NAMD: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
WilsonLisan (bicara | kontrib) (paraphrasing bagian MPI dan mengganti penomoran) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (reformat) |
||
(3 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan) | |||
Baris 17: | Baris 17: | ||
|CPU - GPU, single-node | |CPU - GPU, single-node | ||
|} | |} | ||
=='''Menjalankan NAMD'''== | =='''Menjalankan NAMD di Job Composer'''== | ||
{| class="wikitable" | |||
|'''1''' | |||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing| | |Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]] | |||
|- | |||
|'''2''' | |||
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>''' | |||
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing| | [[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]] | ||
|- | |||
|'''3''' | |||
| | |||
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=| | ==='''Memilih Template NAMD'''=== | ||
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template NAMD yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]] | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Template NAMD | |+Template NAMD | ||
! Nama Template | !Nama Template | ||
!Penjelasan | !Penjelasan | ||
|- | |- | ||
|NAMD 2.14 (CPU) | |NAMD 2.14 (CPU) | ||
| | |Menjalankan NAMD 2.14 versi CPU | ||
|- | |- | ||
|NAMD 2.14 (GPU) | |NAMD 2.14 (GPU) | ||
| | |Menjalankan NAMD 2.14 versi GPU | ||
|}- | |} | ||
=== | |- | ||
| rowspan="2" |'''4''' | |||
| | |||
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''=== | |||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | ||
* | *Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | ||
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | |||
|- | |||
=== | |''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.'' | ||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing| | |- | ||
|'''5A''' | |||
| | |||
==='''Melengkapi Submit Script Template'''=== | |||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | |||
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | |||
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.''''' | |||
|- | |||
=== | | rowspan="2" |'''5B''' | ||
| | |||
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''=== | |||
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]] | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
==='''Fitur MPI pada NAMD versi CPU'''=== | |||
NAMD versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk: | |||
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | *[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | ||
**User dapat menjalankan NAMD versi CPU hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) | **User dapat menjalankan NAMD versi CPU hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) | ||
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | **Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | ||
| | |- | ||
=== | | rowspan="3" |'''6''' | ||
| | |||
==='''Menjalankan Job'''=== | |||
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | |||
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]] | [[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]] | ||
|- | |||
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':''' | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
!Status | !Status | ||
Baris 88: | Baris 96: | ||
|Job selesai berjalan. | |Job selesai berjalan. | ||
|- | |- | ||
| Failed | |Failed | ||
| Job berhenti di tengah jalan, | |Job berhenti di tengah jalan, | ||
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. | Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. | ||
|} | |} | ||
|- | |||
| | |||
===Stop atau Cancel Job=== | |||
=== | Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''. | ||
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=| | [[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Stop.png]] | ||
|- | |||
|'''7A''' | |||
=== | | | ||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. | ==='''Melihat hasil job yang selesai'''=== | ||
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | |||
|- | |||
|'''7B''' | |||
| | |||
==='''Submit Ulang Job'''=== | |||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''. | |||
|} |
Revisi per 25 Maret 2022 12.04
NAMD adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.
Versi yang Tersedia
Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
---|---|---|
2.14 (CPU) | Pure MPI | CPU, multi-node |
2.14 (GPU) | - | CPU - GPU, single-node |
Menjalankan NAMD di Job Composer
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||
3 |
Memilih Template NAMD
| |||||||||||
4 |
Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job
| |||||||||||
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB. | ||||||||||||
5A |
Melengkapi Submit Script TemplateMelalui
| |||||||||||
5B |
Panduan lengkap mengisi Submit Script: | |||||||||||
Fitur MPI pada NAMD versi CPUNAMD versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| ||||||||||||
6 |
Menjalankan JobJalankan job dengan klik tombol | |||||||||||
Berikut penjelasan kolom Status , pantau dengan refresh halaman job:
| ||||||||||||
Stop atau Cancel JobUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | ||||||||||||
7A |
Melihat hasil job yang selesaiHasil output job dapat dilihat pada kolomFolder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||
7B |
Submit Ulang JobUser dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol |