NAMD: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(Initial writing)
 
(reformat)
(10 revisi perantara oleh 2 pengguna tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
== '''Software NAMD''' ==
[[Berkas:NAMDsof.png|nirbing|600x600px]]
 
[https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ '''NAMD'''] adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.
[https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ '''NAMD'''] adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.


== '''Versi yang Tersedia''' ==
== '''Versi yang Tersedia''' ==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Versi
!Dukungan MPI
!Dukungan Hardware
|-
|2.14 (CPU)
|Pure MPI
|CPU, multi-node
|-
|2.14 (GPU)
| -
|CPU - GPU, single-node
|}
=='''Menjalankan NAMD di Job Composer'''==
{| class="wikitable"
|'''1'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
|-
|'''2'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
|-
|'''3'''
|
==='''Memilih Template NAMD'''===
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template NAMD yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
{| class="wikitable"
|+Template NAMD
!Nama Template
!Penjelasan
|-
|NAMD 2.14 (CPU)
|Menjalankan NAMD 2.14 versi CPU
|-
|NAMD 2.14 (GPU)
|Menjalankan NAMD 2.14 versi GPU
|}
|-
| rowspan="2" |'''4'''
|
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
|-
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|'''5A'''
|
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
|-
| rowspan="2" |'''5B'''
|
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''===
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
|-
|
==='''Fitur MPI pada NAMD versi CPU'''===
NAMD versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
**User dapat menjalankan NAMD versi CPU hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|-
| rowspan="3" |'''6'''
|
==='''Menjalankan Job'''===
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
|-
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
!Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|-
|
===Stop atau Cancel Job===
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.


== '''SLURM Submission Script''' ==
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Stop.png]]
|-
|'''7A'''
|
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
|-
|'''7B'''
|
==='''Submit Ulang Job'''===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
|}

Revisi per 25 Maret 2022 12.04

NAMDsof.png

NAMD adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
2.14 (CPU) Pure MPI CPU, multi-node
2.14 (GPU) - CPU - GPU, single-node

Menjalankan NAMD di Job Composer

1 Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3

Memilih Template NAMD

Pilih template NAMD yang dibutuhkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.
Template NAMD
Nama Template Penjelasan
NAMD 2.14 (CPU) Menjalankan NAMD 2.14 versi CPU
NAMD 2.14 (GPU) Menjalankan NAMD 2.14 versi GPU
4

Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job

Jcjoboption3.png

  • Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.
    • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5A

Melengkapi Submit Script Template

Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).

  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.
5B

Panduan lengkap mengisi Submit Script:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

Fitur MPI pada NAMD versi CPU

NAMD versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan NAMD versi CPU hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.
6

Menjalankan Job

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Stop atau Cancel Job

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

7A

Melihat hasil job yang selesai

Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.
7B

Submit Ulang Job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=NAMD&oldid=832"