epyc (CPU)
*jumlah node naik setiap kelipatan 128 |
Partisi ampere (GPU)
*maks 32 core |
1 - 32 | 1 | 1 |
33 - 128 | 1 | X |
129 - 256 | 2 | X |
257 - 384 | 3 | X |
---
SBATCH mem = alokasi RAM per node
Parameter SBATCH mem
mengalokasikan jumlah RAM per node baik pada job MPI satu node dan multi-node. Ambil contoh alokasi SBATCH berikut:
#!/bin/bash
#SBATCH --ntasks=192
#SBATCH --mem=64GB
# ntasks 192 menggunakan 2 node secara otomatis
# Dengan alokasi RAM 64GB per node sehingga total 128GB untuk 2 node
Job MPI mempunyai kapasitas mem maksimal:
- Compute Node CPU (epyc): 240GB (per node).
- Compute Node GPU (ampere): 120GB
---
Menjalankan Job Hybrid MPI / OpenMP (OMP)
SLURM dapat menjalankan job hybrid MPI / OMP dengan SBATCH cpus-per-task
dan variabel SLURM_CPUS_PER_TASK
seperti contoh format berikut:
#!/bin/bash
# Isi bagian yang ditandai 4 garing (////)
# Alokasi jumlah core thread CPU dan jumlah proses MPI
#SBATCH --ntasks=////
# cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP per proses MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////
# Alokasi jumlah memori RAM per node
# SBATCH --mem=////
# Parameter SBATCH lainnya ...
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////
# Alur jalannya program ...
# Definisi threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
mpirun -np $SLURM_NTASKS <program-MPI-user...>
Keterangan:
- Total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task.
- Variabel SLURM_NTASKS menangkap total penghitungan core CPU diatas.
(Versi Advanced) Memilih Jumlah Alokasi Komputasi SLURM untuk Job MPI
Bagian ini menjelaskan bagaimana user secara manual dapat mengatur parameter SBATCH SLURM ALELEON Supercomputer untuk menjalankan job MPI.
Acuan Spesifikasi Compute Node dengan SBATCH SLURM
User dapat mengacu spesifikasi berikut untuk mengatur besar parameter SBATCH secara manual.
Parameter SBATCH | Hardware | Spesifikasi | |
---|---|---|---|
Partisi epyc (CPU) | Partisi ampere (GPU) | ||
nodes | Jumlah node | 3 | 1 |
ntasks | Total core CPU | 384 | 32 |
ntasks-per-node | Total core CPU per node | 128 | 32 |
mem | Memori RAM per node | 240GB | 120GB |
gpus | Jumlah GPU | 0 | 2 |
---
SBATCH nodes dan ntasks-per-node
User dapat mengatur jumlah nodes dan ntasks per node secara manual dengan parameter SBATCH nodes
dan ntasks-per-node
:
#!/bin/bash
# Isi bagian yang ditandai 4 garing (////)
# Jumlah node
#SBATCH --nodes=////
# Jumlah ntasks per node
#SBATCH --ntasks-per-node=////
# Alokasi jumlah memori RAM per node
#SBATCH --mem=////
# Parameter SBATCH lainnya ...
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////
# Alur jalannya program ...
mpirun -np $SLURM_NTASKS <program-MPI-user...>
Keterangan:
- Total core CPU yang dipesan adalah nodes * ntasks-per-node
- Variabel SLURM_NTASKS menangkap total CPU diatas.
---
SBATCH nodes dan ntasks-per-node untuk Hybrid MPI / OMP
Hal sebelumnya juga dapat dilakukan untuk hybrid MPI / OMP sebagai berikut:
#!/bin/bash
# Isi bagian yang ditandai 4 garing (////)
# Jumlah node
#SBATCH --nodes=////
# Jumlah ntasks per node
#SBATCH --ntasks-per-node=////
# Jumlah threading OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////
# Alokasi jumlah memori RAM per node
#SBATCH --mem=////
# Parameter SBATCH lainnya ...
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////
# Alur jalannya program ...
# Definisi threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
mpirun -np $SLURM_NTASKS <program-MPI-user...>
Keterangan:
- Total core CPU yang dipesan adalah nodes * ntasks-per-node * cpus-per-task
- Variabel SLURM_NTASKS menangkap total CPU diatas.
---
Menjalankan MPI pada Core Fisik saja
User dapat menjalankan program MPI sepenuhnya pada core fisik dengan mengalokasikan jumlah SBATCH ntasks 2 kali lipat dari proses MPI yang mau dijalankan. Contoh:
#!/bin/bash
#SBATCH --ntasks=64
# Parameter SBATCH lainnya dan alur jalannya program ...
# Jumlah proses MPI setengah dari ntasks
mpirun -np 32 <program-MPI-user...>
Keterangan:
- Sistem akan tetap menghitung besar CPU Core Hour berdasarkan jumlah ntasks.