NAMD
NAMD adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.
Versi yang Tersedia
Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
---|---|---|
2.14 (CPU) | Pure MPI | CPU, multi-node |
2.14 (GPU) | - | CPU - GPU, single-node |
Menjalankan NAMD di Job Composer
User menjalankan NAMD pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
Memilih template NAMD
Nama Template | Penjelasan |
---|---|
NAMD 2.14 (CPU) | Template NAMD 2.14 versi CPU |
NAMD 2.14 (GPU) | Template NAMD 2.14 versi GPU |
Template NAMD adalah set environment untuk menjalankan software NAMD.
- Klik New Jobs > From Template.
- Pilih template NAMD yang dibutuhkan.
- isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.
---
Mempersiapkan file input config NAMD
- User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input config NAMD melalui menu Edit Files.
- Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-namd.sh.
Melengkapi Submit Script Template
- Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program NAMD dapat berjalan:
- Parameter SBATCH.
- Nama file input NAMD.
- Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.
---
Panduan lengkap mengisi Submit Script
Note: Submit Script pada dasarnya adalah SLURM Script karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.
Fitur MPI pada NAMD versi CPU
NAMD versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
MPI ALELEON Supercomputer |
---|
|
Menjalankan Job
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.
- Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status | Arti |
---|---|
Not Submitted | Job belum pernah dijalankan. |
Running | Job berjalan. |
Queue | Job mengantri dan belum berjalan. |
Completed | Job selesai berjalan. |
Failed | Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. |
- User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
- Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.
Melihat hasil job yang selesai
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
Submit ulang job
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.