NAMD: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (Menyesuaikan tutorial NAMD dengan EFIRO) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (paraphrasing bagian MPI dan mengganti penomoran) |
||
Baris 46: | Baris 46: | ||
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-namd.sh.''' | *Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-namd.sh.''' | ||
--- | --- | ||
=== | === 3. Melengkapi Submit Script Template === | ||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | [[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | ||
* Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program NAMD dapat berjalan: | * Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program NAMD dapat berjalan: | ||
Baris 57: | Baris 57: | ||
--- | --- | ||
=== | === 4. MPI pada NAMD versi CPU=== | ||
NAMD versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga | NAMD versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk: | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
![[MPI ALELEON Supercomputer]] | ![[MPI ALELEON Supercomputer]] | ||
Baris 64: | Baris 64: | ||
| | | | ||
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | *[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | ||
**User dapat menjalankan NAMD versi CPU hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) | |||
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | |||
|}--- | |}--- | ||
=== | ===5. Menjalankan Job === | ||
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''. | Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''. | ||
Baris 93: | Baris 95: | ||
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit. | *Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit. | ||
--- | --- | ||
=== | ===6. Melihat hasil job yang selesai=== | ||
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.''' | Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.''' | ||
Baris 99: | Baris 101: | ||
--- | --- | ||
=== | ===7. Submit ulang job=== | ||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. | User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. |
Revisi per 21 Februari 2022 11.38
NAMD adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.
Versi yang Tersedia
Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
---|---|---|
2.14 (CPU) | Pure MPI | CPU, multi-node |
2.14 (GPU) | - | CPU - GPU, single-node |
Menjalankan NAMD
User menjalankan NAMD pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
1. Memilih template NAMD
- Klik New Jobs > From Template.
- Pilih template NAMD yang dibutuhkan.
- isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.
---
Nama Template | Penjelasan |
---|---|
NAMD 2.14 (CPU) | Template NAMD 2.14 versi CPU |
NAMD 2.14 (GPU) | Template NAMD 2.14 versi GPU |
---
2. Mempersiapkan file input config NAMD
- User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input config NAMD melalui menu Edit Files.
- Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-namd.sh.
---
3. Melengkapi Submit Script Template
- Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program NAMD dapat berjalan:
- Parameter SBATCH.
- Nama file input NAMD.
- Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
---
4. MPI pada NAMD versi CPU
NAMD versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
MPI ALELEON Supercomputer |
---|
|
---
5. Menjalankan Job
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.
- Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status | Arti |
---|---|
Not Submitted | Job belum pernah dijalankan. |
Running | Job berjalan. |
Queue | Job mengantri dan belum berjalan. |
Completed | Job selesai berjalan. |
Failed | Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. |
- User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
- Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.
---
6. Melihat hasil job yang selesai
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
---
7. Submit ulang job
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.